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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12701 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Martin K / Saridakis E / Vishwakarma R / Lai Kee Him J / Simon I / Cohen-Gonsaud M / Coste F / Margeat E / Boudvillain M / Bron P | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of transcription termination factor Rho from Mycobacterium tuberculosis reveals bicyclomycin resistance mechanism. 著者: Emmanuel Saridakis / Rishi Vishwakarma / Josephine Lai-Kee-Him / Kevin Martin / Isabelle Simon / Martin Cohen-Gonsaud / Franck Coste / Patrick Bron / Emmanuel Margeat / Marc Boudvillain / 要旨: The bacterial Rho factor is a ring-shaped motor triggering genome-wide transcription termination and R-loop dissociation. Rho is essential in many species, including in Mycobacterium tuberculosis ...The bacterial Rho factor is a ring-shaped motor triggering genome-wide transcription termination and R-loop dissociation. Rho is essential in many species, including in Mycobacterium tuberculosis where rho gene inactivation leads to rapid death. Yet, the M. tuberculosis Rho [Rho] factor displays poor NTPase and helicase activities, and resistance to the natural Rho inhibitor bicyclomycin [BCM] that remain unexplained. To address these issues, we solved the cryo-EM structure of Rho at 3.3 Å resolution. The Rho hexamer is poised into a pre-catalytic, open-ring state wherein specific contacts stabilize ATP in intersubunit ATPase pockets, thereby explaining the cofactor preference of Rho. We reveal a leucine-to-methionine substitution that creates a steric bulk in BCM binding cavities near the positions of ATP γ-phosphates, and confers resistance to BCM at the expense of motor efficiency. Our work contributes to explain the unusual features of Rho and provides a framework for future antibiotic development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12701.map.gz | 36.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12701-v30.xml emd-12701.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12701_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12701.png | 58.5 KB | ||
マスクデータ | emd_12701_msk_1.map | 39.5 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12701_additional_1.map.gz emd_12701_half_map_1.map.gz emd_12701_half_map_2.map.gz | 30.3 MB 30.4 MB 30.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.49376 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12701_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_12701_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12701_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12701_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis
全体 | 名称: Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis |
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要素 |
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-超分子 #1: Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis
超分子 | 名称: Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換細胞: Rosette-DE3 / 組換プラスミド: pET28b |
-分子 #1: Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis
分子 | 名称: Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: VVQPVAGILD VLDNYAFVRT SGYLPGPHDV YVSMNMVRKN GMRRGDAVTG AVRVPKEQKF NPLVRLDSIN GGSVEDAKKR PEFGKLTPLY PNQRLRLATS TERLTTRVID LIMPIGKGQR ALIVSPPKAG KTTILQDIAN AITRNNPECH LMVVLVDERP EEVTDMQRSV ...文字列: VVQPVAGILD VLDNYAFVRT SGYLPGPHDV YVSMNMVRKN GMRRGDAVTG AVRVPKEQKF NPLVRLDSIN GGSVEDAKKR PEFGKLTPLY PNQRLRLATS TERLTTRVID LIMPIGKGQR ALIVSPPKAG KTTILQDIAN AITRNNPECH LMVVLVDERP EEVTDMQRSV KGEVIASTFD RPPSDHTSVA ELAIERAKRL VEQGKDVVVL LDSITRLGRA YNNASPASGR ILSGGVDSTA LYPPKRFLGA ARNIEEGGSL TIIATAMVET GSTGDTVIFE EFKGTGNAEL KLDRKIAERR VFPAVDVNPS GTRKDELLLS PDEFAIVHKL RRVLSGLDSH QAIDLLMSQL RKTKNNYEFL VQVS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 20 mM Tris-Cl 5 % [v/v] glycerol 0.2 mM EDTA 0.2 M KCl 0.2 mM DTT pH 7.9 |
グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Rho (0.5mg/mL) 10uM dC20 oligonucleotide 1mM ATP. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10888 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 詳細: The scheme of image recording was made with 7 images per position plus 1 middle, and as a series of 40 frames per movie. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |