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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12647 | ||||||||||||
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タイトル | cryoEM reconstruction of the terminal C9s in 2C9-sMAC | ||||||||||||
マップデータ | Locally sharpened reconstruction of 2C9-sMAC density subtracted and focused on C9 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / complement activation / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / complement activation / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / chemotaxis / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / in utero embryonic development / killing of cells of another organism / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Menny A / Couves EC / Bubeck D | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance. 著者: Anaïs Menny / Marie V Lukassen / Emma C Couves / Vojtech Franc / Albert J R Heck / Doryen Bubeck / 要旨: Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular ...Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular chaperones (clusterin and vitronectin) capture and clear soluble precursors to the membrane attack complex (sMAC). However, how these chaperones block further polymerization of MAC and prevent the complex from binding target membranes remains unclear. Here, we address that question by combining cryo electron microscopy (cryoEM) and cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to solve the structure of sMAC. Together our data reveal how clusterin recognizes and inhibits polymerizing complement proteins by binding a negatively charged surface of sMAC. Furthermore, we show that the pore-forming C9 protein is trapped in an intermediate conformation whereby only one of its two transmembrane β-hairpins has unfurled. This structure provides molecular details for immune pore formation and helps explain a complement control mechanism that has potential implications for how cell clearance pathways mediate immune homeostasis. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12647.map.gz | 90.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12647-v30.xml emd-12647.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12647.png | 68.8 KB | ||
その他 | emd_12647_half_map_1.map.gz emd_12647_half_map_2.map.gz | 80.7 MB 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12647 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12647 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12647_validation.pdf.gz | 402.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12647_full_validation.pdf.gz | 402 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12647_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12647_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12647 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12647 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened reconstruction of 2C9-sMAC density subtracted and focused on C9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.047 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1 of 2C9-sMAC density subtracted and focused on C9
ファイル | emd_12647_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of 2C9-sMAC density subtracted and focused on C9 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 of 2C9-sMAC density subtracted and focused on C9
ファイル | emd_12647_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of 2C9-sMAC density subtracted and focused on C9 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 2C9-sMAC
全体 | 名称: 2C9-sMAC |
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要素 |
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-超分子 #1: 2C9-sMAC
超分子 | 名称: 2C9-sMAC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 詳細: This sMAC oligomer contains one copy of C5b8 and 2 copies of C9, as well as multiple copies of the chaperones vitronectin and clusterin |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.065 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |