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万見
- EMDB-12576: ColicinE9 partial translocation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12576
タイトルColicinE9 partial translocation complex
マップデータOutput unsharpened map from relion refine3D job, sharpened using deepEMhancer tight target model
試料
  • 複合体: ColicinE9 intact translocon complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein F
    • タンパク質・ペプチド: Colicin-E9
    • タンパク質・ペプチド: Tol-Pal system protein TolB
キーワードbacteriocin complex / import-stalled / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell cycle / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane ...colicin transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell cycle / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / disordered domain specific binding / protein transport / endonuclease activity / killing of cells of another organism / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / cell division / lipid binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 ...: / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / : / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / His-Me finger superfamily / Porin domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolB / Outer membrane porin F / Colicin-E9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Webby MN / Kleanthous C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Porin threading drives receptor disengagement and establishes active colicin transport through Escherichia coli OmpF.
著者: Marie-Louise R Francis / Melissa N Webby / Nicholas G Housden / Renata Kaminska / Emma Elliston / Boonyaporn Chinthammit / Natalya Lukoyanova / Colin Kleanthous /
要旨: Bacteria deploy weapons to kill their neighbours during competition for resources and to aid survival within microbiomes. Colicins were the first such antibacterial system identified, yet how these ...Bacteria deploy weapons to kill their neighbours during competition for resources and to aid survival within microbiomes. Colicins were the first such antibacterial system identified, yet how these bacteriocins cross the outer membrane (OM) of Escherichia coli is unknown. Here, by solving the structures of translocation intermediates via cryo-EM and by imaging toxin import, we uncover the mechanism by which the Tol-dependent nuclease colicin E9 (ColE9) crosses the bacterial OM. We show that threading of ColE9's disordered N-terminal domain through two pores of the trimeric porin OmpF causes the colicin to disengage from its primary receptor, BtuB, and reorganises the translocon either side of the membrane. Subsequent import of ColE9 through the lumen of a single OmpF subunit is driven by the proton-motive force, which is delivered by the TolQ-TolR-TolA-TolB assembly. Our study answers longstanding questions, such as why OmpF is a better translocator than OmpC, and reconciles the mechanisms by which both Tol- and Ton-dependent bacteriocins cross the bacterial outer membrane.
履歴
登録2021年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0391
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0391
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nst
  • 表面レベル: 0.0391
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Output unsharpened map from relion refine3D job, sharpened using deepEMhancer tight target model
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 293.16 Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 293.16 Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 293.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0391 / ムービー #1: 0.0391
最小 - 最大-0.0017193394 - 1.6808244
平均 (標準偏差)0.0010476976 (±0.023985384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 293.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z293.160293.160293.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0021.6810.001

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map from relion refine3D job

ファイルemd_12576_additional_1.map
注釈Unsharpened map from relion refine3D job
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A from refine3D in relion3.1

ファイルemd_12576_half_map_1.map
注釈half map A from refine3D in relion3.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B from refine3D in relion3.1

ファイルemd_12576_half_map_2.map
注釈half map B from refine3D in relion3.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ColicinE9 intact translocon complex

全体名称: ColicinE9 intact translocon complex
要素
  • 複合体: ColicinE9 intact translocon complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein F
    • タンパク質・ペプチド: Colicin-E9
    • タンパク質・ペプチド: Tol-Pal system protein TolB

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超分子 #1: ColicinE9 intact translocon complex

超分子名称: ColicinE9 intact translocon complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Bacteriocin colicinE9 bound to outer membrane protein receptor BtuB and translocator ompF. Disulphide linked to tolB.
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 256 KDa

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分子 #1: Outer membrane protein F

分子名称: Outer membrane protein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 37.11425 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AEIYNKDGNK VDLYGKAVGL HYFSKGNGEN SYGGNGDMTY ARLGFKGETQ INSDLTGYGQ WEYNFQGNNS EGADAQTGNK TRLAFAGLK YADVGSFDYG RNYGVVYDAL GYTDMLPEFG GDTAYSDDFF VGRVGGVATY RNSNFFGLVD GLNFAVQYLG K NERDTARR ...文字列:
AEIYNKDGNK VDLYGKAVGL HYFSKGNGEN SYGGNGDMTY ARLGFKGETQ INSDLTGYGQ WEYNFQGNNS EGADAQTGNK TRLAFAGLK YADVGSFDYG RNYGVVYDAL GYTDMLPEFG GDTAYSDDFF VGRVGGVATY RNSNFFGLVD GLNFAVQYLG K NERDTARR SNGDGVGGSI SYEYEGFGIV GAYGAADRTN LQEAQPLGNG KKAEQWATGL KYDANNIYLA ANYGETRNAT PI TNKFTNT SGFANKTQDV LLVAQYQFDF GLRPSIAYTK SKAKDVEGIG DVDLVNYFEV GATYYFNKNM STYVDYIINQ IDS DNKLGV GSDDTVAVGI VYQF

UniProtKB: Outer membrane porin F

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分子 #2: Colicin-E9

分子名称: Colicin-E9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 31.563652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSGGDGRGHN TGAHSTSGNI NGGPTGIGVS GGCSDGSGWS SENNPWGGGS GSGIHWGGGS GRGNGGGNGN SGGGSGTGGN LSAVAAPVA FGFPALSTPG AGGLAVSISA SELSAAIAGI IAKLKKVNLK FTPFGVVLSS LIPSEIAKDD PNMMSKIVTS L PADDITES ...文字列:
MSGGDGRGHN TGAHSTSGNI NGGPTGIGVS GGCSDGSGWS SENNPWGGGS GSGIHWGGGS GRGNGGGNGN SGGGSGTGGN LSAVAAPVA FGFPALSTPG AGGLAVSISA SELSAAIAGI IAKLKKVNLK FTPFGVVLSS LIPSEIAKDD PNMMSKIVTS L PADDITES PVSSLPLDKA TVNVNVRVVD DVKDERQNIS VVSGVPMSVP VVDAKPTERP GVFTASIPGA PVLNISVNDS TP AVQTLSP GVTNNTDKDV RPAGFTQGGN TRDAVIRFPK DSGHNAVYVS VSDVLSPDQV KQRQDEENRR QQEWDAT

UniProtKB: Colicin-E9

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分子 #3: Tol-Pal system protein TolB

分子名称: Tol-Pal system protein TolB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 46.000285 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKQALRVAFG FLILWASVLH AEVRIVIDSG VDSGRPIGVV PFQWAGPGAA PEDIGGIVAA DLRNSGKFNP LDRARLPQQP GSAQEVQPA AWSALGIDAV VVGQVTPNPD GSYNVAYQLV DTGGAPGTVL AQNSYKVNKQ WLRYAGHTAS DEVFEKLTGI K GAFRTRIA ...文字列:
MKQALRVAFG FLILWASVLH AEVRIVIDSG VDSGRPIGVV PFQWAGPGAA PEDIGGIVAA DLRNSGKFNP LDRARLPQQP GSAQEVQPA AWSALGIDAV VVGQVTPNPD GSYNVAYQLV DTGGAPGTVL AQNSYKVNKQ WLRYAGHTAS DEVFEKLTGI K GAFRTRIA YVVQTNGGQF PYELRVSDYD GYNQFVVHRS PQCLMSPAWS PDGSKLAYVT FESGRSALVI QTLANGAVRQ VA SFPRHNG APAFSPDGSK LAFALSKTGS LNLYVMDLAS GQIRQVTDGR SNNTEPTWFP DSQNLAFTSD QAGRPQVYKV NIN GGAPQR ITWEGSQNQD ADVSSDGKFM VMVSSNGGQQ HIAKQDLATG GVQVLSSTFL DETPSLAPNG TMVIYSSSQG MGSV LNLVS TDGRFKARLP ATDGQVKFPA WSPYL

UniProtKB: Tol-Pal system protein TolB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: PELCO easiGlow, Ted Pella Inc, USA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec ...詳細: 3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3000 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 1.23 µm / 倍率（補正後）: 47755 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 47619
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細data recorded as gain corrected mrc files
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71190
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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