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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12336 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of PSII-I (PSII with Psb27, Psb28, and Psb34) | ||||||||||||
マップデータ | CryoEM Map of PSII-I (PSII-Psb28-Psb34-Psb27) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane Protein Biogenesis Assembly Factors Photosystem II / PHOTOSYNTHESIS | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II repair / thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / thylakoid / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...photosystem II repair / thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / thylakoid / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zabret J / Bohn S | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021 タイトル: Structural insights into photosystem II assembly. 著者: Jure Zabret / Stefan Bohn / Sandra K Schuller / Oliver Arnolds / Madeline Möller / Jakob Meier-Credo / Pasqual Liauw / Aaron Chan / Emad Tajkhorshid / Julian D Langer / Raphael Stoll / Anja ...著者: Jure Zabret / Stefan Bohn / Sandra K Schuller / Oliver Arnolds / Madeline Möller / Jakob Meier-Credo / Pasqual Liauw / Aaron Chan / Emad Tajkhorshid / Julian D Langer / Raphael Stoll / Anja Krieger-Liszkay / Benjamin D Engel / Till Rudack / Jan M Schuller / Marc M Nowaczyk / 要旨: Biogenesis of photosystem II (PSII), nature's water-splitting catalyst, is assisted by auxiliary proteins that form transient complexes with PSII components to facilitate stepwise assembly events. ...Biogenesis of photosystem II (PSII), nature's water-splitting catalyst, is assisted by auxiliary proteins that form transient complexes with PSII components to facilitate stepwise assembly events. Using cryo-electron microscopy, we solved the structure of such a PSII assembly intermediate from Thermosynechococcus elongatus at 2.94 Å resolution. It contains three assembly factors (Psb27, Psb28 and Psb34) and provides detailed insights into their molecular function. Binding of Psb28 induces large conformational changes at the PSII acceptor side, which distort the binding pocket of the mobile quinone (Q) and replace the bicarbonate ligand of non-haem iron with glutamate, a structural motif found in reaction centres of non-oxygenic photosynthetic bacteria. These results reveal mechanisms that protect PSII from damage during biogenesis until water splitting is activated. Our structure further demonstrates how the PSII active site is prepared for the incorporation of the MnCaO cluster, which performs the unique water-splitting reaction. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12336.map.gz | 51.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12336-v30.xml emd-12336.xml | 30.6 KB 30.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12336.png | 62.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12336.cif.gz | 7.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12336 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12336_validation.pdf.gz | 535.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12336_full_validation.pdf.gz | 534.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12336_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12336_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12336 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM Map of PSII-I (PSII-Psb28-Psb34-Psb27) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : PsII-I
+超分子 #1: PsII-I
+分子 #1: Photosystem II protein D1 1
+分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein
+分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein
+分子 #4: Photosystem II D2 protein
+分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha
+分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta
+分子 #7: Photosystem II reaction center protein H
+分子 #8: Photosystem II reaction center protein I
+分子 #9: Photosystem II reaction center protein K
+分子 #10: Photosystem II reaction center protein L
+分子 #11: Photosystem II reaction center protein M
+分子 #12: Photosystem II reaction center protein T
+分子 #13: Photosystem II reaction center X protein
+分子 #14: Photosystem II reaction center protein Ycf12
+分子 #15: Photosystem II reaction center protein Z
+分子 #16: Photosystem II lipoprotein Psb27
+分子 #17: Photosystem II reaction center Psb28 protein
+分子 #18: Tsl0063 protein
+分子 #19: MANGANESE (II) ION
+分子 #20: CHLORIDE ION
+分子 #21: PHEOPHYTIN A
+分子 #22: CHLOROPHYLL A
+分子 #23: BETA-CAROTENE
+分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #26: FE (III) ION
+分子 #27: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...
+分子 #28: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57268 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |