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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12322 | ||||||||||||
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タイトル | 1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Endonuclease and priming loop ordered (Class2a) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza / RNA polymerase / H1N1 / 1918 / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm ...IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Keown JR / Carrique L | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies. 著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes / 要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA-dependent RNA polymerase which transcribes and replicates the viral RNA genome. The polymerase undergoes conformational rearrangements and interacts with viral and host proteins to perform these functions. Here we determine the structure of the 1918 influenza virus polymerase in transcriptase and replicase conformations using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We then structurally and functionally characterise the binding of single-domain nanobodies to the polymerase of the 1918 pandemic influenza virus. Combining these functional and structural data we identify five sites on the polymerase which are sensitive to inhibition by nanobodies. We propose that the binding of nanobodies at these sites either prevents the polymerase from assuming particular functional conformations or interactions with viral or host factors. The polymerase is highly conserved across the influenza A subtypes, suggesting these sites as effective targets for potential influenza antiviral development. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12322.map.gz | 32.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12322-v30.xml emd-12322.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12322_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12322.png | 60.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12322.cif.gz | 7.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12322 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12322 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12322_validation.pdf.gz | 507.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12322_full_validation.pdf.gz | 507.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12322_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12322_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12322 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12322 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7nhaMC 7nfqC 7nfrC 7nftC 7nhcC 7nhxC 7ni0C 7nikC 7nilC 7nirC 7nisC 7nj3C 7nj4C 7nj5C 7nj7C 7nk1C 7nk2C 7nk4C 7nk6C 7nk8C 7nkaC 7nkcC 7nkiC 7nkrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12322.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA...
全体 | 名称: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters |
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要素 |
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-超分子 #1: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA...
超分子 | 名称: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: 1918 Influenza virus polymerase
超分子 | 名称: 1918 Influenza virus polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) |
-超分子 #3: vRNA promoters
超分子 | 名称: vRNA promoters / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: Polymerase acidic protein
分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 |
分子量 | 理論値: 82.707391 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINERGES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINERGES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMASRGLW DSFRQSERGE ETIEERFEIT GTMRRLADQS LPPNFSSLEN FRAYVDGFEP NG YIEGKLS QMSKEVNARI EPFLKTTPRP LRLPDGPPCS QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMRTFFGW KEP NVVKPH EKGINPNYLL AWKQVLAELQ DIENEEKIPK TKNMKKTSQL KWALGENMAP EKVDFDDCKD VSDLKQYDSD EPEL RSLAS WIQSEFNKAC ELTDSSWIEL DEIGEDVAPI EHIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGDMLLRSAI GQVSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEEGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS PQLEGFSAES RKLLLIVQAL RDNLEPGTFD LGGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLT HALR UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 |
分子量 | 理論値: 86.625211 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGRWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGRWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNDSTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLLGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FEIKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVMMPAHGPA KNMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A
分子 | 名称: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 102.377219 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSAV HYPKIYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSAV HYPKIYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGIRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVKREEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GRRATAILRK ATRRLIQLIV SGRDEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSM RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEVNGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALTEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINEN LYFQGELKTA ALAQHDEAVD NKFNKEQQNA FYEILHLPN LNEEQRNAFI QSLKDDPSQS ANLLAEAKKL NDAQAPKVDN KFNKEQQNAF YEILHLPNLN EEQRNAFIQS LKADPSQSAN LLAEAKKLN GAQAPKVDAN SAGKST UniProtKB: Polymerase basic protein 2, Immunoglobulin G-binding protein A |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 5.335125 KDa |
配列 | 文字列: GGCCUGCUUU UGCUAUU |
-分子 #5: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3') タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 4.862017 KDa |
配列 | 文字列: AGUAGAAACA AGGCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 second blot and 3 microlitres sample.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9413 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 61.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |