[日本語] English
万見
- EMDB-12261: Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuber... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12261
タイトルStructure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
マップデータphenix sharpened map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome.
試料
  • 複合体: M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
    • 複合体: 30S Ribosomal subunit
      • 複合体: 16S rRNA
        • RNA: x 1種
      • 複合体: 30S ribosomal proteins
        • タンパク質・ペプチド: x 20種
    • 複合体: 50S Ribosomal subunit
      • 複合体: 23S and 5S rRNA
        • RNA: x 2種
      • 複合体: 50S ribosomal proteins
        • タンパク質・ペプチド: x 27種
    • 複合体: P-site fMet-tRNA(fMet)
      • RNA: x 1種
    • 複合体: E-site tRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: cspA mRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: HigB1 toxin
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detoxification / negative regulation of growth / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...detoxification / negative regulation of growth / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / four-way junction DNA binding / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / RNA endonuclease activity / regulation of mRNA stability / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription antitermination / DNA endonuclease activity / translational initiation / regulation of cell growth / response to radiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to hypoxia / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / hydrolase activity / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-like / Phage derived protein Gp49-like (DUF891) / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. ...Toxin HigB-like / Phage derived protein Gp49-like (DUF891) / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL16 / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 ...Large ribosomal subunit protein uL16 / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Probable endoribonuclease HigB1 / Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Giudice E / Mansour M
資金援助 フランス, スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE12-0026 フランス
Swiss National Science FoundationSNF CRSII3_160703 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Substrate recognition and cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent ...著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent Falquet / Lionel Mourey / Reynald Gillet / Pierre Genevaux /
要旨: Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of ...Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of Mycobacterium tuberculosis, whose inhibition requires the concerted action of the antitoxin and its dedicated SecB-like chaperone. We show that the TAC toxin is a bona fide ribonuclease and identify exact cleavage sites in mRNA targets on a transcriptome-wide scale in vivo. mRNA cleavage by the toxin occurs after the second nucleotide of the ribosomal A-site codon during translation, with a strong preference for CCA codons in vivo. Finally, we report the cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin in the presence of native M. tuberculosis cspA mRNA, revealing the specific mechanism by which the TAC toxin interacts with the ribosome and the tRNA in the P-site to cleave its mRNA target.
履歴
登録2021年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nbu
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nbu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12261.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈phenix sharpened map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.89 Å/pix.
x 512 pix.
= 457.216 Å		0.89 Å/pix.
x 512 pix.
= 457.216 Å		0.89 Å/pix.
x 512 pix.
= 457.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.893 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-4.3235154 - 19.049081999999999
平均 (標準偏差)-0.00000000000293 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 457.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8930.8930.893
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z457.216457.216457.216
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-4.32419.049-0.000

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_12261_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby full map of the E. Coli...

ファイルemd_12261_additional_1.map
注釈Relion Multiboby full map of the E. Coli Large ribosomal subunit with a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby half map of the Head of...

ファイルemd_12261_additional_10.map
注釈Relion Multiboby half map of the Head of the E. Coli small ribosomal subunit with HigB1_K95A and a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion 3D refined full map of the M....

ファイルemd_12261_additional_2.map
注釈Relion 3D refined full map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby half map of the E. Coli...

ファイルemd_12261_additional_3.map
注釈Relion Multiboby half map of the E. Coli Large ribosomal subunit with a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby half map of the E. Coli...

ファイルemd_12261_additional_4.map
注釈Relion Multiboby half map of the E. Coli Large ribosomal subunit with a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby full map of the Body of...

ファイルemd_12261_additional_5.map
注釈Relion Multiboby full map of the Body of the E. Coli small ribosomal subunit with HigB1_K95A and a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby half map of the Body of...

ファイルemd_12261_additional_6.map
注釈Relion Multiboby half map of the Body of the E. Coli small ribosomal subunit with HigB1_K95A and a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby half map of the Body of...

ファイルemd_12261_additional_7.map
注釈Relion Multiboby half map of the Body of the E. Coli small ribosomal subunit with HigB1_K95A and a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby full map of the Head of...

ファイルemd_12261_additional_8.map
注釈Relion Multiboby full map of the Head of the E. Coli small ribosomal subunit with HigB1_K95A and a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Relion Multiboby half map of the Head of...

ファイルemd_12261_additional_9.map
注釈Relion Multiboby half map of the Head of the E. Coli small ribosomal subunit with HigB1_K95A and a P-site tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Relion half map of the M. tuberculosis HigB1 K95A...

ファイルemd_12261_half_map_1.map
注釈Relion half map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Relion half map of the M. tuberculosis HigB1 K95A...

ファイルemd_12261_half_map_2.map
注釈Relion half map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA ...

全体名称: M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
要素
  • 複合体: M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
    • 複合体: 30S Ribosomal subunit
      • 複合体: 16S rRNA
        • RNA: 16S ribosomal RNA
      • 複合体: 30S ribosomal proteins
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • 複合体: 50S Ribosomal subunit
      • 複合体: 23S and 5S rRNA
        • RNA: 23S ribosomal RNA
        • RNA: 5S ribosomal RNA
      • 複合体: 50S ribosomal proteins
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • 複合体: P-site fMet-tRNA(fMet)
      • RNA: P-site fMet-tRNA(fMet)
    • 複合体: E-site tRNA
      • RNA: E-site tRNA
    • 複合体: cspA mRNA
      • RNA: cspA mRNA
    • 複合体: HigB1 toxin
      • タンパク質・ペプチド: Probable endoribonuclease HigB1
  • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16,50S ribosomal protein L31
  • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: N-FORMYLMETHIONINE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA ...

超分子名称: M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36, #39-#56
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #2: 30S Ribosomal subunit

超分子名称: 30S Ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #3: 50S Ribosomal subunit

超分子名称: 50S Ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #26-#36, #39-#56
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #4: 16S rRNA

超分子名称: 16S rRNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #5: 30S ribosomal proteins

超分子名称: 30S ribosomal proteins / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2-#21
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #6: 23S and 5S rRNA

超分子名称: 23S and 5S rRNA / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #26-#27
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #7: 50S ribosomal proteins

超分子名称: 50S ribosomal proteins / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #28-#36, #39-#56
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #8: P-site fMet-tRNA(fMet)

超分子名称: P-site fMet-tRNA(fMet) / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #9: E-site tRNA

超分子名称: E-site tRNA / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #23
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #10: cspA mRNA

超分子名称: cspA mRNA / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #24
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

+
超分子 #11: HigB1 toxin

超分子名称: HigB1 toxin / タイプ: complex / ID: 11 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #25 / 詳細: K95A inactive mutant
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: GB U000096.3 545778205 223771-225312 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 498.846781 KDa
配列文字列: AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA A ACGGUAGC ...文字列:
AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA A ACGGUAGC UAAUACCGCA UAACGUCGCA AGACCAAAGA GGGGGACCUU CGGGCCUCUU GCCAUCGGAU GUGCCCAGAU GG GAUUAGC UAGUAGGUGG GGUAACGGCU CACCUAGGCG ACGAUCCCUA GCUGGUCUGA GAGGAUGACC AGCCACACUG GAA CUGAGA CACGGUCCAG ACUCCUACGG GAGGCAGCAG UGGGGAAUAU UGCACAAUGG GCGCAAGCCU GAUGCAGCCA UGCC GCGUG UAUGAAGAAG GCCUUCGGGU UGUAAAGUAC UUUCAGCGGG GAGGAAGGGA GUAAAGUUAA UACCUUUGCU CAUUG ACGU UACCCGCAGA AGAAGCACCG GCUAACUCCG (PSU)GCCAGCAGC C(G7M)CGGUAAUA CGGAGGGUGC AAGCGUUA A UCGGAAUUAC UGGGCGUAAA GCGCACGCAG GCGGUUUGUU AAGUCAGAUG UGAAAUCCCC GGGCUCAACC UGGGAACUG CAUCUGAUAC UGGCAAGCUU GAGUCUCGUA GAGGGGGGUA GAAUUCCAGG UGUAGCGGUG AAAUGCGUAG AGAUCUGGAG GAAUACCGG UGGCGAAGGC GGCCCCCUGG ACGAAGACUG ACGCUCAGGU GCGAAAGCGU GGGGAGCAAA CAGGAUUAGA U ACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGAUG UCGACUUGGA GGUUGUGCCC UUGAGGCGUG GCUUCCGGAG CUAACGCGUU AA GUCGACC GCCUGGGGAG UACGGCCGCA AGGUUAAAAC UCAAAUGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU GUG GUUUAA UUCGAU(2MG)(5MC)AA CGCGAAGAAC CUUACCUGGU CUUGACAUCC ACAGAACUUU CCAGAGAUGG AUUGGU GCC UUCGGGAACU GUGAGACAGG UGCUGCAUGG CUGUCGUCAG CUCGUGUUGU GAAAUGUUGG GUUAAGUCCC GCAACGA GC GCAACCCUUA UCUUUUGUUG CCAGCGGUCC GGCCGGGAAC UCAAAGGAGA CUGCCAGUGA UAAACUGGAG GAAGGUGG G GAUGACGUCA AGUCAUCAUG (2MG)CCCUUACGA CCAGGGCUAC ACACGUGCUA CAAUGGCGCA UACAAAGAGA AGCGA CCUC GCGAGAGCAA GCGGACCUCA UAAAGUGCGU CGUAGUCCGG AUUGGAGUCU GCAACUCGAC UCCAUGAAGU CGGAAU CGC UAGUAAUCGU GGAUCAGAAU GCCACGGUGA AUACGUUCCC GGGCCUUGUA CACACCG(4OC)CC GU(5MC)ACACCA UGGGAGUGGG UUGCAAAAGA AGUAGGUAGC UUAACCUUCG GGAGGGCGCU UACCACUUUG UGAUUCAUGA CUGGGGUGAA GUCG(UR3)AACA AGGUAACCGU AGG(2MG)G(MA6)(MA6)CCU GCGGUUGGAU CACCUCCU

GENBANK: GENBANK: CP011320.1

+
分子 #22: P-site fMet-tRNA(fMet)

分子名称: P-site fMet-tRNA(fMet) / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 24.818893 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

GENBANK: GENBANK: CP009789.1

+
分子 #23: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 23 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Mre 600
分子量理論値: 589.43 Da
配列文字列:
CA

+
分子 #24: cspA mRNA

分子名称: cspA mRNA / タイプ: rna / ID: 24 / 詳細: rv3648c (cspA) / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 3.144949 KDa
配列文字列:
AAUAUGCCAC

+
分子 #26: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 26 / 詳細: GB U000096.3 545778205 225759 - 228662 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655
分子量理論値: 941.822562 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGGAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCAUGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MU)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAACUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGUGAAG GUGUACUGUG AGGUAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAAGCGACU UGCUCGUGGA G CUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AU ACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGA C(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUG(6MZ)AG AU GCAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGA UGUGU AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUU UGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CC UAAAGAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUU GACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUC AACGG AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGA(H2U) AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUU UGGCA(OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUC G CCAUUUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAG(PSU)(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGG GC GCUGGAGAAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCC A AUGGCACUGC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUU CUCCCUGACU CCUUGAGAGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGAGCUAA CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU U

+
分子 #27: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 27 / 詳細: GB U000096.3 545778205 228756 - 228875 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

GENBANK: GENBANK: CP053605.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: P0A7V0 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 24.971764 KDa
配列文字列: VSMRDMLKAG VHFGHQTRYW NPKMKPFIFG ARNKVHIINL EKTVPMFNEA LAELNKIASR KGKILFVGTK RAASEAVKDA ALSCDQFFV NHRWLGGMLT NWKTVRQSIK RLKDLETQSQ DGTFDKLTKK EALMRTRELE KLENSLGGIK DMGGLPDALF V IDADHEHI ...文字列:
VSMRDMLKAG VHFGHQTRYW NPKMKPFIFG ARNKVHIINL EKTVPMFNEA LAELNKIASR KGKILFVGTK RAASEAVKDA ALSCDQFFV NHRWLGGMLT NWKTVRQSIK RLKDLETQSQ DGTFDKLTKK EALMRTRELE KLENSLGGIK DMGGLPDALF V IDADHEHI AIKEANNLGI PVFAIVDTNS DPDGVDFVIP GNDDAIRAVT LYLGAVAATV REGRSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: P0A7V3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 23.078785 KDa
配列文字列: GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR ...文字列:
GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR EGRVPLHTLR ADIDYNTSEA HTTYGVIGVK VWIFKGEI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: P0A7V8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 23.383002 KDa
配列文字列: ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT ...文字列:
ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT WLEVDAGKME GTFKRKPERS DLSADINEHL IVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: P0A7W1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 16.475037 KDa
配列文字列:
ELQEKLIAVN RVSKTVKGGR IFSFTALTVV GDGNGRVGFG YGKAREVPAA IQKAMEKARR NMINVALNNG TLQHPVKGVH TGSRVFMQP ASEGTGIIAG GAMRAVLEVA GVHNVLAKAY GSTNPINVVR ATIDGLENMN SPEMVAAKRG KSVEEIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: P02358 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.996812 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: P02359 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 17.162844 KDa
配列文字列:
PRRRVIGQRK ILPDPKFGSE LLAKFVNILM VDGKKSTAES IVYSALETLA QRSGKSELEA FEVALENVRP TVEVKSRRVG GSTYQVPVE VRPVRRNALA MRWIVEAARK RGDKSMALRL ANELSDAAEN KGTAVKKRED VHRMAEANKA FAHY

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A4S5AV58

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: P0A7W7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 14.015361 KDa
配列文字列:
SMQDPIADML TRIRNGQAAN KAAVTMPSSK LKVAIANVLK EEGFIEDFKV EGDTKPELEL TLKYFQGKAV VESIQRVSRP GLRIYKRKD ELPKVMAGLG IAVVSTSKGV MTDRAARQAG LGGEIICYVA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: P0A7X3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 14.554882 KDa
配列文字列:
NQYYGTGRRK SSAARVFIKP GNGKIVINQR SLEQYFGRET ARMVVRQPLE LVDMVEKLDL YITVKGGGIS GQAGAIRHGI TRALMEYDE SLRSELRKAG FVTRDARQVE RKKVGLRKAR RRPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: P0A7R5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.196988 KDa
配列文字列:
RIRIRLKAFD HRLIDQATAE IVETAKRTGA QVRGPIPLPT RKERFTVLIS PHVNKDARDQ YEIRTHLRLV DIVEPTEKTV DALMRLDLA AGVDVQISL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: P0A7R9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 12.488185 KDa
配列文字列:
RKQVSDGVAH IHASFNNTIV TITDRQGNAL GWATAGGSGF RGSRKSTPFA AQVAAERCAD AVKEYGIKNL EVMVKGPGPG RESTIRALN AAGFRITNIT DVTPIPH(IAS)GC RPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: P0A7S3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.683053 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVK(D2T)L PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: P0A7S9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.738911 KDa
配列文字列:
ARIAGINIPD HKHAVIALTS IYGVGKTRSK AILAAAGIAE DVKISELSEG QIDTLRDEVA KFVVEGDLRR EISMSIKRLM DLGCYRGLR HRRGLPVRGQ RTKTNARTRK GPRKPI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: P0AG59 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.475364 KDa
配列文字列:
AKQSMKAREV KRVALADKYF AKRAELKAII SDVNASDEDR WNAVLKLQTL PRDSSPSRQR NRCRQTGRPH GFLRKFGLSR IKVREAAMR GEIPGLKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: P0ADZ4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.159621 KDa
配列文字列:
SLSTEATAKI VSEFGRDAND TGSTEVQVAL LTAQINHLQG HFAEHKKDHH SRRGLLRMVS QRRKLLDYLK RKDVARYTQL IERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: P0A7T3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.136495 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: P0AG63 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.164815 KDa
配列文字列:
KIRTLQGRVV SDKMEKSIVV AIERFVKHPI YGKFIKRTTK LHVHDENNEC GIGDVVEIRE CRPLSKTKSW TLVRVVEKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: P0A7T7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 7.735948 KDa
配列文字列:
KFCRFTAEGV QEIDYKDIAT LKNYITESGK IVPSRITGTR AKYQRQLARA IKRARYLSLL PYTDRH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: P0A7U3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.492095 KDa
配列文字列:
PRSLKKGPFI DLHLLKKVEK AVESGDKKPL RTWSRRSTIF PNMIGLTIAV HNGRQHVPVF VTDEMVGHKL GEFAPTRTYR GHAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: P0A7U7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.577268 KDa
配列文字列:
ANIKSAKKRA IQSEKARKHN ASRRSMMRTF IKKVYAAIEA GDKAAAQKAF NEMQPIVDRQ AAKGLIHKNK AARHKANLTA QINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: P68679 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 8.392844 KDa
配列文字列:
PVIKVRENEP FDVALRRFKR SCEKAGVLAE VRRREFYEKP TTERKRAKAS AVKRHAKKLA RENARRTRLY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #25: Probable endoribonuclease HigB1

分子名称: Probable endoribonuclease HigB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: P9WJA5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 14.003255 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
AAMGTWKFFR ASVDGRPVFK KEFDKLPDQA RAALIVLMQR YLVGDLAAGS IKPIRGDILE LRWHEANNHF RVLFFRWGQH PVALTAFYA NQQKTPKTKI ETALDRQKIW KRAFGDTPPI LE

UniProtKB: Probable endoribonuclease HigB1

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 詳細: P60422 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 29.663244 KDa
配列文字列: AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG ...文字列:
AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG AYVTLRLRSG EMRKVEADCR ATLGEVGNAE HMLRVLGKAG AARWRGVRPT VRGTAMNPVD HPHGGGEGRN FG KHPVTPW GVQTKGKKTR SNKRTDKFIV RRRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 詳細: P60438 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 22.291562 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG KKMAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / 詳細: P60723 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / 詳細: P62399 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 20.073234 KDa
配列文字列:
AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / 詳細: P0AG55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 18.801598 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 詳細: P0A7R1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 4.33008 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / 詳細: P0AA10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / 詳細: P0ADY3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / 詳細: P02413 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L16,50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L16,50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / 詳細: P0ADY7, P0A7M9,P0ADY7, P0A7M9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 16.913992 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV (4D4)(MS6)MKKDIHP KYEEITASCS CGNVMKIRST VGHDLNLDVC SKCHPFFTGK QRDVATGGRV DRFNKRFNI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16, Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / 詳細: P0ADY7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 5.946025 KDa
配列文字列:
GKGKGNVEYW VALIQPGKVL YEMDGVPEEL AREAFKLAAA KLPIKTTFVT KTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / 詳細: P0AG44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.505746 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / 詳細: P0C018 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 12.663471 KDa
配列文字列:
DKKSARIRRA TRARRKLQEL GATRLVVHRT PRHIYAQVIA PNGSEVLVAA STVEKAIAEQ LKYTGNKDAA AAVGKAVAER ALEKGIKDV SFDRSGFQYH GRVQALADAA REAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / 詳細: P0A7K6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / 詳細: P0A7L3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / 詳細: P0AG48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / 詳細: P61175 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / 詳細: P0ADZ0 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.546472 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / 詳細: P60624 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.078874 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / 詳細: P68919 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / 詳細: P0A7L8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.015344 KDa
配列文字列:
AHKKAGGSTR NGRDSEAKRL GVKRFGGESV LAGSIIVRQR GTKFHAGANV GCGRDHTLFA KADGKVKFEV KGPKNRKFIS IEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / 詳細: P0A7M2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / 詳細: P0A7M6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 7.155267 KDa
配列文字列:
KAKELREKSV EELNTELLNL LREQFNLRMQ AASGQLQQSH LLKQVRRDVA RVKTLLNEKA GA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / 詳細: P0AG51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 6.423625 KDa
配列文字列:
AKTIKITQTR SAIGRLPKHK ATLLGLGLRR IGHTVEREDT PAIRGMINAV SFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / 詳細: P0A7N4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 6.332249 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #53: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / 詳細: P0A7N9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 5.928 KDa
配列文字列:
GIREKIKLVS SAGTGHFYTT TKNKRTKPEK LELKKFDPVV RQHVIYKEAK I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / 詳細: P0A7P5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #55: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / 詳細: P0A7Q1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 7.181835 KDa
配列文字列:
PKIKTVRGAA KRFKKTGKGG FKHKHANLRH ILTKKATKRK RHLRPKAMVS KGDLGLVIAC LPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #56: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / 詳細: P0A7Q6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #57: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 313 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #58: N-FORMYLMETHIONINE

分子名称: N-FORMYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 1 / 式: FME
分子量理論値: 177.221 Da
Chemical component information

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE

+
分子 #59: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H19N2O5SKHEPES-KOH
50.0 mMKClKCL
10.0 mMMgOAcMgOAc
10.0 mMNH4ClNH4Cl
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 2s before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-65 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6381 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 294820
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: ab-initio model from cryoSPARC used as initial model for Relion image processing.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta-commit-c17c89 / 使用した粒子像数: 13877
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta-commit-c17c89
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta-commit-c17c89
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 10500 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta-commit-c17c89
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k00


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial local fitting was done chain by chain using Chimera. The model was then refine using coot and phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7nbu:
Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る