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万見
- EMDB-12234: C. thermophilum Pyruvate Dehydrogenase Complex Core from native c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12234
タイトルC. thermophilum Pyruvate Dehydrogenase Complex Core from native cell extracts
マップデータ
試料
  • 複合体: Native core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex from C. thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyl transacylase, Pyruvate Dehydrogenase Complex E2 component
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.2 Å
データ登録者Kyrilis FL / Semchonok DA / Skalidis I / Tueting C / Hamdi F / O'Reilly FJ / Rappsilber J / Kastritis PL
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Integrative structure of a 10-megadalton eukaryotic pyruvate dehydrogenase complex from native cell extracts.
著者: Fotis L Kyrilis / Dmitry A Semchonok / Ioannis Skalidis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a giant enzymatic assembly involved in pyruvate oxidation. PDHc components have been characterized in isolation, but the complex's quaternary structure ...The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a giant enzymatic assembly involved in pyruvate oxidation. PDHc components have been characterized in isolation, but the complex's quaternary structure has remained elusive due to sheer size, heterogeneity, and plasticity. Here, we identify fully assembled Chaetomium thermophilum α-keto acid dehydrogenase complexes in native cell extracts and characterize their domain arrangements utilizing mass spectrometry, activity assays, crosslinking, electron microscopy (EM), and computational modeling. We report the cryo-EM structure of the PDHc core and observe unique features of the previously unknown native state. The asymmetric reconstruction of the 10-MDa PDHc resolves spatial proximity of its components, agrees with stoichiometric data (60 E2p:12 E3BP:∼20 E1p: ≤ 12 E3), and proposes a minimum reaction path among component enzymes. The PDHc shows the presence of a dynamic pyruvate oxidation compartment, organized by core and peripheral protein species. Our data provide a framework for further understanding PDHc and α-keto acid dehydrogenase complex structure and function.
履歴
登録2021年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2021年2月24日-
現状2021年2月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0747
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0747
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12234.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.03 Å/pix.
x 250 pix.
= 1007.5 Å		4.03 Å/pix.
x 250 pix.
= 1007.5 Å		4.03 Å/pix.
x 250 pix.
= 1007.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0747 / ムービー #1: 0.0747
最小 - 最大-0.051921524 - 0.17748983
平均 (標準偏差)-0.00049081567 (±0.010953227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 1007.50006 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.034.034.03
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1007.5001007.5001007.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ410410410
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0520.177-0.000

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添付データ

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追加マップ: #18

ファイルemd_12234_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #6

ファイルemd_12234_additional_10.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: #5

ファイルemd_12234_additional_11.map
投影像・断面図
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追加マップ: #8

ファイルemd_12234_additional_12.map
投影像・断面図
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追加マップ: #7

ファイルemd_12234_additional_13.map
投影像・断面図
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追加マップ: #10

ファイルemd_12234_additional_14.map
投影像・断面図
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追加マップ: #9

ファイルemd_12234_additional_15.map
投影像・断面図
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投影像

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追加マップ: #2

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投影像・断面図
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追加マップ: #1

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投影像・断面図
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追加マップ: #13

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投影像・断面図
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追加マップ: #12

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投影像・断面図
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追加マップ: #11

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投影像・断面図
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投影像

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追加マップ: #15

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投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #14

ファイルemd_12234_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #17

ファイルemd_12234_additional_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #16

ファイルemd_12234_additional_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_12234_additional_8.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_12234_additional_9.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12234_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12234_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex from C. thermophilum

全体名称: Native core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex from C. thermophilum
要素
  • 複合体: Native core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex from C. thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyl transacylase, Pyruvate Dehydrogenase Complex E2 component

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超分子 #1: Native core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex from C. thermophilum

超分子名称: Native core of the Pyruvate Dehydrogenase Complex from C. thermophilum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 3 MDa

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分子 #1: Dihydrolipoyl transacylase, Pyruvate Dehydrogenase Complex E2 com...

分子名称: Dihydrolipoyl transacylase, Pyruvate Dehydrogenase Complex E2 component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MLAQVLRRQA LQHVRLARAA APSLTRWYAS YPPHTIVKMP ALSPTMTSGN IGAWQKKPGD AITPGEVLVE IETDKAQMDF EFQEEGVLAK ILKETGEKDV AVGSPIAVLV EEGTDINAFQ NFTLEDAGGD AAAPAAPAKE ELAKAETAPT PASTSAPEPE ETTSTGKLEP ...文字列:
MLAQVLRRQA LQHVRLARAA APSLTRWYAS YPPHTIVKMP ALSPTMTSGN IGAWQKKPGD AITPGEVLVE IETDKAQMDF EFQEEGVLAK ILKETGEKDV AVGSPIAVLV EEGTDINAFQ NFTLEDAGGD AAAPAAPAKE ELAKAETAPT PASTSAPEPE ETTSTGKLEP ALDREPNVSF AAKKLAHELD VPLKALKGTG PGGKITEEDV KKAASAPAAA AAAPGAAYQD IPISNMRKTI ATRLKESVSE NPHFFVTSEL SVSKLLKLRQ ALNSSAEGRY KLSVNDFLIK AIAVACKRVP AVNSSWRDGV IRQFDTVDVS VAVATPTGLI TPIVKGVEAK GLETISATVK ELAKKARDGK LKPEDYQGGT ISISNMGMNP AVERFTAIIN PPQAAILAVG TTKKVAVPVE NEDGTTGVEW DDQIVVTASF DHKVVDGAVG AEWMRELKKV VENPLELLL

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH2COOH / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細fractionated native cell extract

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 77.15 K / 最高: 120.0 K
詳細Coma Free kept better than 200nm in EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1926 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 34739 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1407677
詳細: Automated particle selection with the template derived from manual picking (selection)
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ct0

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 267547
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ct0


Chain - Chain ID: A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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