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- EMDB-12228: Red alga C.merolae Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12228
タイトルRed alga C.merolae Photosystem I光化学系I
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 18種
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 色素体 / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus ...チラコイド / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 色素体 / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI ...Photosystem I PsaO / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-F / Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 ...Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-F / Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center subunit VII / Photosystem I iron-sulfur center / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae strain 10D (シアニディオシゾン) / Red alga (シアニディオシゾン)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nelson N / Klaiman D / Hippler M
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Red alga C.merolae Photosystem I
著者: Nelson N / Klaiman D / Hippler M
履歴
登録2021年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.035
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7blz
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12228.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0186 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.07398664 - 0.16311452
平均 (標準偏差)0.00028240826 (±0.0065125544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0521.0521.052
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z315.600315.600315.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0740.1630.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12228_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12228_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I

全体名称: Photosystem I光化学系I
要素
  • 複合体: Photosystem I光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Similar to light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr3
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center subunit VII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PSI-F
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PSI-K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: ERGOSTEROLエルゴステロール
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DIACYL GLYCEROLジアシルグリセロール
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: Phosphatidylinositolホスファチジルイノシトール
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Photosystem I

超分子名称: Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Cyanidioschyzon merolae strain 10D (シアニディオシゾン)

+
分子 #1: Similar to light harvesting protein

分子名称: Similar to light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 19.551574 KDa
配列文字列:
QSPALPFLSK PPNLSPDMPG YRGFDPLRFS DAFDVNWLQE GEIKNGRVAM LACLHFFVTE FYQFPFFAGA PKLAGPAHDY FVKSGAMIQ ILAFIGFLEF LLHRGKVLYS DMEWKGRKPG ELGFNPLNLP NDKAMRDREV NNGRLAMLGF AGIIHGEFLN G KMPFEQIT NFQPL

+
分子 #2: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24

分子名称: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 19.79685 KDa
配列文字列:
GATMPSMPFL KRPSKLDGSL PGGEGCFDPL GFTEVFSLEW LREAEIKHCR VAMLAVLGVI AQEFGTFDFY NAKSKLQLSP DLHNQFVQN GALQQILLFV CAWEFIVGLP ALIESVNGNR EPGYFGFDPL KLGGTVGSAQ WKRMQAGELR NGRLAMIAFG G FFHQQLLT KQGIIEQLAH F

+
分子 #3: Lhcr3

分子名称: Lhcr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 19.041045 KDa
配列文字列:
VPFAPVPEAV RESGLAGSEA EFDPLMITSY LPISWMRESE VKHGRIAMLA FVGTLAQQAY QFPWYKGAPT TLVGAHDHFV TTALAQILL FTSAFEIVAG VPAAIQTVRG SGRLPGYYGF DPLGLWGKDE ASRKRMELAE VKNGRLAMIA MLALWHQEVL S GGMGVIEQ LVKQKF

+
分子 #4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 82.215789 KDa
配列文字列: EKQVKVVVDR DVVPTSFEKW AKPGHFSRSL AKGPKTTTWI WNLHADAHDF DSHTSSLEEV SRKIFSAHFG QLAIIFIWLS GMYFHGARF SNYVAWLSNP TGIKPSAQVV WPIVGQQILN ADVGGGMQGI QITSGLFQLW RASGIVNELQ LYVTALGGLG M AGLMIFAG ...文字列:
EKQVKVVVDR DVVPTSFEKW AKPGHFSRSL AKGPKTTTWI WNLHADAHDF DSHTSSLEEV SRKIFSAHFG QLAIIFIWLS GMYFHGARF SNYVAWLSNP TGIKPSAQVV WPIVGQQILN ADVGGGMQGI QITSGLFQLW RASGIVNELQ LYVTALGGLG M AGLMIFAG WFHYHKAAPK LEWFQNVESM LNHHLAGLLG LGSLSWAGHQ IHVSLPINKL LDAGVAPSSI PLPHEFILNR NL MAELYPS FQQGLVPFFT LNWKQYSDIL TFKGGLSPVT GGLWLTDVAH HHLAIAVLFL VAGHMYRTNW GIGHSIKQIL EAH KGPLTG EGHKGLYEIL TTSWHANLAI NLAMLGSLSI IVAHHMYAMP PYPYLATDYP TQLSLFTHHM WIGGFCIVGA GAHA AIYMV RDYSPTVNFN NVLDRMIRHR DAIISHLNWV CIFLGMHSFG LYIHNDTMRA LGRAQDMFSD TAIQLQPVFA QWIQQ IHTL APGNTAVNAL ATASYAFGAD TVTVGSKIAM MPIKLGTADF MVHHIHAFTI HVTTLILLKG VLYARNSRLI PDKANL GFR FPCDGPGRGG TCQVSAWDHV FLGLFWMYNA LSIVIFHFSW KMQSDVWGTV TSNGAISHIT GGNFAQSAIT INGWLRD FL WAQASQVIQS YGSSLSAYGL MFLGAHFVWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHNKLKVA PAIAPRALSI TQGRAVGV A HYLLGGIATT WAFFLARIIA VG

+
分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 81.976656 KDa
配列文字列: ATKFPKFSQA LASDPTTRRI WYGIATAHDF ESHDGMTEEN LYQKIFASHF GHLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEQWVANP LKTKPLAHA IWDPHFGQAA LKAFTRGDTV ANISYSGVYH WWYTIGIRNN VELYTGALGL LVLSAVFLLA GWLHIQPKFK P SLSWFKNN ...文字列:
ATKFPKFSQA LASDPTTRRI WYGIATAHDF ESHDGMTEEN LYQKIFASHF GHLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEQWVANP LKTKPLAHA IWDPHFGQAA LKAFTRGDTV ANISYSGVYH WWYTIGIRNN VELYTGALGL LVLSAVFLLA GWLHIQPKFK P SLSWFKNN ESRLNHHLAG LFGVSSLAWT GHLVHVAIPA SRGQHVGWDN FIMTPPHPAG LQPFFTGNWS VYAQSPDSMQ HV FGTSQGA GTAILTFLGG FHPQTQSLWL TDMAHHHLAI AVIFIVAGHM YRTNFGIGHN LKTILEAHRP PSGRLGKGHI GIY QTLTNS LHFQLGLALA SLSVVTSLVA QHMYAMPPYA YMAFDYVTQS ALYTHHQYIA GLLIVGAFAH GAIFFIRDYD PEQN QDNVL ARMLAHKEAV ISHLSWVSLF LGFHTLGLYV HNDVVVAFGN PEKQILIEPI FAQWIQATSG KMLYGFQVLL SSSTS NASV AAQQLWLPGW LEAVNNESNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDFGYSF PCDGPG RGG TCDISAWDAF YLAMFWMLNT IGWVTFYWHW KHLSLWQGNV AQFNESSTYL MGWLRDYLWL NSSPLINGYN PYGMNSL AV WSWMFLFAHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETLAWAHERT PLANLIRWKD KPVALSIVQA RLVGLVHFTV GYILTYAA F VIASTAGKFS

+
分子 #6: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 8.691076 KDa
配列文字列:
AHTVKIYDNC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKAGQMAS APRTEDCVGC KRCETACPTD FLSIRVYLGG ETTRSMGLAY

+
分子 #7: Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2

分子名称: Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 15.567736 KDa
配列文字列:
LNLKMPSPSF LGSTGGWLRC AETEEKYAMT WSSDQQHIFE MPTGGAAVMN SGDNLLYLAR KEQALALATQ LRTQFKIQDY KIYRIFPSG EVQYLHPKDG VLPYQVNKGR EQVGRVKSTI GKNVNPAQVK FTSKATYDR

+
分子 #8: Photosystem I iron-sulfur center subunit VII

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center subunit VII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 6.98504 KDa
配列文字列:
IKKGSLVKIL RPESFWYNEV GTVVNVETSK VLYPVLVRFD KVNYSGLNST NFSLDELVEI K

+
分子 #9: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 17.997396 KDa
配列文字列:
VLTPCQQSEA FHKREINEVR TLENRQANYE ANSPSYLALQ SQIDQVHKRF DKYGTLLCGQ DGLPHLITDG DWRHAREFTI PALLFLYIT GWIGWVGRSY LKYTKETKNP TEQEIILDVP MALKYMLSGF LWPLSAWQEY RSGQLLAKED EITVSP

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 3.276988 KDa
配列文字列:
SASYLPSILV PTVGLILPFA SMAILFIAIE K

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 4.410245 KDa
配列文字列:
MNLKKYLSTA PVVATLWLFL TAGILIELNR FFPDSLFY

+
分子 #12: PSI-K

分子名称: PSI-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 5.608732 KDa
配列文字列:
YTIPTIMVIS NLVGVAVGRY ALGRSDLTQL IASMCFGHII GVGIVLGLSN MGVI

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 14.69097 KDa
配列文字列:
DYIKPYNNDP FVGHLATPIN SSSLTRAYLS QLPIYRRGVS PFLRGLEIGM AHGYFLIGPF VQLGPLRNTD IKYLAGLLSA IGLIVILTL GMLLYGAVSF TNDSQDLESV DGWRQLASGF LLGAVGGAGF AYLLLTL

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 2.937604 KDa
配列文字列:
ITDNQVFVAL IMALVCGYLA VKLAKQL

+
分子 #15: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (シアニディオシゾン) / 株: 10D
分子量理論値: 10.485055 KDa
配列文字列:
FEVSDGEPYP LNPAVIFIAL IGWSAVAAIP SNIPVLGGTG LTQAFLASIQ RLLAQYPTGP KLDDPFWFYL IVYHVGLFAL LIFGQIGYA GYAKGTYN

+
分子 #16: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 132 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #17: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 13 / 式: C7Z
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-C7Z:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル

+
分子 #18: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 5 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン / Β-クリプトキサンチン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #20: ERGOSTEROL

分子名称: ERGOSTEROL / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: ERG
分子量理論値: 396.648 Da
Chemical component information

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル / エルゴステロール

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #22: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #23: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル / ジアシルグリセロール

+
分子 #24: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

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分子 #25: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 4 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

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分子 #26: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

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分子 #27: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #29: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 3 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

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分子 #30: Phosphatidylinositol

分子名称: Phosphatidylinositol / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: T7X
分子量理論値: 887.128 Da
Chemical component information

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール

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分子 #31: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #32: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #33: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 249 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7220 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1198564
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5zgh

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 16117 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 再構成使用したクラス数: 8 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 128943
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7blz:
Red alga C.merolae Photosystem I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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