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- EMDB-12137: Native virion of Kashmir bee virus at acidic pH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12137
タイトルNative virion of Kashmir bee virus at acidic pH
マップデータNative virion of Kashmir bee virus at acidic pH
試料
  • ウイルス: Kashmir bee virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
キーワードViruses / Riboviria / Orthornavirae / Pisuviricota / Pisoniviricetes / Picornavirales / Dicistroviridae / Aparavirus / Kashmir Bee Virus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Kashmir bee virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mukhamedova L / Plevka P
資金援助 チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech RepublicGX19-25982X チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2011033 チェコ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Virion structure and genome release mechanism of dicistrovirus Kashmir bee virus.
著者: Liya Mukhamedova / Tibor Füzik / Jiří Nováček / Dominik Hrebík / Antonín Přidal / Gerardo A Marti / Diego M A Guérin / Pavel Plevka /
要旨: Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number ...Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number of honeybee colonies in North America, Europe, Australia, and other parts of the world. Despite the economic and ecological impact of KBV, its structure and infection process remain unknown. Here we present the structure of the virion of KBV determined to a resolution of 2.8 Å. We show that the exposure of KBV to acidic pH induces a reduction in inter-pentamer contacts within capsids and the reorganization of its RNA genome from a uniform distribution to regions of high and low density. Capsids of KBV crack into pieces at acidic pH, resulting in the formation of open particles lacking pentamers of capsid proteins. The large openings of capsids enable the rapid release of genomes and thus limit the probability of their degradation by RNases. The opening of capsids may be a shared mechanism for the genome release of viruses from the family The western honeybee () is indispensable for maintaining agricultural productivity as well as the abundance and diversity of wild flowering plants. However, bees suffer from environmental pollution, parasites, and pathogens, including viruses. Outbreaks of virus infections cause the deaths of individual honeybees as well as collapses of whole colonies. Kashmir bee virus has been associated with colony collapse disorder in the US, and no cure of the disease is currently available. Here we report the structure of an infectious particle of Kashmir bee virus and show how its protein capsid opens to release the genome. Our structural characterization of the infection process determined that therapeutic compounds stabilizing contacts between pentamers of capsid proteins could prevent the genome release of the virus.
履歴
登録2020年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bc3
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bc3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native virion of Kashmir bee virus at acidic pH
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.8 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.8 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.07362686 - 0.13400002
平均 (標準偏差)0.0003802212 (±0.010732347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-170-170-170
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 363.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.800363.800363.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-170-170-170
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0740.1340.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Kashmir bee virus

全体名称: Kashmir bee virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Kashmir bee virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein

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超分子 #1: Kashmir bee virus

超分子名称: Kashmir bee virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 68876 / 生物種: Kashmir bee virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
分子量理論値: 5.932 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Full virus / 直径: 350.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kashmir bee virus (ウイルス)
分子量理論値: 5.906802 KDa
配列文字列:
PTSENPKIGP ISEVASGVKT AANGIERIPV LGEIAKPVTA AVKWFADIVG GVAAIFGW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kashmir bee virus (ウイルス)
分子量理論値: 23.794531 KDa
配列文字列: INLSNKTDEN TISFFDSGDP ERMNSEALMR GCGEQIVNLR PLLRTFRTIN DNWSLAANTK TPITDLTNTA DAEGRDYMSY LSFLYRFYR GGRRYKFFNT TPLKQSQTCY VRSFLIPRNY TADEINTDGP SHITYPVINP VHEVEVPFYS QYRKIPIAST T DKGYDSSL ...文字列:
INLSNKTDEN TISFFDSGDP ERMNSEALMR GCGEQIVNLR PLLRTFRTIN DNWSLAANTK TPITDLTNTA DAEGRDYMSY LSFLYRFYR GGRRYKFFNT TPLKQSQTCY VRSFLIPRNY TADEINTDGP SHITYPVINP VHEVEVPFYS QYRKIPIAST T DKGYDSSL MYYTNVGTQQ IVARAGNDDF TFGWMIGTPQ LQGITKEVAN

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kashmir bee virus (ウイルス)
分子量理論値: 32.168475 KDa
配列文字列: SKPRNQNQVM PLQNVPGWGY SLYKGIDMSV PLAYDPNNEL GDLRDVFPSA VDEMAIGYVC GNPAIKHVLT WSTTDVVQNP ISNGDDWGG VIPVGMPCYS KTIRAVKGAT STKTEVMDPA PCEYVANLFS YWRATMCYRI TVVKTAFHTG RLEIFFEPGS I PTVRTADN ...文字列:
SKPRNQNQVM PLQNVPGWGY SLYKGIDMSV PLAYDPNNEL GDLRDVFPSA VDEMAIGYVC GNPAIKHVLT WSTTDVVQNP ISNGDDWGG VIPVGMPCYS KTIRAVKGAT STKTEVMDPA PCEYVANLFS YWRATMCYRI TVVKTAFHTG RLEIFFEPGS I PTVRTADN LGPDQTQLNG TIAPSDNNYK YILDLTNDTE VTIKVPYVSN KMFMKTVGIY GAHDEDNWNF DESFTGFLCI RP ITKLMAP DTVSQKVSIV VWKWAEDVVV VEPKPLTSGP TQVYNPPAVA RDL

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kashmir bee virus (ウイルス)
分子量理論値: 27.871395 KDa
配列文字列: NVHNTKLAST SAENAIEKEQ ITTFHDVETP NRIDTPMAQD TSSARSMDDT HSIIQFLQRP VLIDNIEIVA GTTADNNTAL SRYVLDRTN PQKYIKQWTL PSTVLKAGGK AQKLANFKYL RCDVQVKLVL NANPFIAGRL YLAYSPYDDK VAPERRIIYT S RAGVTGYP ...文字列:
NVHNTKLAST SAENAIEKEQ ITTFHDVETP NRIDTPMAQD TSSARSMDDT HSIIQFLQRP VLIDNIEIVA GTTADNNTAL SRYVLDRTN PQKYIKQWTL PSTVLKAGGK AQKLANFKYL RCDVQVKLVL NANPFIAGRL YLAYSPYDDK VAPERRIIYT S RAGVTGYP GVELDFQLDN SVEMTIPYAS FQEAYDLVSG NEDFVQLYLF TIAPVLGPSA ESANSKVDLS VYMWLDNISL VI PTYRLNP NL

UniProtKB: Structural polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 103.15 K / 最高: 108.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8193 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 94.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.134 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.214 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4115

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 67748
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cdc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 26.88 / 当てはまり具合の基準: Cross- correlation
得られたモデル

PDB-7bc3:
Native virion of Kashmir bee virus at acidic pH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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