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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12027 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 4.1 A resolution | |||||||||||||||
![]() | Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 4.1 A resolution | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() glial cell projection elongation / trachea development / iodide transmembrane transporter activity / iodide transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / mucus secretion / cellular response to peptide / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity ...glial cell projection elongation / trachea development / iodide transmembrane transporter activity / iodide transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / mucus secretion / cellular response to peptide / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / protein localization to membrane / chloride transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Lam AKM / Rheinberger J / Paulino C / Dutzler R | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Gating the pore of the calcium-activated chloride channel TMEM16A. 著者: Andy K M Lam / Jan Rheinberger / Cristina Paulino / Raimund Dutzler / ![]() ![]() 要旨: The binding of cytoplasmic Ca to the anion-selective channel TMEM16A triggers a conformational change around its binding site that is coupled to the release of a gate at the constricted neck of an ...The binding of cytoplasmic Ca to the anion-selective channel TMEM16A triggers a conformational change around its binding site that is coupled to the release of a gate at the constricted neck of an hourglass-shaped pore. By combining mutagenesis, electrophysiology, and cryo-electron microscopy, we identified three hydrophobic residues at the intracellular entrance of the neck as constituents of this gate. Mutation of each of these residues increases the potency of Ca and results in pronounced basal activity. The structure of an activating mutant shows a conformational change of an α-helix that contributes to Ca binding as a likely cause for the basal activity. Although not in physical contact, the three residues are functionally coupled to collectively contribute to the stabilization of the gate in the closed conformation of the pore, thus explaining the low open probability of the channel in the absence of Ca. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 173.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 4.1 A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.012 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12027_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12027_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : mTMEM16A(ac)-I551A in calcium-bound form
全体 | 名称: mTMEM16A(ac)-I551A in calcium-bound form |
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要素 |
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-超分子 #1: mTMEM16A(ac)-I551A in calcium-bound form
超分子 | 名称: mTMEM16A(ac)-I551A in calcium-bound form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 221.908 KDa |
-分子 #1: Anoctamin-1
分子 | 名称: Anoctamin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 111.016914 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRVPEKYSTL PAEDRSVHIV NICAIEDLGY LPSEGTLLNS LSVDPDAECK YGLYFRDGKR KVDYILVYHH KRASGSRTLA RRGLQNDMV LGTRSVRQDQ PLPGKGSPVD AGSPEVPMDY HEDDKRFRRE EYEGNLLEAG LELENDEDTK IHGVGFVKIH A PWHVLCRE ...文字列: MRVPEKYSTL PAEDRSVHIV NICAIEDLGY LPSEGTLLNS LSVDPDAECK YGLYFRDGKR KVDYILVYHH KRASGSRTLA RRGLQNDMV LGTRSVRQDQ PLPGKGSPVD AGSPEVPMDY HEDDKRFRRE EYEGNLLEAG LELENDEDTK IHGVGFVKIH A PWHVLCRE AEFLKLKMPT KKVYHISETR GLLKTINSVL QKITDPIQPK VAEHRPQTTK RLSYPFSREK QHLFDLTDRD SF FDSKTRS TIVYEILKRT TCTKAKYSMG ITSLLANGVY SAAYPLHDGD YEGDNVEFND RKLLYEEWAS YGVFYKYQPI DLV RKYFGE KVGLYFAWLG AYTQMLIPAS IVGVIVFLYG CATVDENIPS MEMCDQRYNI TMCPLCDKTC SYWKMSSACA TARA SHLFD NPATVFFSVF MALWAATFME HWKRKQMRLN YRWDLTGFEE EEEAVKDHPR AEYEARVLEK SLRKESRNKE TDKVK LTWR DRFPAYFTNL VSIIFMIAVT FAIVLGVIIY RISTAAALAM NSSPSVRSNI RVTVTATAVI INLVVIALLD EVYGCI ARW LTKIEVPKTE KSFEERLTFK AFLLKFVNSY TPIFYVAFFK GRFVGRPGDY VYIFRSFRME ECAPGGCLME LCIQLSI IM LGKQLIQNNL FEIGIPKMKK FIRYLKLRRQ SPSDREEYVK RKQRYEVDFN LEPFAGLTPE YMEMIIQFGF VTLFVASF P LAPLFALLNN IIEIRLDAKK FVTELRRPVA IRAKDIGIWY NILRGVGKLA VIINAFVISF TSDFIPRLVY LYMYSQNGT MHGFVNHTLS SFNVSDFQNG TAPNDPLDLG YEVQICRYKD YREPPWSEHK YDISKDFWAV LAARLAFVIV FQNLVMFMSD FVDWVIPDI PKDISQQIHK EKVLMVELFM REEQGKQQLL DTWMEKEKPR DVPCNNHSPT THPEAGDGSP VPSYEYHGDA L |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: CaCl2 was added immediately before freezing Free calcium concentration is 1mM. | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13) |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() |