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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 11ba | ||||||
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タイトル | BINDING OF A SUBSTRATE ANALOGUE TO A DOMAIN SWAPPING PROTEIN IN THE COMPLEX OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE WITH URIDYLYL-2',5'-ADENOSINE | ||||||
要素 | PROTEIN (RIBONUCLEASE, SEMINAL) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PHOSPHORIC DIESTER / RNA / 2'-5'-DINUCLEOTIDE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine. 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1997 タイトル: Cosolute Effect on Crystallization of Two Dinucleotide Complexes of Bovine Seminal Ribonuclease from Concentrated Salt Solutions 著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Capasso, S. / Mazzarella, L. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: Swapping structural determinants of ribonucleases: an energetic analysis of the hinge peptide 16-22. 著者: Mazzarella, L. / Vitagliano, L. / Zagari, A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution. 著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 11ba.cif.gz | 65 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb11ba.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 11ba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 11ba_validation.pdf.gz | 516.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 11ba_full_validation.pdf.gz | 519.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 11ba_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 11ba_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/1b/11ba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/1b/11ba | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bsrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.724319, 0.008343, -0.689414), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH URIDYLYL-2',5'-ADENOSINE / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: SEMINAL FLUID / 参照: UniProt: P00669, GenBank: 1438988, EC: 3.1.27.5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→10 Å / Num. obs: 15798 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.25 Å / % possible all: 91 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BSR 解像度: 2.06→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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