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- EMDB-11988: Cryo-EM structure of complement C4b in complex with nanobody E3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11988
タイトルCryo-EM structure of complement C4b in complex with nanobody E3
マップデータDeepEMhancer-postprocessed, locally sharpened cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody E3.
試料
  • 複合体: Complement C4b bound to nanobody E3
    • 複合体: Complement C4 beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4 beta chain
    • 複合体: Complement C4 alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4 alpha chain
    • 複合体: Complement C4 gamma chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4 gamma chain
    • 複合体: Nanobody E3
      • タンパク質・ペプチド: Anti-C4b nanobody E3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplement / nanobody / C4b / complement classical pathway / nanobody-antigen complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C1q complex binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...complement component C1q complex binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / axon / innate immune response / neuronal cell body / dendrite / synapse / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system ...: / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Oosterheert W / De la O Becerra KI
資金援助 メキシコ, 1件
OrganizationGrant number国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)604718 メキシコ
引用ジャーナル: J Immunol / 年: 2022
タイトル: Multifaceted Activities of Seven Nanobodies against Complement C4b.
著者: Karla I De la O Becerra / Wout Oosterheert / Ramon M van den Bos / Katerina T Xenaki / Joseph H Lorent / Maartje Ruyken / Arie Schouten / Suzan H M Rooijakkers / Paul M P van Bergen En Henegouwen / Piet Gros /
要旨: Cleavage of the mammalian plasma protein C4 into C4b initiates opsonization, lysis, and clearance of microbes and damaged host cells by the classical and lectin pathways of the complement system. ...Cleavage of the mammalian plasma protein C4 into C4b initiates opsonization, lysis, and clearance of microbes and damaged host cells by the classical and lectin pathways of the complement system. Dysregulated activation of C4 and other initial components of the classical pathway may cause or aggravate pathologies, such as systemic lupus erythematosus, Alzheimer disease, and schizophrenia. Modulating the activity of C4b by small-molecule or protein-based inhibitors may represent a promising therapeutic approach for preventing excessive inflammation and damage to host cells and tissue. Here, we present seven nanobodies, derived from llama () immunization, that bind to human C4b () with high affinities ranging from 3.2 nM to 14 pM. The activity of the nanobodies varies from no to complete inhibition of the classical pathway. The inhibiting nanobodies affect different steps in complement activation, in line with blocking sites for proconvertase formation, C3 substrate binding to the convertase, and regulator-mediated inactivation of C4b. For four nanobodies, we determined single-particle cryo-electron microscopy structures in complex with C4b at 3.4-4 Å resolution. The structures rationalize the observed functional effects of the nanobodies and define their mode of action during complement activation. Thus, we characterized seven anti-C4b nanobodies with diverse effects on the classical pathway of complement activation that may be explored for imaging, diagnostic, or therapeutic applications.
履歴
登録2020年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b2m
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b2m
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11988.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11988.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer-postprocessed, locally sharpened cryo-EM density map of complement C4b in complex with nanobody E3.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.55 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.55 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085 / ムービー #1: 0.085
最小 - 最大-0.0017768177 - 1.9558054
平均 (標準偏差)0.00094827975 (±0.022581274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 308.55 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.02851.02851.0285
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.550308.550308.550
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0021.9560.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_11988_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Refined, unsharpened density map of complement C4b in...

ファイルemd_11988_additional_1.map
注釈Refined, unsharpened density map of complement C4b in complex with nanobody E3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local-resolution filtered, sharpenend (B = -72 A2) density...

ファイルemd_11988_additional_2.map
注釈Local-resolution filtered, sharpenend (B = -72 A2) density map of complement C4b in complex with nanobody E3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1 of the refinement of complement...

ファイルemd_11988_half_map_1.map
注釈Half map 1 of the refinement of complement C4b in complex with nanobody E3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2 of the refinement of complement...

ファイルemd_11988_half_map_2.map
注釈Half map 2 of the refinement of complement C4b in complex with nanobody E3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Complement C4b bound to nanobody E3

全体名称: Complement C4b bound to nanobody E3
要素
  • 複合体: Complement C4b bound to nanobody E3
    • 複合体: Complement C4 beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4 beta chain
    • 複合体: Complement C4 alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4 alpha chain
    • 複合体: Complement C4 gamma chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C4 gamma chain
    • 複合体: Nanobody E3
      • タンパク質・ペプチド: Anti-C4b nanobody E3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: Complement C4b bound to nanobody E3

超分子名称: Complement C4b bound to nanobody E3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 203 KDa

+
超分子 #2: Complement C4 beta chain

超分子名称: Complement C4 beta chain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72 KDa

+
超分子 #3: Complement C4 alpha chain

超分子名称: Complement C4 alpha chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84 KDa

+
超分子 #4: Complement C4 gamma chain

超分子名称: Complement C4 gamma chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33 KDa

+
超分子 #5: Nanobody E3

超分子名称: Nanobody E3 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14 KDa

+
分子 #1: Complement C4 beta chain

分子名称: Complement C4 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.761688 KDa
配列文字列: KPRLLLFSPS VVHLGVPLSV GVQLQDVPRG QVVKGSVFLR NPSRNNVPCS PKVDFTLSSE RDFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEV QLVAHSPWLK DSLSRTTNIQ GINLLFSSRR GHLFLQTDQP IYNPGQRVRY RVFALDQKMR PSTDTITVMV E NSHGLRVR ...文字列:
KPRLLLFSPS VVHLGVPLSV GVQLQDVPRG QVVKGSVFLR NPSRNNVPCS PKVDFTLSSE RDFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEV QLVAHSPWLK DSLSRTTNIQ GINLLFSSRR GHLFLQTDQP IYNPGQRVRY RVFALDQKMR PSTDTITVMV E NSHGLRVR KKEVYMPSSI FQDDFVIPDI SEPGTWKISA RFSDGLESNS STQFEVKKYV LPNFEVKITP GKPYILTVPG HL DEMQLDI QARYIYGKPV QGVAYVRFGL LDEDGKKTFF RGLESQTKLV NGQSHISLSK AEFQDALEKL NMGITDLQGL RLY VAAAII ESPGGEMEEA ELTSWYFVSS PFSLDLSKTK RHLVPGAPFL LQALVREMSG SPASGIPVKV SATVSSPGSV PEVQ DIQQN TDGSGQVSIP IIIPQTISEL QLSVSAGSPH PAIARLTVAA PPSGGPGFLS IERPDSRPPR VGDTLNLNLR AVGSG ATFS HYYYMILSRG QIVFMNREPK RTLTSVSVFV DHHLAPSFYF VAFYYHGDHP VANSLRVDVQ AGACEGKLEL SVDGAK QYR NGESVKLHLE TDSLALVALG ALDTALYAAG SKSHKPLNMG KVFEAMNSYD LGCGPGGGDS ALQVFQAAGL AFSDGDQ WT LSRKRLSCPK EKTT

UniProtKB: Complement C4-A

+
分子 #2: Complement C4 alpha chain

分子名称: Complement C4 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.270055 KDa
配列文字列: NVNFQKAINE KLGQYASPTA KRCCQDGVTR LPMMRSCEQR AARVQQPDCR EPFLSCCQFA ESLRKKSRDK GQAGLQRALE ILQEEDLID EDDIPVRSFF PENWLWRVET VDRFQILTLW LPDSLTTWEI HGLSLSKTKG LCVATPVQLR VFREFHLHLR L PMSVRRFE ...文字列:
NVNFQKAINE KLGQYASPTA KRCCQDGVTR LPMMRSCEQR AARVQQPDCR EPFLSCCQFA ESLRKKSRDK GQAGLQRALE ILQEEDLID EDDIPVRSFF PENWLWRVET VDRFQILTLW LPDSLTTWEI HGLSLSKTKG LCVATPVQLR VFREFHLHLR L PMSVRRFE QLELRPVLYN YLDKNLTVSV HVSPVEGLCL AGGGGLAQQV LVPAGSARPV AFSVVPTAAA AVSLKVVARG SF EFPVGDA VSKVLQIEKE GAIHREELVY ELNPLDHRGR TLEIPGNSDP NMIPDGDFNS YVRVTASDPL DTLGSEGALS PGG VASLLR LPRGCGEQTM IYLAPTLAAS RYLDKTEQWS TLPPETKDHA VDLIQKGYMR IQQFRKADGS YAAWLSRDSS TWLT AFVLK VLSLAQEQVG GSPEKLQETS NWLLSQQQAD GSFQDPCPVL DRSMQGGLVG NDETVALTAF VTIALHHGLA VFQDE GAEP LKQRVEASIS KANSFLGEKA SAGLLGAHAA AITAYALSLT KAPVDLLGVA HNNLMAMAQE TGDNLYWGSV TGSQSN AVS PTPAPRNPSD PMPQAPALWI ETTAYALLHL LLHEGKAEMA DQASAWLTRQ GSFQGGFRST QDTVIALDAL SAYWIAS HT TEERGLNVTL SSTGRNGFKS HALQLNNRQI RGLEEELQFS LGSKINVKVG GNSKGTLKVL RTYNVLDMKN TTCQDLQI E VTVKGHVEYT MEANEDYEDY EYDELPAKDD PDAPLQPVTP LQLFEG

UniProtKB: Complement C4-A

+
分子 #3: Complement C4 gamma chain

分子名称: Complement C4 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.115629 KDa
配列文字列: EAPKVVEEQE SRVHYTVCIW RNGKVGLSGM AIADVTLLSG FHALRADLEK LTSLSDRYVS HFETEGPHVL LYFDSVPTSR ECVGFEAVQ EVPVGLVQPA SATLYDYYNP ERRCSVFYGA PSKSRLLATL CSAEVCQCAE GKCPRQRRAL ERGLQDEDGY R MKFACYYP ...文字列:
EAPKVVEEQE SRVHYTVCIW RNGKVGLSGM AIADVTLLSG FHALRADLEK LTSLSDRYVS HFETEGPHVL LYFDSVPTSR ECVGFEAVQ EVPVGLVQPA SATLYDYYNP ERRCSVFYGA PSKSRLLATL CSAEVCQCAE GKCPRQRRAL ERGLQDEDGY R MKFACYYP RVEYGFQVKV LREDSRAAFR LFETKITQVL HFTKDVKAAA NQMRNFLVRA SCRLRLEPGK EYLIMGLDGA TY DLEGHPQ YLLDSNSWIE EMPSERLCRS TRQRAACAQL NDFLQEYGTQ GCQV

UniProtKB: Complement C4-A

+
分子 #4: Anti-C4b nanobody E3

分子名称: Anti-C4b nanobody E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.489004 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGSDFS ANAVGWYRQA PGKQRVVVAS ISSTGNTKYS NSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCWLFR FGIENYWGQG TQVTVSSHGS GLVPRGSGGG HHHHHH

+
分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaPO4sodium phosphate
145.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 1x PBS.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 4.5 seconds, force 1.
詳細Purified components were mixed before vitrification.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1396 / 平均露光時間: 6.4 sec. / 平均電子線量: 51.7 e/Å2 / 詳細: 32 frames of 0.2 seconds.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 617600
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4xam
PDB 未公開エントリ


詳細: First crystal structure of C4b.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: performed in RELION / 使用した粒子像数: 176318
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Performed in RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Performed in RELION
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 106749 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5jtw

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5jtw

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5jtw

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Model was refined in the local-resolution filtered Relion map using Phenix real space refine.
精密化空間: REAL / 当てはまり具合の基準: Map to model FSC
得られたモデル

PDB-7b2m:
Cryo-EM structure of complement C4b in complex with nanobody E3

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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