[日本語] English
万見
- EMDB-11890: Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex sta... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11890
タイトルBacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state A. Ribosomal 50S subunit with peptidyl tRNA in the A/P position and RqcH.
マップデータBacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Filtered by local resolution.
試料
  • 複合体: 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP
    • 複合体: RqcH
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: 50S ribosomal subunit in complex with P-tRNA, and YabO/RqcP
      • RNA: x 3種
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
機能・相同性
機能・相同性情報


RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding ...RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NFACT protein RNA binding domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type ...NFACT protein RNA binding domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe C / Wilson DN
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
German Research Foundation (DFG)SPP-1879 ドイツ
Swedish Research Council2018-00956 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01085 スウェーデン
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Bacterial Ribosome-Associated Quality Control by RqcH and RqcP.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Hiraku Takada / Victoriia Murina / Christine Polte / Sergo Kasvandik / Tanel Tenson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
要旨: In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, ...In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, leaving an unfinished polypeptide still attached to the large subunit. Ancient and conserved NEMF family RQC proteins target these incomplete proteins for degradation by the addition of C-terminal "tails." How such tailing can occur without the regular suite of translational components is, however, unclear. Using single-particle cryo-electron microscopy (EM) of native complexes, we show that C-terminal tailing in Bacillus subtilis is mediated by NEMF protein RqcH in concert with RqcP, an Hsp15 family protein. Our structures reveal how these factors mediate tRNA movement across the ribosomal 50S subunit to synthesize polypeptides in the absence of mRNA or the small subunit.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7as9
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11890.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Filtered by local resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.01185957 - 0.031977873
平均 (標準偏差)-4.0649098e-05 (±0.0022294708)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 344.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z344.400344.400344.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0120.032-0.000

-
添付データ

-
追加マップ: Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with...

ファイルemd_11890_additional_1.map
注釈Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Post-processed with automatically estimated b-factor.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with...

ファイルemd_11890_additional_2.map
注釈Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Output from RELION Refine3D job.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with...

ファイルemd_11890_additional_3.map
注釈Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Solvent mask.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with...

ファイルemd_11890_half_map_1.map
注釈Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with...

ファイルemd_11890_half_map_2.map
注釈Bacillus subtilis 50S ribosome subunit in complex with RqcH and A/P-like tRNA. Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP

全体名称: 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP
要素
  • 複合体: 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP
    • 複合体: RqcH
      • タンパク質・ペプチド: Rqc2 homolog RqcH
    • 複合体: 50S ribosomal subunit in complex with P-tRNA, and YabO/RqcP
      • RNA: tRNA-Ala-1-1
      • RNA: 23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36

+
超分子 #1: 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP

超分子名称: 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
分子量理論値: 1.6 MDa

+
超分子 #2: RqcH

超分子名称: RqcH / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
組換発現生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)

+
超分子 #3: 50S ribosomal subunit in complex with P-tRNA, and YabO/RqcP

超分子名称: 50S ribosomal subunit in complex with P-tRNA, and YabO/RqcP
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#32
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)

+
分子 #1: Rqc2 homolog RqcH

分子名称: Rqc2 homolog RqcH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 68.341391 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
配列文字列: MSFDGMFTYG MTHELNEKIM GGRITKIHQP YKHDVIFHIR AKGKNQKLLL SAHPSYSRVH ITAQAYENPS EPPMFCMLLR KHIEGGFIE KIEQAGLDRI MIFHIKSRNE IGDETVRKLY VEIMGRHSNI ILTDAAENVI IDGLKHLSPS MNSYRTVLPG Q DYKLPPAQ ...文字列:
MSFDGMFTYG MTHELNEKIM GGRITKIHQP YKHDVIFHIR AKGKNQKLLL SAHPSYSRVH ITAQAYENPS EPPMFCMLLR KHIEGGFIE KIEQAGLDRI MIFHIKSRNE IGDETVRKLY VEIMGRHSNI ILTDAAENVI IDGLKHLSPS MNSYRTVLPG Q DYKLPPAQ DKISPLEASE DDILRHLSFQ EGRLDKQIVD HFSGVSPLFA KEAVHRAGLA NKVTLPKALL ALFAEVKEHR FI PNITTVN GKEYFYLLEL THLKGEARRF DSLSELLDRF YFGKAERDRV KQQAQDLERF VVNERKKNAN KIKKLEKTLE YSE NAKEFQ LYGELLTANL YMLKKGDKQA EVINYYDEES PTITIPLNPN KTPSENAQAY FTKYQKAKNS VAVVEEQIRL AQEE IEYFD QLIQQLSSAS PRDISEIREE LVEGKYLRPK QQKGQKKQKP HNPVLETYES TSGLTILVGK NNRQNEYLTT RVAAR DDIW LHTKDIPGSH VVIRSSEPDE QTIMEAATIA AYFSKAKDSS SVPVDYTKIR HVKKPNGAKP GFVTYDSQHT VFVTPD ADT VIKLKKSGSG GDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKG

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 30.335125 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE GKYVLVRLNS GEVRMILSAC RASIGQVGNE QHELINIGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRKSPM SPWGKPTLGF KTRKKKNKSD KFIVRRRKNK

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 22.723348 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ITVQNLEIVK VDAERNLLLI KGNVPGAKKS LITVKSAVKS K

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 22.424951 KDa
配列文字列: MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR ...文字列:
MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR NIPGVTVVEA NGINVLDVVN HEKLLITKAA VEKVEEVLA

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 20.177564 KDa
配列文字列:
MNRLKEKYNK EIAPALMTKF NYDSVMQVPK IEKIVINMGV GDAVQNAKAI DSAVEELTFI AGQKPVVTRA KKSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYDF LDKLISVSLP RVRDFRGVSK KSFDGRGNYT LGIKEQLIFP EIDYDKVTKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLTQVGMPFQ K

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 19.543389 KDa
配列文字列:
MSRVGKKLLE IPSDVTVTLN DNNTVAVKGP KGELTRTFHP DMEIKVEDNV LTVARPSDQK EHRALHGTTR SLLGNMVEGV SKGFERGLE LVGVGYRASK SGNKLVLNVG YSHPVEIVPE EGIEIEVPSQ TKVVVKGTDK ERVGAIAANI RAVRSPEPYK G KGIRYEGE VVRRKEGKSA K

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 14.951442 KDa
配列文字列:
MAKKVVKVVK LQIPAGKANP APPVGPALGQ AGVNIMGFCK EFNARTADQA GLIIPVEISV YEDRSFTFIT KTPPAAVLLK KAAGIESGS GEPNRNKVAT VKRDKVREIA ETKMPDLNAA DVEAAMRMVE GTARSMGIVI ED

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 18.101748 KDa
配列文字列:
MSSAIETKKV VVEEIASKLK ESKSTIIVDY RGLNVSEVTE LRKQLREANV EFKVYKNTMT RRAVEQAELN GLNDFLTGPN AIAFSTEDV VAPAKVLNDF AKNHEALEIK AGVIEGKVST VEEVKALAEL PSREGLLSML LSVLQAPVRN LALAAKAVAE Q KEEQGA

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 16.407104 KDa
配列文字列:
MRTTPMANAS TIERKWLVVD AAGKTLGRLS SEVAAILRGK HKPTYTPHVD TGDHVIIINA EKIELTGKKL TDKIYYRHTQ HPGGLKSRT ALEMRTNYPE KMLELAIKGM LPKGSLGRQM FKKLNVYRGS EHPHEAQKPE VYELRG

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.175288 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 15.410694 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 16.223049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKREEIGG ESNES

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.774806 KDa
配列文字列:
MSYRKLGRTS AQRKAMLRDL TTDLIINERI ETTETRAKEL RSVVEKMITL GKRGDLHARR QAAAYIRNEV ANEENNQDAL QKLFSDIAT RYEERQGGYT RIMKLGPRRG DGAPMAIIEL V

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 12.993829 KDa
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.416853 KDa
配列文字列:
MQKLIEDITK EQLRTDLPAF RPGDTLRVHV KVVEGNRERI QIFEGVVIKR RGGGISETFT VRKISYGVGV ERTFPVHTPK IAKIEVVRY GKVRRAKLYY LRELRGKAAR IKEIRR

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.669189 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RKRRKKVLKL AKGYFGSKHT LYKVANQQVM KSGNYAFRDR RQKKRDFRKL WITRINAAAR MNGLSYSRLM HGLKLSGIE VNRKMLADLA VNDLTAFNQL ADAAKAQLNK

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 11.296081 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QIKVEEGQTV YIEKLAAEAG ETVTFEDVLF VGGDNVKVGN PTVEGATVTA KVEKQGRAKK ITVFRYKPKK NVHKKQGHR QPYTKVTIEK INA

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 12.481608 KDa
配列文字列:
MQAKAVARTV RIAPRKARLV MDLIRGKQVG EAVSILNLTP RAASPIIEKV LKSAIANAEH NYEMDANNLV ISQAFVDEGP TLKRFRPRA MGRASQINKR TSHITIVVSE KKEG

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.978813 KDa
配列文字列:
MKDPRDVLKR PVITERSADL MTEKKYTFEV DVRANKTEVK DAVESIFGVK VDKVNIMNYK GKSKRVGRYT GMTSRRRKAI VKLTADSKE IEIFEA

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 11.16612 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVM VISGKDKGKQ GTILAAFPKK DRVLVEGVNM VKKHSKPTQA NPQGGISNQE APIHVSNVMP LDPKTGEVTR VGYKVEDGK KVRVAKKSGQ VLDK

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.391855 KDa
配列文字列:
MLRLDLQFFA SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSV YPVAQ

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 6.826144 KDa
配列文字列:
MARKCVITGK KTTAGNNRSH AMNASKRTWG ANLQKVRILV NGKPKKVYVS ARALKSGKVE RV

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.728029 KDa
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAANK

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 6.650795 KDa
配列文字列:
MAKLEITLKR SVIGRPEDQR VTVRTLGLKK TNQTVVHEDN AAIRGMINKV SHLVSVKEQ

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 6.745073 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK MKKRLRRTHF KLNVPGMTEC PSCGEMKLSH RVCKACGSYN GKDINVKSN

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 5.915875 KDa
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRETK

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 5.271332 KDa
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.581128 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKKTGSG KLKRSHAYTS HLFANKSQKQ KRKLRKSAVV SAGDFKRIKQ MLANIK

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

+
分子 #2: tRNA-Ala-1-1

分子名称: tRNA-Ala-1-1 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 24.491547 KDa
配列文字列:
GGGGCCUUAG CUCAGCUGGG AGAGCGCCUG CUUUGCACGC AGGAGGUCAG CGGUUCGAUC CCGCUAGGCU CCACCA

+
分子 #3: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 949.010938 KDa
配列文字列: GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACGAACACCG AUAUGCUUCG GGGAGCUGU AAGCAAGCUU UGAUCCGGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC ACCACUCGUA AUGGAGUGGU AUCCAUAUCU G AAUUCAUA ...文字列:
GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACGAACACCG AUAUGCUUCG GGGAGCUGU AAGCAAGCUU UGAUCCGGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC ACCACUCGUA AUGGAGUGGU AUCCAUAUCU G AAUUCAUA GGAUAUGAGA AGGCAGACCC GGGGAACUGA AACAUCUAAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGC AAAUGCGAUU CC CUGAGUA GCGGCGAGCG AAACGGGAUC AGCCCAAACC AAGAGGCUUG CCUCUUGGGG UUGUAGGACA CUCUGUACGG AGU UACAAA GGAACGAGGU AGAUGAAGAG GUCUGGAAAG GCCCGCCAUA GGAGGUAACA GCCCUGUAGU CAAAACUUCG UUCU CUCCU GAGUGGAUCC UGAGUACGGC GGAACACGUG AAAUUCCGUC GGAAUCCGGG AGGACCAUCU CCCAAGGCUA AAUAC UCCC UAGUGACCGA UAGUGAACCA GUACCGUGAG GGAAAGGUGA AAAGCACCCC GGAAGGGGAG UGAAAGAGAU CCUGAA ACC GUGUGCCUAC AAGUAGUCAG AGCCCGUUAA CGGGUGAUGG CGUGCCUUUU GUAGAAUGAA CCGGCGAGUU ACGAUCU CG UGCAAGGUUA AGCAGAAGAU GCGGAGCCGC AGCGAAAGCG AGUCUGAAUA GGGCGCAUGA GUACGUGGUC GUAGACCC G AAACCAGGUG AUCUACCCAU GUCCAGGGUG AAGUUCAGGU AACACUGAAU GGAGGCCCGA ACCCACGCAC GUUGAAAAG UGCGGGGAUG AGGUGUGGGU AGGGGUGAAA UGCCAAUCGA ACCUGGAGAU AGCUGGUUCU CUCCGAAAUA GCUUUAGGGC UAGCCUCAA GGUAAGAGUC UUGGAGGUAG AGCACUGAUU GGACUAGGGG CCCCUACCGG GUUACCGAAU UCAGUCAAAC U CCGAAUGC CAAUGACUUA UCCUUGGGAG UCAGACUGCG AGUGAUAAGA UCCGUAGUCG AAAGGGAAAC AGCCCAGACC GC CAGCUAA GGUCCCAAAG UAUACGUUAA GUGGAAAAGG AUGUGGAGUU GCUUAGACAA CCAGGAUGUU GGCUUAGAAG CAG CCACCA UUUAAAGAGU GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGUGACUCUG CGCCGAAAAU GUACCGGGGC UAAACGUAUC ACCG AAGCU GCGGACUGUU CUUCGAACAG UGGUAGGAGA GCGUUCUAAG GGCUGUGAAG CCAGACCGGA AGGACUGGUG GAGCG CUUA GAAGUGAGAA UGCCGGUAUG AGUAGCGAAA GAGGGGUGAG AAUCCCCUCC ACCGAAUGCC UAAGGUUUCC UGAGGA AGG CUCGUCCGCU CAGGGUUAGU CGGGACCUAA GCCGAGGCCG AAAGGCGUAG GCGAUGGACA ACAGGUUGAU AUUCCUG UA CCACCUCCUC ACCAUUUGAG CAAUGGGGGG ACGCAGGAGG AUAGGGUAAG CGCGGUAUUG GAUAUCCGCG UCCAAGCA G UUAGGCUGGG AAAUAGGCAA AUCCGUUUCC CAUAAGGCUG AGCUGUGAUG GCGAGCGAAA UAUAGUAGCG AAGUUCCUG AUUCCACACU GCCAAGAAAA GCCUCUAGCG AGGUGAGAGG UGCCCGUACC GCAAACCGAC ACAGGUAGGC GAGGAGAGAA UCCUAAGGU GAUCGAGAGA ACUCUCGUUA AGGAACUCGG CAAAAUGACC CCGUAACUUC GGGAGAAGGG GUGCUCUGUU A GGGUGCAA GCCCGAGAGA GCCGCAGUGA AUAGGCCCAG GCGACUGUUU AGCAAAAACA CAGGUCUCUG CGAAGCCGUA AG GCGAAGU AUAGGGGCUG ACGCCUGCCC GGUGCUGGAA GGUUAAGAGG AGCGCUUAGC GUAAGCGAAG GUGCGAAUUG AAG CCCCAG UAAACGGCGG CCGUAACUAU AACGGUCCUA AGGUAGCGAA AUUCCUUGUC GGGUAAGUUC CGACCCGCAC GAAA GGCGC AACGAUCUGG GCACUGUCUC AACGAGAGAC UCGGUGAAAU UAUAGUACCU GUGAAGAUGC AGGUUACCCG CGACA GGAC GGAAAGACCC CGUGGAGCUU UACUGCAGCC UGAUAUUGAA UGUUGGUACA GCUUGUACAG GAUAGGUAGG AGCCUU GGA AACCGGAGCG CCAGCUUCGG UGGAGGCAUC GGUGGGAUAC UACCCUGGCU GUAUUGACCU UCUAACCCGC CGCCCUU AU CGGGCGGGGA GACAGUGUCA GGUGGGCAGU UUGACUGGGG CGGUCGCCUC CUAAAAGGUA ACGGAGGCGC CCAAAGGU U CCCUCAGAAU GGUUGGAAAU CAUUCGCAGA GUGUAAAGGC ACAAGGGAGC UUGACUGCGA GACCUACAAG UCGAGCAGG GACGAAAGUC GGGCUUAGUG AUCCGGUGGU UCCGCAUGGA AGGGCCAUCG CUCAACGGAU AAAAGCUACC CCGGGGAUAA CAGGCUUAU CUCCCCCAAG AGUCCACAUC GACGGGGAGG UUUGGCACCU CGAUGUCGGC UCAUCGCAUC CUGGGGCUGU A GUCGGUCC CAAGGGUUGG GCUGUUCGCC CAUUAAAGCG GUACGCGAGC UGGGUUCAGA ACGUCGUGAG ACAGUUCGGU CC CUAUCCG UCGCGGGCGC AGGAAAUUUG AGAGGAGCUG UCCUUAGUAC GAGAGGACCG GGAUGGACGC ACCGCUGGUG UAC CAGUUG UUCUGCCAAG GGCAUCGCUG GGUAGCUAUG UGCGGACGGG AUAAGUGCUG AAAGCAUCUA AGCAUGAAGC CCCC CUCAA GAUGAGAUUU CCCAUUCCGC AAGGAAGUAA GAUCCCUGAA AGAUGAUCAG GUUGAUAGGU CUGAGGUGGA AGUGU GGCG ACACAUGGAG CUGACAGAUA CUAAUCGAUC GAGGACUUAA CC

+
分子 #4: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 38.423863 KDa
配列文字列:
UUUGGUGGCG AUAGCGAAGA GGUCACACCC GUUCCCAUAC CGAACACGGA AGUUAAGCUC UUCAGCGCCG AUGGUAGUCG GGGGUUUCC CCCUGUGAGA GUAGGACGCC GCCAAGCAAG

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 29.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10703
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る