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万見
- EMDB-11734: Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection syste... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11734
タイトルCryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the cap portion in extended state.
マップデータ
試料
  • 複合体: The cap portion of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis
    • タンパク質・ペプチド: cap protein (Algo1)
    • タンパク質・ペプチド: cap adaptor protein (Algo2)
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative phage tail sheath protein FI
キーワードextracellular contractile injection system / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pvc16, N-terminal / Pvc16 N-terminal domain / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage tail protein / Putative phage tail sheath protein FI / Uncharacterized protein / Pvc16 N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu J / Ericson C
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC) スイス
Swiss National Science Foundation スイス
Other private スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Identification and structure of an extracellular contractile injection system from the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis.
著者: Jingwei Xu / Charles F Ericson / Yun-Wei Lien / Florentine U N Rutaganira / Fabian Eisenstein / Miki Feldmüller / Nicole King / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). Bioinformatic studies uncovered a phylogenetic group of hundreds of putative CIS gene clusters that are highly diverse and widespread; however, only four systems have been characterized. Here we studied a putative CIS gene cluster in the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis. Using an integrative approach, we show that the system is compatible with an eCIS mode of action. Our cryo-electron microscopy structure revealed several features that differ from those seen in other CISs: a 'cap adaptor' located at the distal end, a 'plug' exposed to the tube lumen, and a 'cage' formed by massive extensions of the baseplate. These elements are conserved in other CISs, and our genetic tools identified that they are required for assembly, cargo loading and function. Furthermore, our atomic model highlights specific evolutionary hotspots and will serve as a framework for understanding and re-engineering CISs.
履歴
登録2020年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7adz
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7adz
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11734.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.11590661 - 0.21310976
平均 (標準偏差)0.00043434527 (±0.0070644855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1160.2130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The cap portion of an extracellular contractile injection system ...

全体名称: The cap portion of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis
要素
  • 複合体: The cap portion of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis
    • タンパク質・ペプチド: cap protein (Algo1)
    • タンパク質・ペプチド: cap adaptor protein (Algo2)
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative phage tail sheath protein FI

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超分子 #1: The cap portion of an extracellular contractile injection system ...

超分子名称: The cap portion of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)

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分子 #1: cap protein (Algo1)

分子名称: cap protein (Algo1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: cap protein (Algo1) / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)
分子量理論値: 22.981086 KDa
配列文字列: MIFEVLKILT DEVNQNFKGL EMEDSEVVLN NVALIDSQQD VATELQNKVI LSMINLREEV TMKNFPNNVL EGTKVTYKNP KLNINLFLI FCANRTGYKK SLSDLSRILE FFQHKSVFTQ SNTSFDRDLE EMENVKNFRF TMELFTPTFE ELNYIWGTLG G RQYPSVFY ...文字列:
MIFEVLKILT DEVNQNFKGL EMEDSEVVLN NVALIDSQQD VATELQNKVI LSMINLREEV TMKNFPNNVL EGTKVTYKNP KLNINLFLI FCANRTGYKK SLSDLSRILE FFQHKSVFTQ SNTSFDRDLE EMENVKNFRF TMELFTPTFE ELNYIWGTLG G RQYPSVFY KLNLIVIDRD ATTSEEGVIT NIHRNYETL

UniProtKB: Pvc16 N-terminal domain-containing protein

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分子 #2: cap adaptor protein (Algo2)

分子名称: cap adaptor protein (Algo2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: cap adaptor protein (Algo2) / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)
分子量理論値: 33.083371 KDa
配列文字列: MQVSSSFRSF LKLDILHSYF LNDGEKDFSS MNEEESKTQL KSYNWKDFLE IYPSQKTSHM MRGNKIFFKS FNDSIILAIK VESGTENQP FNELYEDESM TFLLSLKDQY FGNYTDLDLA DQLLYFSNKT PVLPEAFTFK PIDRINQSGT VGEEYLYEGE N KKHLLEEA ...文字列:
MQVSSSFRSF LKLDILHSYF LNDGEKDFSS MNEEESKTQL KSYNWKDFLE IYPSQKTSHM MRGNKIFFKS FNDSIILAIK VESGTENQP FNELYEDESM TFLLSLKDQY FGNYTDLDLA DQLLYFSNKT PVLPEAFTFK PIDRINQSGT VGEEYLYEGE N KKHLLEEA HLNPGGGVLG IIQIYMKGDT PVLSLINNDG TLKNSLPHFK IHFSNRKSTW KYINLKDDFE TETKKDYPLT KF GFILLDK KSDFISPPAH FEKYVFPNPD ARRIKITPTK NYSEIFI

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: Phage tail protein

分子名称: Phage tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)
分子量理論値: 16.375458 KDa
配列文字列:
MSYPLSKFHF SVEWGGTKIG FTEVSGLDLE TEIIEYRHGA SPEYSKIKMP GMQKFSNITL KRGTFKSDNE YFQWYNTINL NKVERRDLT ISLLNEEHEP VVTWKVKNAW PLKVQSTDLK GDGNEVAIES MELAHEGLVI QNE

UniProtKB: Phage tail protein

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分子 #4: Putative phage tail sheath protein FI

分子名称: Putative phage tail sheath protein FI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: the residues (288-320aa) are not built up in the model and the residues (430-446aa) are assigned as poly-alanine due to the poor density map.
コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)
分子量理論値: 76.319039 KDa
配列文字列: MATYKTPGVY IEEITKFPPS VAQVETAIPA FIGYTQFART KPSVDSDDLI LKPKRISSLL DFTTYYGGAQ NEQGITVKLT DTLIEGAEN RTINVPEPTF KSPYLMFYSL QMYFANGGGP CYIVSTGVYD DWSDSETPPT INFSDLESGL AVIRKEDEPT L LLFPDATN ...文字列:
MATYKTPGVY IEEITKFPPS VAQVETAIPA FIGYTQFART KPSVDSDDLI LKPKRISSLL DFTTYYGGAQ NEQGITVKLT DTLIEGAEN RTINVPEPTF KSPYLMFYSL QMYFANGGGP CYIVSTGVYD DWSDSETPPT INFSDLESGL AVIRKEDEPT L LLFPDATN LPTDDEFYSL YNSALMQCND LQDRFTILDT YSDQTYNDGV EDLDPIPALR NGINLTKDYL KYGAAYYPFV QT ILNYQYS ADEIVIQHLS YNPNAIATAL DNLNAVNGPT FIDAILDDLR DLSLPDISGE ISDAVGFMYD DVDGFDIDGT FTT NSVKVA NFASLVESVL STLNELIDAK EEINKDVNSA IASSEEDNAI KTAISDALDV FNEDFEGADK IESVAKNLSD LLIK IKQAD TNTKVENVLS INALNFSAEF EKLLTYDVNT GLTASVTLDL FANIGTRLDD IIAAVSAAEP IDVNNGKLNG RLLSD IEPL DNATYNTILL EINSHKVTLP PSSSMAGAYA RVDNDRGVWK SPANIGLNYV SKPSVTVSHE EQESMNVHGT GKSVNA IRS FVGKGTLVWG ARTLAGNDNE WRYISVRRFF NMAEESIKKA TEQFVFEPND GNTWVRVRAM IENFLILQWR AGALAGA KP EHAFYVKVGL GQTMTAQDIL EGNMNVEIGL AVVRPAEFII LKFSHKMQES

UniProtKB: Putative phage tail sheath protein FI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9763

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65059
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7adz:
Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the cap portion in extended state.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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