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万見
- EMDB-1151: Electron cryotomography of the E. coli pyruvate and 2-oxoglutarat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1151
タイトルElectron cryotomography of the E. coli pyruvate and 2-oxoglutarate dehydrogenase complexes.
マップデータVolume of an extracted E. coli pyruvate dehydrogenase multienzyme complex particle from a dual-tilt tomogram.
試料
  • 試料: Unengineered E. coli Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex
  • タンパク質・ペプチド: E2p octahedral core
  • タンパク質・ペプチド: E1p
  • タンパク質・ペプチド: E3
機能・相同性Pyruvate dehydrogenase E1 component / Dihydrolipoamide acetyltransferase pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 55.0 Å
データ登録者Murphy GE / Jensen GJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Electron cryotomography of the E. coli pyruvate and 2-oxoglutarate dehydrogenase complexes.
著者: Gavin E Murphy / Grant J Jensen /
要旨: The E. coli pyruvate and 2-oxoglutarate dehydrogenases are two closely related, large complexes that exemplify a growing number of multiprotein "machines" whose domains have been studied extensively ...The E. coli pyruvate and 2-oxoglutarate dehydrogenases are two closely related, large complexes that exemplify a growing number of multiprotein "machines" whose domains have been studied extensively and modeled in atomic detail, but whose quaternary structures have remained unclear for lack of an effective imaging technology. Here, electron cryotomography was used to show that the E1 and E3 subunits of these complexes are flexibly tethered approximately 11 nm away from the E2 core. This result demonstrates unambiguously that electron cryotomography can reveal the relative positions of features as small as 80 kDa in individual complexes, elucidating quaternary structure and conformational flexibility.
履歴
登録2005年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年8月16日-
マップ公開2006年2月3日-
更新2011年9月2日-
現状2011年9月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1151.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 489.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Volume of an extracted E. coli pyruvate dehydrogenase multienzyme complex particle from a dual-tilt tomogram.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 656. Å		8.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 656. Å		8.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 656. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 20.0 / ムービー #1: 23
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-24.177199999999999 (±16.0382)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 656 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z8.28.28.2
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z656.000656.000656.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-70-70-69
NX/NY/NZ140140140
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-128.000127.000-24.177

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Unengineered E. coli Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex

全体名称: Unengineered E. coli Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex
要素
  • 試料: Unengineered E. coli Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex
  • タンパク質・ペプチド: E2p octahedral core
  • タンパク質・ペプチド: E1p
  • タンパク質・ペプチド: E3

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超分子 #1000: Unengineered E. coli Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex

超分子名称: Unengineered E. coli Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was thawed from storage at -80 degrees Celcius before being loaded onto the grid.
集合状態: Up to 24 pyruvate dehydrogenase E1p and dihydrolipoamide dehydrogenase E3 dimers together bind to the 24 dihydrolipoamide acetyltransferase E2p octahedral core.
Number unique components: 3
分子量理論値: 5.6 MDa

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分子 #1: E2p octahedral core

分子名称: E2p octahedral core / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: dihydrolipoamide acetyltransferase
詳細: 24 arranged as cube; See Wagenknecht, T. et al., JSB 109:70-77 (1992).
コピー数: 24 / 集合状態: 24mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E. coli / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 1.6 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列InterPro: Dihydrolipoamide acetyltransferase pyruvate dehydrogenase complex

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分子 #2: E1p

分子名称: E1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: pyruvate dehydrogenase
詳細: Up to 24 of these; See Wagenknecht, T. et al., JSB 109:70-77 (1992).
コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E. coli / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 200 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列InterPro: Pyruvate dehydrogenase E1 component

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分子 #3: E3

分子名称: E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: dihydrolipoamide dehydrogenase
詳細: Up to 24 of these; See Wagenknecht, T. et al., JSB 109:70-77 (1992).
コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E. coli / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列InterPro: Dihydrolipoamide dehydrogenase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20 mM Potassium Phosphate
グリッド詳細: R 1.5/1.3 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. Sample was at 22 C in air before plunging.
手法: Blot for 3.5 seconds with an offset of -3 before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 82 K / 最高: 82 K / 平均: 82 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 3000
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2004年8月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 110 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 36600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -63 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Dual-axis tilt series, with 44 sections on one axis, and 45 on the other. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 89. Average tomographic tilt angle increment: 3.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 55.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: The individual, orthogonal tomograms were filtered at their first CTF zero and then merged.

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1l8a

,

1dpc

,

1ebd

)
詳細The octameric E2p core (1DPC) was fit into the core density using bfind from the Bsoft package. Up to 24 E1p (1L8A) and E3 (1EBD) dimers were fit into the peripheral density manually using Amira.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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