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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11356 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of detergent-extracted full-length E.coli BcsB | ||||||||||||||||||
マップデータ | Main map non-uniformly refined. It represents two BcsB octamers (6YG8) linked by a central miscellaneous structure. | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Abidi W / Zouhir S / Krasteva P | ||||||||||||||||||
資金援助 | 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system. 著者: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva / 要旨: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c-di-GMP. The molecular understanding of system assembly and cellulose secretion has been largely limited to the crystallographic studies of a distantly homologous BcsAB synthase tandem and a low-resolution reconstruction of an assembled macrocomplex that encompasses most of the inner membrane and cytosolic subunits and features an atypical layered architecture. Here, we present cryo-EM structures of the assembled Bcs macrocomplex, as well as multiple crystallographic snapshots of regulatory Bcs subcomplexes. The structural and functional data uncover the mechanism of asymmetric secretion system assembly and periplasmic crown polymerization and reveal unexpected subunit stoichiometry, multisite c-di-GMP recognition, and ATP-dependent regulation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11356.map.gz | 129.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11356-v30.xml emd-11356.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11356.png | 90 KB | ||
その他 | emd_11356_additional_1.map.gz emd_11356_additional_2.map.gz emd_11356_additional_3.map.gz | 248 MB 162.6 MB 241.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11356 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map non-uniformly refined. It represents two BcsB octamers (6YG8) linked by a central miscellaneous structure. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Main map non-uniformly refined and sharpened.
ファイル | emd_11356_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Main map non-uniformly refined and sharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The volumes corresponding to the octamers were extracted...
ファイル | emd_11356_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The volumes corresponding to the octamers were extracted and locally refined to be finally combined resulting in a map without the central miscellaneous structure. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The volumes corresponding to the octamers were extracted...
ファイル | emd_11356_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | The volumes corresponding to the octamers were extracted and locally refined to be finally combined and sharpened resulting in a map without the central miscellaneous structure. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Self-assembly of the BcsB protein
全体 | 名称: Self-assembly of the BcsB protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Self-assembly of the BcsB protein
超分子 | 名称: Self-assembly of the BcsB protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094 / 細胞中の位置: periplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-21b |
分子量 | 理論値: 1.378 MDa |
-分子 #1: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB
分子 | 名称: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: BcsB harbors a signal sequence to be addressed to the periplasm where according the ServerP4.1 Server prediction would result in mature form starting with the residue #26 TPATQ... 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: TPATQPLINA EPAVAAQTEQ NPQVGQVMPG VQGADAPVVA QNGPSRDVKL TFAQIAPPPG SMVLRGINPN GSIEFGMRSD EVVTKAMLNL EYTPS PSLL PVQSQLKVYL NDELMGVLPV TKEQLGKKTL AQMPINPLFI TDFNRVRLEF VGHYQD VCE NPASTTLWLD ...文字列: TPATQPLINA EPAVAAQTEQ NPQVGQVMPG VQGADAPVVA QNGPSRDVKL TFAQIAPPPG SMVLRGINPN GSIEFGMRSD EVVTKAMLNL EYTPS PSLL PVQSQLKVYL NDELMGVLPV TKEQLGKKTL AQMPINPLFI TDFNRVRLEF VGHYQD VCE NPASTTLWLD VGRSSGLDLT YQTLNVKNDL SHFPVPFFDP RDNRTNTLPM VFAGAPD VG LQQASAIVAS WFGSRSGWRG QNFPVLYNQL PDRNAIVFAT NDKRPDFLRD HPAVKAPV I EMINHPQNPY VKLLVVFGRD DKDLLQAAKG IAQGNILFRG ESVVVNEVKP LLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRM DISLNNQFLQ SFNLSSKQEA NRLLLRIPVL QGLLDGKTDV SIPALKLGAT N QLRFDFEY MNPMPGGSVD NCITFQPVQN HVVIGDDSTI DFSKYYHFIP MPDLRAFANA GF PFSRMAD LSQTITVMPK APNEAQMETL LNTVGFIGAQ TGFPAINLTV TDDGSTIQGK DAD IMIIGG IPDKLKDDKQ IDLLVQATES WVKTPMRQTP FPGIVPDESD RAAETRSTLT SSGA MAAVI GFQSPYNDQR SVIALLADSP RGYEMLNDAV NDSGKRATMF GSVAVIRESG INSLR VGDV YYVGHLPWFE RLWYALANHP ILLAVLAAIS VILLAWVLWR LLRIISRRRL NPDNEAAALE HHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: BcsB was incubated with a mix of detergents: 0.4% DDM, 0.4 % digitonin, 0.4% DM-NPG, 0.2 % GDN-101, and 0.2% LM-NPG and then purified on IMAC using free-detergents buffers. | ||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 36000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.74 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf / 詳細: Gctf through the cryoSPARC v2 interface. |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: Ab Initio model generation in cryosparc V2 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2) 詳細: All 2D classification and particle curation was performed in cryoSPARC v2 |
最終 3次元分類 | クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2) / 詳細: non-uniform refinement in cryoSPARC v2 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2) / 使用した粒子像数: 46807 |