+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11311 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Salmonella PrgI needle filament attached to the basal body | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Type 3 secretion system / Salmonella / Helical reconstruction / Needle filament. / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kotov V / Lunelli M / Wald J / Kolbe M / Marlovits TC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2021 タイトル: Helical reconstruction of and needle filaments attached to type 3 basal bodies. 著者: Vadim Kotov / Michele Lunelli / Jiri Wald / Michael Kolbe / Thomas C Marlovits / 要旨: Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a ...Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a long helical needle filament that protrudes from the bacterial surface and connects the cytoplasms of the bacterium and the eukaryotic cell. Previous structural research was predominantly focused on reconstituted type 3 needle filaments, which lacked the biological context. In this work we introduce a facile procedure to obtain high-resolution cryo-EM structure of needle filaments attached to the basal body of type 3 secretion systems. We validate our approach by solving the structure of PrgI filament and demonstrate its utility by obtaining the first high-resolution cryo-EM reconstruction of Shigella MxiH filament. Our work paves the way to systematic structural characterization of attached type 3 needle filaments in the context of mutagenesis studies, protein structural evolution and drug development. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11311.map.gz | 96.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-11311-v30.xml emd-11311.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11311_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11311.png | 147.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11311.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_11311_half_map_1.map.gz emd_11311_half_map_2.map.gz | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11311 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11311 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11311_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11311_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Needle filament of the type III secretion system
全体 | 名称: Needle filament of the type III secretion system |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Needle filament of the type III secretion system
超分子 | 名称: Needle filament of the type III secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Structure obtained from needles attached to the basal body |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: SB905 |
-分子 #1: PrgI
分子 | 名称: PrgI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 8.864868 KDa |
配列 | 文字列: MATPWSGYLD DVSAKFDTGV DNLQTQVTEA LDKLAAKPSD PALLAAYQSK LSEYNLYRNA QSNTVKVFKD IDAAIIQNFR UniProtKB: SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |