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万見
- EMDB-11273: Open-open state of the Bt1762-Bt1763 levan transport system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11273
タイトルOpen-open state of the Bt1762-Bt1763 levan transport system
マップデータMap filtered by local resolution
試料
  • 複合体: Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complex
    • 複合体: SusD homolog
      • タンパク質・ペプチド: SusD homolog
    • 複合体: SusC homolog
      • タンパク質・ペプチド: SusC homolog
キーワードTransporter / SusCD / Levan / TonB-dependent / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SusC homolog / SusD homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者White JBR / van den Berg B
資金援助 英国, スイス, 5件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P003192/1 英国
Wellcome Trust215064/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Swiss National Science Foundation167125 スイス
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N020413/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Insights into SusCD-mediated glycan import by a prominent gut symbiont.
著者: Declan A Gray / Joshua B R White / Abraham O Oluwole / Parthasarathi Rath / Amy J Glenwright / Adam Mazur / Michael Zahn / Arnaud Baslé / Carl Morland / Sasha L Evans / Alan Cartmell / Carol ...著者: Declan A Gray / Joshua B R White / Abraham O Oluwole / Parthasarathi Rath / Amy J Glenwright / Adam Mazur / Michael Zahn / Arnaud Baslé / Carl Morland / Sasha L Evans / Alan Cartmell / Carol V Robinson / Sebastian Hiller / Neil A Ranson / David N Bolam / Bert van den Berg /
要旨: In Bacteroidetes, one of the dominant phyla of the mammalian gut, active uptake of large nutrients across the outer membrane is mediated by SusCD protein complexes via a "pedal bin" transport ...In Bacteroidetes, one of the dominant phyla of the mammalian gut, active uptake of large nutrients across the outer membrane is mediated by SusCD protein complexes via a "pedal bin" transport mechanism. However, many features of SusCD function in glycan uptake remain unclear, including ligand binding, the role of the SusD lid and the size limit for substrate transport. Here we characterise the β2,6 fructo-oligosaccharide (FOS) importing SusCD from Bacteroides thetaiotaomicron (Bt1762-Bt1763) to shed light on SusCD function. Co-crystal structures reveal residues involved in glycan recognition and suggest that the large binding cavity can accommodate several substrate molecules, each up to ~2.5 kDa in size, a finding supported by native mass spectrometry and isothermal titration calorimetry. Mutational studies in vivo provide functional insights into the key structural features of the SusCD apparatus and cryo-EM of the intact dimeric SusCD complex reveals several distinct states of the transporter, directly visualising the dynamics of the pedal bin transport mechanism.
履歴
登録2020年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zlt
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zlt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11273.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map filtered by local resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 264 pix.
= 282.48 Å		1.07 Å/pix.
x 264 pix.
= 282.48 Å		1.07 Å/pix.
x 264 pix.
= 282.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.21110451 - 0.32315978
平均 (標準偏差)0.00023944174 (±0.0069402237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 282.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z282.480282.480282.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.2110.3230.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11273_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post-processed map output from RELION

ファイルemd_11273_additional_1.map
注釈Post-processed map output from RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 3D refine map output from RELION

ファイルemd_11273_additional_2.map
注釈3D refine map output from RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complex

全体名称: Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complex
要素
  • 複合体: Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complex
    • 複合体: SusD homolog
      • タンパク質・ペプチド: SusD homolog
    • 複合体: SusC homolog
      • タンパク質・ペプチド: SusC homolog

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超分子 #1: Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complex

超分子名称: Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 360 KDa

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超分子 #2: SusD homolog

超分子名称: SusD homolog / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)

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超分子 #3: SusC homolog

超分子名称: SusC homolog / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)

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分子 #1: SusD homolog

分子名称: SusD homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
分子量理論値: 64.17816 KDa
組換発現生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
配列文字列: CDDFLDRQVP QGIVTGDQIA SPEYVDNLVI SAYAIWATGD DINSSFSLWN YDVRSDDCYK GGSGTEDGGV FNALEISKGI NTTDWNIND IWKRLYQCIT RANTALQSLD QMDEKTYPLK NQRIAEMRFL RGHAHFMLKQ LFKKIVIVND ENMEPDAYNE L SNTTYTND ...文字列:
CDDFLDRQVP QGIVTGDQIA SPEYVDNLVI SAYAIWATGD DINSSFSLWN YDVRSDDCYK GGSGTEDGGV FNALEISKGI NTTDWNIND IWKRLYQCIT RANTALQSLD QMDEKTYPLK NQRIAEMRFL RGHAHFMLKQ LFKKIVIVND ENMEPDAYNE L SNTTYTND EQWQKIADDF QFAYDNLPEV QIEKGRPAQA AAAAYLAKTY LYKAYRQDGA DNALTGINEE DLKQVVKYTD PL IMAKGGY GLETDYSMNF LPQYENGAES VWAIQYSIND GTYNGNLNWG MGLTTPQILG CCDFHKPSQN LVNAFKTDSQ GKP LFSTYD NENYEVATDN VDPRLFHTVG MPGFPYKYNE GYIIQKNDDW SRSKGLYGYY VSLKENVDPD CDCLKKGSYW ASSL NHIVI RYADVLLMRA EALIQLNDGR ITDAISLINE VRSRAAGSTM LIFNYKEDYG VNFKVTPYDL KAYAQDEAMK MLKWE RRVE FGMESSRFFD LVRWGEAKDV INAYYVTEAS RCSIYKNAGF TENKNEYLPV PFEQISASNG NYTQNFGWAA AAHHHH HH

UniProtKB: SusD homolog

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分子 #2: SusC homolog

分子名称: SusC homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
分子量理論値: 103.915227 KDa
配列文字列: VVVTGYTTQR KADLTGAVSV VKVDEIQKQG ENNPVKALQG RVPGMNITAD GNPSGSATVR IRGIGTLNNN DPLYIIDGVP TKAGMHELN GNDIESIQVL KDAASASIYG SRAANGVIII TTKQGKKGQI KINFDASVSA SMYQSKMNVL NTEQYGRAMW Q AYVNDGEN ...文字列:
VVVTGYTTQR KADLTGAVSV VKVDEIQKQG ENNPVKALQG RVPGMNITAD GNPSGSATVR IRGIGTLNNN DPLYIIDGVP TKAGMHELN GNDIESIQVL KDAASASIYG SRAANGVIII TTKQGKKGQI KINFDASVSA SMYQSKMNVL NTEQYGRAMW Q AYVNDGEN PNGNALGYAY NWGYNADGNP VLYGMTLSKY LDSKNTMPVA DTDWFDEITR TGVIQQYNLS VSNGSEKGSS FF SLGYYKN LGVIKDTDFD RFSARMNSDY KLIDDILTIG QHFTLNRTSE VQAPGGIIET ALDIPSAIPV YASDGSWGGP VGG WPDRRN PRAVLEYNKD NRYTYWRMFG DAYVNLTPFK GFNLRSTFGL DYANKQARYF TYPYQEGTQT NNGKSAVEAK QEHW TKWMW NAIATYQLEV GKHRGDVMIG MELNREDDSH FSGYKEDFSI LTPDYMWPDA GSGTAQAYGA GEGYSLVSFF GKMNY SYAD RYLLSLTLRR DGSSRFGKNH RYATFPSVSL GWRITQENFM KELTWLDDLK LRASWGQTGN QEISNLARYT IYAPNY GTT DSFGGQSYGT AYDITGSNGG GVLPSGFKRN QIGNDNIKWE TTTQTNVGID FSLFKQSLYG SLEYYYKKAT DILTEMA GV GVLGEGGSRW INSGAMKNQG FEFNLGYRNK TAFGLTYDLN GNISTYRNEI LELPETVAAN GKFGGNGVKS VVGHTYGA Q VGYIADGIFK SQDEVDNHAT QEGAAVGRIR YRDIDHNGVI DERDQNWIYD PTPSFSYGLN IYLEYKNFDL TMFWQGVQG VDIISDVKKK SDFWSASNVG FLNKGTRLLN AWSPTNPNSD IPALTRSDTN NEQRVSTYFV ENGSFLKLRN IQLGYTVPAV ISKKMRMDR LRFYCSAQNL LTIKSKNFTG EDPENPNFSY PIPVNITFGL NIGF

UniProtKB: SusC homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMSodium chlorideNaCl
0.05 % w/vLDAO
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 63.84 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Starting model was generated de novo from the data by stochastic gradient descent in RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 32190
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6zaz


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6zlt:
Open-open state of the Bt1762-Bt1763 levan transport system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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