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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11263 | |||||||||
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タイトル | Deactive complex I, open4 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / ATP metabolic process ...NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / ATP metabolic process / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport chain / circadian rhythm / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Kampjut D / Sazanov LA | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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![]() | ![]() タイトル: The coupling mechanism of mammalian respiratory complex I. 著者: Domen Kampjut / Leonid A Sazanov / ![]() 要旨: Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different ...Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different conditions, including turnover, at resolutions up to 2.3 to 2.5 angstroms. Resolved water molecules allowed us to experimentally define the proton translocation pathways. Quinone binds at three positions along the quinone cavity, as does the inhibitor rotenone that also binds within subunit ND4. Dramatic conformational changes around the quinone cavity couple the redox reaction to proton translocation during open-to-closed state transitions of the enzyme. In the induced deactive state, the open conformation is arrested by the ND6 subunit. We propose a detailed molecular coupling mechanism of complex I, which is an unexpected combination of conformational changes and electrostatic interactions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 29 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 56.9 KB 56.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zkvMC ![]() 6zk9C ![]() 6zkaC ![]() 6zkbC ![]() 6zkcC ![]() 6zkdC ![]() 6zkeC ![]() 6zkfC ![]() 6zkgC ![]() 6zkhC ![]() 6zkiC ![]() 6zkjC ![]() 6zkkC ![]() 6zklC ![]() 6zkmC ![]() 6zknC ![]() 6zkoC ![]() 6zkpC ![]() 6zkqC ![]() 6zkrC ![]() 6zksC ![]() 6zktC ![]() 6zkuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Deactive complex I, open4
+超分子 #1: Deactive complex I, open4
+分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #2: Mitochondrial complex I, 24 kDa subunit
+分子 #3: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1
+分子 #4: Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit
+分子 #5: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3
+分子 #6: Mitochondrial complex I, PSST subunit
+分子 #7: Mitochondrial complex I, TYKY subunit
+分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #9: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #14: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #15: Mitochondrial complex I, B14.7 subunit
+分子 #16: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5
+分子 #17: Acyl carrier protein
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
+分子 #19: Mitochondrial complex I, PDSW subunit
+分子 #20: Mitochondrial complex I, 10 kDa subunit
+分子 #21: Mitochondrial complex I, 13 kDa subunit
+分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #23: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
+分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
+分子 #25: Mitochondrial complex I, B13 subunit
+分子 #26: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6
+分子 #27: Mitochondrial complex I, B14.5a subunit
+分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...
+分子 #30: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5
+分子 #31: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3
+分子 #32: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3
+分子 #33: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
+分子 #34: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
+分子 #35: Mitochondrial complex I, B16.6 subunit
+分子 #36: Mitochondrial complex I, B17 subunit
+分子 #37: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7
+分子 #38: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9
+分子 #39: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
+分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #41: Mitochondrial complex I, ESSS subunit
+分子 #42: Mitochondrial complex I, KFYI subunit
+分子 #43: Mitochondrial complex I, MNLL subunit
+分子 #44: Mitochondrial complex I, MWFE subunit
+分子 #45: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #46: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #47: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #48: POTASSIUM ION
+分子 #49: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #50: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
+分子 #51: CARDIOLIPIN
+分子 #52: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
+分子 #53: ZINC ION
+分子 #54: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #55: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
+分子 #56: MYRISTIC ACID
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |