+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11232 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the highly atypical cytoplasmic ribosome of Euglena gracilis | |||||||||
![]() | Combined cryo-EM map of E. gracilis 80S ribosome | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Single particle cryo-EM RNA modifications / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytosolic large ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
![]() | Matzov D / Halfon H | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the highly atypical cytoplasmic ribosome of Euglena gracilis. 著者: Donna Matzov / Masato Taoka / Yuko Nobe / Yoshio Yamauchi / Yehuda Halfon / Nofar Asis / Ella Zimermann / Haim Rozenberg / Anat Bashan / Shashi Bhushan / Toshiaki Isobe / Michael W Gray / Ada ...著者: Donna Matzov / Masato Taoka / Yuko Nobe / Yoshio Yamauchi / Yehuda Halfon / Nofar Asis / Ella Zimermann / Haim Rozenberg / Anat Bashan / Shashi Bhushan / Toshiaki Isobe / Michael W Gray / Ada Yonath / Moran Shalev-Benami / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Ribosomal RNA is the central component of the ribosome, mediating its functional and architectural properties. Here, we report the cryo-EM structure of a highly divergent cytoplasmic ribosome from ...Ribosomal RNA is the central component of the ribosome, mediating its functional and architectural properties. Here, we report the cryo-EM structure of a highly divergent cytoplasmic ribosome from the single-celled eukaryotic alga Euglena gracilis. The Euglena large ribosomal subunit is distinct in that it contains 14 discrete rRNA fragments that are assembled non-covalently into the canonical ribosome structure. The rRNA is substantially enriched in post-transcriptional modifications that are spread far beyond the catalytic RNA core, contributing to the stabilization of this highly fragmented ribosome species. A unique cluster of five adenosine base methylations is found in an expansion segment adjacent to the protein exit tunnel, such that it is positioned for interaction with the nascent peptide. As well as featuring distinctive rRNA expansion segments, the Euglena ribosome contains four novel ribosomal proteins, localized to the ribosome surface, three of which do not have orthologs in other eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 31 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 113.8 KB 113.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 20.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 171.8 MB 153.9 MB 157.7 MB 28 MB 17.4 MB 12.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 262.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 261.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Combined cryo-EM map of E. gracilis 80S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: #6
ファイル | emd_11232_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_11232_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_11232_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_11232_additional_4.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #4
ファイル | emd_11232_additional_5.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #5
ファイル | emd_11232_additional_6.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Euglena gracilis 80S ribosome
+超分子 #1: Euglena gracilis 80S ribosome
+分子 #1: 18S rRNA
+分子 #2: A-tRNA
+分子 #3: P-tRNA
+分子 #4: E-tRNA
+分子 #5: A-site tRNA
+分子 #40: 5.8S rRNA
+分子 #41: LSU rRNA chain 1
+分子 #42: LSU rRNA chain 2
+分子 #43: LSU rRNA chain 3
+分子 #44: LSU rRNA chain 4
+分子 #45: LSU rRNA chain 5
+分子 #46: LSU rRNA chain 6
+分子 #47: LSU rRNA chain 7
+分子 #48: LSU rRNA chain 8
+分子 #49: LSU rRNA chain 9
+分子 #50: LSU rRNA chain 10
+分子 #51: LSU rRNA chain 11
+分子 #52: LSU rRNA chain 12
+分子 #53: LSU rRNA chain 13
+分子 #54: 5S rRNA
+分子 #6: Ribosomal protein eS1
+分子 #7: Ribosomal protein uS2
+分子 #8: Ribosomal protein uS3
+分子 #9: Ribosomal protein uS4
+分子 #10: Ribosomal protein eS4
+分子 #11: Ribosomal protein uS5
+分子 #12: Ribosomal protein eS6
+分子 #13: Ribosomal protein uS7
+分子 #14: Ribosomal protein eS7
+分子 #15: Ribosomal protein uS8
+分子 #16: Ribosomal protein eS8
+分子 #17: Ribosomal protein uS9
+分子 #18: Ribosomal protein uS10
+分子 #19: Ribosomal protein eS10
+分子 #20: Ribosomal protein uS11
+分子 #21: Ribosomal protein uS12
+分子 #22: Ribosomal protein eS12
+分子 #23: Ribosomal protein uS13
+分子 #24: Ribosomal protein uS14
+分子 #25: Ribosomal protein uS15
+分子 #26: Ribosomal protein uS17
+分子 #27: Ribosomal protein eS17
+分子 #28: Ribosomal protein uS19
+分子 #29: Ribosomal protein eS19
+分子 #30: Ribosomal protein eS21
+分子 #31: Ribosomal protein eS24
+分子 #32: Ribosomal protein eS25
+分子 #33: Ribosomal protein eS26
+分子 #34: Ribosomal protein eS27
+分子 #35: Ribosomal protein eS28
+分子 #36: Ribosomal protein eS30
+分子 #37: Ribosomal protein eS31
+分子 #38: Ribosomal protein eSEug1
+分子 #39: RACK1
+分子 #55: Ribosomal protein uL2
+分子 #56: Ribosomal protein uL3
+分子 #57: Ribosomal protein uL4
+分子 #58: Ribosomal protein uL5
+分子 #59: Ribosomal protein uL6
+分子 #60: Ribosomal protein eL6
+分子 #61: 60S ribosomal protein L7a
+分子 #62: Ribosomal protein uL13
+分子 #63: Ribosomal protein eL13
+分子 #64: Ribosomal protein uL14
+分子 #65: Ribosomal protein eL14
+分子 #66: Ribosomal protein uL15
+分子 #67: Ribosomal protein eL15
+分子 #68: 60S ribosomal protein L10
+分子 #69: Ribosomal protein uL18
+分子 #70: Ribosomal protein eL18
+分子 #71: Ribosomal protein eL19
+分子 #72: Ribosomal protein eL20
+分子 #73: Ribosomal protein eL21
+分子 #74: Ribosomal protein uL22
+分子 #75: Ribosomal protein eL22
+分子 #76: Ribosomal protein uL23
+分子 #77: Ribosomal protein uL24
+分子 #78: Ribosomal protein eL24
+分子 #79: Ribosomal protein eL27
+分子 #80: Ribosomal protein eLEgr1
+分子 #81: Ribosomal protein uL29
+分子 #82: Ribosomal protein eL29
+分子 #83: Ribosomal protein uL30
+分子 #84: Ribosomal protein eL30
+分子 #85: Ribosomal protein eL31
+分子 #86: Ribosomal protein eL32
+分子 #87: Ribosomal protein eL33
+分子 #88: Ribosomal protein eL34
+分子 #89: Ribosomal protein eL36
+分子 #90: Ribosomal protein eL37
+分子 #91: Ribosomal protein eL38
+分子 #92: Ribosomal protein eL39
+分子 #93: Ribosomal protein eL40
+分子 #94: Ribosomal protein eL41
+分子 #95: Ribosomal protein eL42
+分子 #96: Ribosomal protein eL43
+分子 #97: Ribosomal protein eLEgr2
+分子 #98: Ribosomal protein eLEgr3
+分子 #99: ZINC ION
+分子 #100: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.52 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |