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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11190 | |||||||||
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タイトル | SARM1 SAM1-2 domains | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / regulation of neuron apoptotic process / response to glucose / signaling adaptor activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / nervous system development / mitochondrial outer membrane / microtubule / cell differentiation / axon / innate immune response / dendrite / synapse / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sporny M / Guez-Haddad J / Khazma T / Yaron A / Dessau M / Mim C / Isupov MN / Zalk R / Hons M / Opatowsky Y | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis for SARM1 inhibition and activation under energetic stress. 著者: Michael Sporny / Julia Guez-Haddad / Tami Khazma / Avraham Yaron / Moshe Dessau / Yoel Shkolnisky / Carsten Mim / Michail N Isupov / Ran Zalk / Michael Hons / Yarden Opatowsky / 要旨: SARM1, an executor of axonal degeneration, displays NADase activity that depletes the key cellular metabolite, NAD+, in response to nerve injury. The basis of SARM1 inhibition and its activation ...SARM1, an executor of axonal degeneration, displays NADase activity that depletes the key cellular metabolite, NAD+, in response to nerve injury. The basis of SARM1 inhibition and its activation under stress conditions are still unknown. Here, we present cryo-EM maps of SARM1 at 2.9 and 2.7 Å resolutions. These indicate that SARM1 homo-octamer avoids premature activation by assuming a packed conformation, with ordered inner and peripheral rings, that prevents dimerization and activation of the catalytic domains. This inactive conformation is stabilized by binding of SARM1's own substrate NAD+ in an allosteric location, away from the catalytic sites. This model was validated by mutagenesis of the allosteric site, which led to constitutively active SARM1. We propose that the reduction of cellular NAD+ concentration contributes to the disassembly of SARM1's peripheral ring, which allows formation of active NADase domain dimers, thereby further depleting NAD+ to cause an energetic catastrophe and cell death. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11190.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11190-v30.xml emd-11190.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11190.png | 132 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11190 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11190_validation.pdf.gz | 225.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11190_full_validation.pdf.gz | 224.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11190_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11190 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : hSARM1
全体 | 名称: hSARM1 |
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要素 |
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-超分子 #1: hSARM1
超分子 | 名称: hSARM1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: NAD(+) hydrolase SARM1
分子 | 名称: NAD(+) hydrolase SARM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 79.971258 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSYHHHHHHD YDIPTTENLY FQGAMGSERL AVPGPDGGGG TGPWWAAGGR GPREVSPGAG TEVQDALERA LPELQQALSA LKQAGGARA VGAGLAEVFQ LVEEAWLLPA VGREVAQGLC DAIRLDGGLD LLLRLLQAPE LETRVQAARL LEQILVAENR D RVARIGLG ...文字列: MSYHHHHHHD YDIPTTENLY FQGAMGSERL AVPGPDGGGG TGPWWAAGGR GPREVSPGAG TEVQDALERA LPELQQALSA LKQAGGARA VGAGLAEVFQ LVEEAWLLPA VGREVAQGLC DAIRLDGGLD LLLRLLQAPE LETRVQAARL LEQILVAENR D RVARIGLG VILNLAKERE PVELARSVAG ILEHMFKHSE ETCQRLVAAG GLDAVLYWCR RTDPALLRHC ALALGNCALH GG QAVQRRM VEKRAAEWLF PLAFSKEDEL LRLHACLAVA VLATNKEVER EVERSGTLAL VEPLVASLDP GRFARCLVDA SDT SQGRGP DDLQRLVPLL DSNRLEAQCI GAFYLCAEAA IKSLQGKTKV FSDIGAIQSL KRLVSYSTNG TKSALAKRAL RLLG EEVPR PILPSVPSWK EAEVQTWLQQ IGFSKYCESF REQQVDGDLL LRLTEEELQT DLGMKSGITR KRFFRELTEL KTFAN YSTC DRSNLADWLG SLDPRFRQYT YGLVSCGLDR SLLHRVSEQQ LLEDCGIHLG VHRARILTAA REMLHSPLPC TGGKPS GDT PDVFISYRRN SGSQLASLLK VHLQLHGFSV FIDVEKLEAG KFEDKLIQSV MGARNFVLVL SPGALDKCMQ DHDCKDW VH KQIVTALSCG KNIVPIIDGF EWPEPQVLPE DMQAVLTFNG IKWSHEYQEA TIEKIIRFLQ GRSSRDSSAG SDTSLEGA A PMGPT |
-分子 #2: 1,2-ETHANEDIOL
分子 | 名称: 1,2-ETHANEDIOL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 17 / 式: EDO |
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分子量 | 理論値: 62.068 Da |
Chemical component information | ChemComp-EDO: |
-分子 #3: BETA-MERCAPTOETHANOL
分子 | 名称: BETA-MERCAPTOETHANOL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: BME |
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分子量 | 理論値: 78.133 Da |
Chemical component information | ChemComp-BME: |
-分子 #4: DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子 | 名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PEG |
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分子量 | 理論値: 106.12 Da |
Chemical component information | ChemComp-PEG: |
-分子 #5: TRIETHYLENE GLYCOL
分子 | 名称: TRIETHYLENE GLYCOL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PGE |
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分子量 | 理論値: 150.173 Da |
Chemical component information | ChemComp-PGE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5410 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |