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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11112 | |||||||||||||||
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タイトル | The atomic structure of the HAdVF-41 penton base in solution | |||||||||||||||
![]() | 3D reconstruction of a recombinantely expressed human Adenovirus 41 penton base. | |||||||||||||||
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![]() | HAdVF-41 / penton base / pentamer / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Penton protein![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
![]() | Carlson L-A / Rafie K | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of enteric human adenovirus 41-A leading cause of diarrhea in children. 著者: K Rafie / A Lenman / J Fuchs / A Rajan / N Arnberg / L-A Carlson / ![]() ![]() 要旨: Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and ...Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and pathogenicity from respiratory and ocular adenoviruses, but the structural basis for this divergence has been unknown. Here, we present the first structure of an enteric HAdV-HAdV-F41-determined by cryo-electron microscopy to a resolution of 3.8 Å. The structure reveals extensive alterations to the virion exterior as compared to nonenteric HAdVs, including a unique arrangement of capsid protein IX. The structure also provides new insights into conserved aspects of HAdV architecture such as a proposed location of core protein V, which links the viral DNA to the capsid, and assembly-induced conformational changes in the penton base protein. Our findings provide the structural basis for adaptation of enteric HAdVs to a fundamentally different tissue tropism. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 17.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 108.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 14.8 MB 14.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 404.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of a recombinantely expressed human Adenovirus 41 penton base. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.041 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_11112_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_11112_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus 41
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human adenovirus 41
超分子 | 名称: Human adenovirus 41 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The HAdVF-41 penton base was recombinantely expressed in Sf9 cells. NCBI-ID: 10524 / 生物種: Human adenovirus 41 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 285 KDa |
-分子 #1: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 57.14216 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRRAVGVPPV MAYAEGPPPS YESVMGSADS PATLEALYVP PRYLGPTEGR NSIRYSELAP LYDTTRVYLV DNKSADIASL NYQNDHSNF QTTVVQNNDF TPAEAGTQTI NFDERSRWGA DLKTILRTNM PNINEFMSTN KFKARLMVEK KNKETGLPRY E WFEFTLPE ...文字列: MRRAVGVPPV MAYAEGPPPS YESVMGSADS PATLEALYVP PRYLGPTEGR NSIRYSELAP LYDTTRVYLV DNKSADIASL NYQNDHSNF QTTVVQNNDF TPAEAGTQTI NFDERSRWGA DLKTILRTNM PNINEFMSTN KFKARLMVEK KNKETGLPRY E WFEFTLPE GNYSETMTID LMNNAIVDNY LEVGRQNGVL ESDIGVKFDT RNFRLGWDPV TKLVMPGVYT NEAFHPDIVL LP GCGVDFT QSRLSNLLGI RKRLPFQEGF QIMYEDLEGG NIPALLDVAK YEASIQKAKE EGKEIGDDTF ATRPQDLVIE PVA KDSKNR SYNLLPNDQN NTAYRSWFLA YNYGDPKKGV QSWTLLTTAD VTCGSQQVYW SLPDMMQDPV TFRPSTQVSN YPVV GVELL PVHAKSFYNE QAVYSQLIRQ STALTHVFNR FPENQILVRP PAPTITTVSE NVPALTDHGT LPLRSSISGV QRVTI TDAR RRTCPYVHKA LGIVAPKVLS SRTF UniProtKB: Penton protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | The sample was monodisperse with a preferred orientation in the vitrious ice. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Data were collected at a 30 degree tilt of the specimen stage due to a preferred orientation of the sample in the vitrified ice. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 948 / 平均電子線量: 0.93 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6z7q: |