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Structure paper

タイトルThe structure of enteric human adenovirus 41-A leading cause of diarrhea in children.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 7, Issue 2, Year 2021
掲載日2021年1月8日
著者K Rafie / A Lenman / J Fuchs / A Rajan / N Arnberg / L-A Carlson /
PubMed 要旨Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and ...Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and pathogenicity from respiratory and ocular adenoviruses, but the structural basis for this divergence has been unknown. Here, we present the first structure of an enteric HAdV-HAdV-F41-determined by cryo-electron microscopy to a resolution of 3.8 Å. The structure reveals extensive alterations to the virion exterior as compared to nonenteric HAdVs, including a unique arrangement of capsid protein IX. The structure also provides new insights into conserved aspects of HAdV architecture such as a proposed location of core protein V, which links the viral DNA to the capsid, and assembly-induced conformational changes in the penton base protein. Our findings provide the structural basis for adaptation of enteric HAdVs to a fundamentally different tissue tropism.
リンクSci Adv / PubMed:33523995 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.99 - 5.0 Å
構造データ

11108

6z7n

EMDB-11108, PDB-6z7n:
The atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

EMDB-11109:
Locally reconstructed HAdV-F41 penton base
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-11110:
Local asymmetric reconstruction of the HVR2-containing loop of HAdV-F41.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-11111:
Structure of human Adenoviurs-F 41 at pH 4.0.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

11112

6z7q

EMDB-11112, PDB-6z7q:
The atomic structure of the HAdVF-41 penton base in solution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
  • human adenovirus f serotype 41 (ヒトアデノウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / HAdV-F41 / virion (ウイルス) / icosahedral (二十面体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HAdVF-41 / penton base / pentamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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