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- EMDB-11108: The atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11108
タイトルThe atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4
マップデータFull map masked
試料
  • ウイルス: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Core-capsid bridging protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
キーワードHAdV-F41 / virion / icosahedral / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / virion component => GO:0044423 / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / virion component => GO:0044423 / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus core-capsid bridging protein V / Adenovirus minor core protein PV / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII ...Adenovirus core-capsid bridging protein V / Adenovirus minor core protein PV / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Core-capsid bridging protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VI / Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Carlson L-A / Rafie K
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00047/2017-C スウェーデン
Swedish Research CouncilDnr 2019-01472 スウェーデン
Swedish Research CouncilDnr 2017-00859 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The structure of enteric human adenovirus 41-A leading cause of diarrhea in children.
著者: K Rafie / A Lenman / J Fuchs / A Rajan / N Arnberg / L-A Carlson /
要旨: Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and ...Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and pathogenicity from respiratory and ocular adenoviruses, but the structural basis for this divergence has been unknown. Here, we present the first structure of an enteric HAdV-HAdV-F41-determined by cryo-electron microscopy to a resolution of 3.8 Å. The structure reveals extensive alterations to the virion exterior as compared to nonenteric HAdVs, including a unique arrangement of capsid protein IX. The structure also provides new insights into conserved aspects of HAdV architecture such as a proposed location of core protein V, which links the viral DNA to the capsid, and assembly-induced conformational changes in the penton base protein. Our findings provide the structural basis for adaptation of enteric HAdVs to a fundamentally different tissue tropism.
履歴
登録2020年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z7n
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6z7n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11108.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map masked
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04871885 - 0.067119084
平均 (標準偏差)0.0004667922 (±0.00480041)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin145145145
サイズ900900900
Spacing900900900
セルA=B=C: 936.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0411.0411.041
M x/y/z900900900
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z936.900936.900936.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS145145145
NC/NR/NS900900900
D min/max/mean-0.0490.0670.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11108_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: ASU map for model building

ファイルemd_11108_additional_1.map
注釈ASU map for model building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half 1

ファイルemd_11108_half_map_1.map
注釈Half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half 2

ファイルemd_11108_half_map_2.map
注釈Half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Human adenovirus 41

全体名称: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Core-capsid bridging protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
    • タンパク質・ペプチド: Unknown

+
超分子 #1: Human adenovirus 41

超分子名称: Human adenovirus 41 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10524 / 生物種: Human adenovirus 41 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 900.0 Å

+
分子 #1: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 29.170145 KDa
配列文字列: MEDINFASLA PRHGSRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFSWSSL WSGIKNFGSS IKSFGNKAWN SNTGQMLRDK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAL QNQINQRLEN SRQPPVALKQ RPTPEPEEVE VEEKLPPLET APPLPSKGEK RPRPELEETL V VESREPPS ...文字列:
MEDINFASLA PRHGSRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFSWSSL WSGIKNFGSS IKSFGNKAWN SNTGQMLRDK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAL QNQINQRLEN SRQPPVALKQ RPTPEPEEVE VEEKLPPLET APPLPSKGEK RPRPELEETL V VESREPPS YEQALKEGAS YPMTRPIGSM ARPVYGKEKT PVTLELPPPA PTVPPMPTPT LGTNVPRLAA PTVAVATPAR RV RGANWQS TLNSIVGLGV KSLKRRRCY

UniProtKB: Pre-protein VI

+
分子 #2: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 104.064234 KDa
配列文字列: MATPSMMPQW SYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREDTAYSY KVRFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKTA PNPCEWKDNN KIKVRGQAPF IGTNINKDNG I QIGTDTTN ...文字列:
MATPSMMPQW SYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREDTAYSY KVRFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKTA PNPCEWKDNN KIKVRGQAPF IGTNINKDNG I QIGTDTTN QPIYADKTYQ PEPQVGQTQW NSEVGAAQKV AGRVLKDTTP MLPCYGSYAK PTNEKGGQAS LITNGTDQTL TS DVNLQFF ALPSTPNEPK AVLYAENVSI EAPDTHLVYK PDVAQGTISS ADLLTQQAAP NRPNYIGFRD NFIGLMYYNS TGN MGVLAG QASQLNAVVD LQDRNTELSY QLMLDALGDR SRYFSMWNQA VDSYDPDVRI IENHGVEDEL PNYCFPLGGS AATD TYSGI KANGQTWTAD DNYADRGAEI ESGNIFAMEI NLAANLWRSF LYSNVALYLP DSYKITPDNI TLPENKNTYA YMNGR VAVP SALDTYVNIG ARWSPDPMDN VNPFNHHRNA GLRYRSMLLG NGRYVPFHIQ VPQKFFAIKN LLLLPGSYTY EWNFRK DVN MILQSSLGND LRVDGASVRF DSINLYANFF PMAHNTASTL EAMLRNDTND QSFNDYLCAA NMLYPIPSNA TSVPISI PS RNWAAFRGWS FTRLKTKETP SLGSGFDPYF TYSGSVPYLD GTFYLNHTFK KVSIMFDSSV SWPGNDRLLT PNEFEIKR T VDGEGYNVAQ CNMTKDWFLI QMLSHYNIGY QGFYVPESYK DRMYSFFRNF QPMSRQVVNT TTYKEYQNVT LPFQHNNSG FVGYMGPTMR EGQAYPANYP YPLIGQTAVP SLTQKKFLCD RTMWRIPFSS NFMSMGALTD LGQNMLYANS AHALDMTFEV DPMDEPTLL YVLFEVFDVV RIHQPHRGVI EAVYLRTPFS AGNATT

UniProtKB: Hexon protein

+
分子 #3: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 57.14216 KDa
配列文字列: MRRAVGVPPV MAYAEGPPPS YESVMGSADS PATLEALYVP PRYLGPTEGR NSIRYSELAP LYDTTRVYLV DNKSADIASL NYQNDHSNF QTTVVQNNDF TPAEAGTQTI NFDERSRWGA DLKTILRTNM PNINEFMSTN KFKARLMVEK KNKETGLPRY E WFEFTLPE ...文字列:
MRRAVGVPPV MAYAEGPPPS YESVMGSADS PATLEALYVP PRYLGPTEGR NSIRYSELAP LYDTTRVYLV DNKSADIASL NYQNDHSNF QTTVVQNNDF TPAEAGTQTI NFDERSRWGA DLKTILRTNM PNINEFMSTN KFKARLMVEK KNKETGLPRY E WFEFTLPE GNYSETMTID LMNNAIVDNY LEVGRQNGVL ESDIGVKFDT RNFRLGWDPV TKLVMPGVYT NEAFHPDIVL LP GCGVDFT QSRLSNLLGI RKRLPFQEGF QIMYEDLEGG NIPALLDVAK YEASIQKAKE EGKEIGDDTF ATRPQDLVIE PVA KDSKNR SYNLLPNDQN NTAYRSWFLA YNYGDPKKGV QSWTLLTTAD VTCGSQQVYW SLPDMMQDPV TFRPSTQVSN YPVV GVELL PVHAKSFYNE QAVYSQLIRQ STALTHVFNR FPENQILVRP PAPTITTVSE NVPALTDHGT LPLRSSISGV QRVTI TDAR RRTCPYVHKA LGIVAPKVLS SRTF

UniProtKB: Penton protein

+
分子 #4: Core-capsid bridging protein

分子名称: Core-capsid bridging protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 39.843855 KDa
配列文字列: MSKRKFKEEL LEALVPEIYG PAADVKPDIK PRALKRVKKR EKKEETGLLD DDVEFVRTFA PRRQVQWRGR KVKRVLRPGT TVVFTPGER SATRALKREY DEVYADEDIL EQAAQQIGEF AYGKRGRYGE VGLLLDQSNP TPSLKPATQQ QILPVTETKR G VKRENKDE ...文字列:
MSKRKFKEEL LEALVPEIYG PAADVKPDIK PRALKRVKKR EKKEETGLLD DDVEFVRTFA PRRQVQWRGR KVKRVLRPGT TVVFTPGER SATRALKREY DEVYADEDIL EQAAQQIGEF AYGKRGRYGE VGLLLDQSNP TPSLKPATQQ QILPVTETKR G VKRENKDE LQPTMQLMVP KRQKLEEVLE NMKVDPSVEP EVKVRPIKEI GPGLGVQTVD IQIPVRTTPA VAMAEAMETQ TD QPAAVTT REIGLQTDPR YESVTSTRRS RGRKYTAANS ILPEYALHPS ITPTPGYRGT IFRPSRPRTT RRRRTTRRRS RRI TPISVH RVTRRGRTIT LPNARYHPSI LI

UniProtKB: Core-capsid bridging protein

+
分子 #5: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 64.825246 KDa
配列文字列: MQRSTAVVDG SQQVDPAMLA ALQSQPSGVT PSDDWAAAMD RILALTTRNP EAFRQQPQAN RFSAILEAVV PSRTNPTHEK VLAIVNALT ESKAIRKDEA GLIYNALLER VARYNSTNVQ ANLDRLTTDV REAVAQRERF MHDTNLGSQV ALNAFLSTLP A NVPRGQED ...文字列:
MQRSTAVVDG SQQVDPAMLA ALQSQPSGVT PSDDWAAAMD RILALTTRNP EAFRQQPQAN RFSAILEAVV PSRTNPTHEK VLAIVNALT ESKAIRKDEA GLIYNALLER VARYNSTNVQ ANLDRLTTDV REAVAQRERF MHDTNLGSQV ALNAFLSTLP A NVPRGQED YVSFISALRL LVAEVPQSEV YQSGPDYFFQ TSRQGLQTVN LTQAFKNLQG MWGVRAPVGD RATISSLLTP NT RLLLLLI APFTNSSTIS RDSYLGHLIT LYREAIGQTQ VDEQTFQEIT SVSRALGQQD TGSLEATLNF LLTNRQQKIP SQF TLSTEE ERILRYVQQS VSLYLMREGM TPSSALDMTA RNMEPSLYSS NRPFINRLMD YLHRAAAMNS EYFTNAILNP HWMP PSGFY TGEFDMPEGD DGFLWDDVSD SIFVPARYRK KEGGDELPLP LVEAASRGQS PFPSLPSLVS SSNSGRVLRP RLPGE TDYL NDPLLQPVRN KNFPNNGVES LVDKMNRWKT YAQEQREWEE SQSRPLAGPF SRWRRREDDQ DDSADDNSVL DLGGTG ASS NPFAHLRPQG RLGRLY

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa

+
分子 #6: Hexon-interlacing protein

分子名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 13.617179 KDa
配列文字列:
MSGSMEGNAV SFKGGVFSPY LTTRLPAWAG VRQNVMGSNV DGRPVAPANS ATLTYATVGS SVDTAAAAAA SAAASTARGM AADFGLYNQ LAASRSLREE DALSVVLTRL EELSQQLQDL FAKVALLNPP ANAS

UniProtKB: Hexon-interlacing protein

+
分子 #7: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 25.330234 KDa
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSSR MNWLSAGPHM IGRVNGIRAT RNQILLEQAA LTSTPRSQLN PPNWPAAQVY QENPAPTTV LLPRDAEAEV QMTNSGAQLA GGSRHVRFRG RSSPYSPGPI KRLIIRGRGI QLNDEVVSSL TGLRPDGVFQ L GGAGRSSF ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSSR MNWLSAGPHM IGRVNGIRAT RNQILLEQAA LTSTPRSQLN PPNWPAAQVY QENPAPTTV LLPRDAEAEV QMTNSGAQLA GGSRHVRFRG RSSPYSPGPI KRLIIRGRGI QLNDEVVSSL TGLRPDGVFQ L GGAGRSSF TPRQAYLTLQ SSSSQPRSGG IGTLQFVEEF VPSVYFNPFS GAPGLYPDDF IPNYDAVSES VDGYD

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

+
分子 #8: Fiber protein

分子名称: Fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: belongs to one of the two fibre proteins: P14267 or P16883
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 899 Da
配列文字列:
FNPVYPY

+
分子 #9: Unknown

分子名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 869.063 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #10: Unknown

分子名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 528.644 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: PBS buffer made from comemrcial PBS tablets Medicargo, PBS tablets, 09-9400-100
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6929 / 平均電子線量: 1.03 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 25667
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7034

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / 使用した粒子像数: 19472
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tx1


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6z7n:
The atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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