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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11027 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Mrp antiporter complex | |||||||||
マップデータ | Composite map of the MRP dimer | |||||||||
試料 |
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キーワード | Mrp antiporter / sodium/proton exchanger / bioenergetics / complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inorganic cation transmembrane transporter activity => GO:0022890 / : / : / monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / monoatomic ion transport / ATP synthesis coupled electron transport ...inorganic cation transmembrane transporter activity => GO:0022890 / : / : / monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / monoatomic ion transport / ATP synthesis coupled electron transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Anoxybacillus flavithermus WK1 (バクテリア) / Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Steiner J / Sazanov LA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure and mechanism of the Mrp complex, an ancient cation/proton antiporter. 著者: Julia Steiner / Leonid Sazanov / 要旨: Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) antiporters are multi-subunit Na (or K)/H exchangers representing an ancestor of many essential redox-driven proton pumps, such as respiratory complex I. ...Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) antiporters are multi-subunit Na (or K)/H exchangers representing an ancestor of many essential redox-driven proton pumps, such as respiratory complex I. The mechanism of coupling between ion or electron transfer and proton translocation in this large protein family is unknown. Here, we present the structure of the Mrp complex from solved by cryo-EM at 3.0 Å resolution. It is a dimer of seven-subunit protomers with 50 trans-membrane helices each. Surface charge distribution within each monomer is remarkably asymmetric, revealing probable proton and sodium translocation pathways. On the basis of the structure we propose a mechanism where the coupling between sodium and proton translocation is facilitated by a series of electrostatic interactions between a cation and key charged residues. This mechanism is likely to be applicable to the entire family of redox proton pumps, where electron transfer to substrates replaces cation movements. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11027.map.gz | 5.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11027-v30.xml emd-11027.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11027_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11027.png | 202 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11027.cif.gz | 7.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11027 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11027 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of the MRP dimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Mrp dimer
+超分子 #1: Mrp dimer
+分子 #1: Multisubunit Na+/H+ antiporter, A subunit
+分子 #2: Multisubunit Na+/H+ antiporter, B subunit
+分子 #3: Multisubunit Na+/H+ antiporter, C subunit
+分子 #4: Multisubunit Na+/H+ antiporter, D subunit
+分子 #5: Multisubunit Na+/H+ antiporter, E subunit
+分子 #6: Multisubunit Na+/H+ antiporter, F subunit
+分子 #7: Multisubunit Na+/H+ antiporter, G subunit
+分子 #8: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #9: POTASSIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.16 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 88.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |