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万見
- EMDB-10884: HSPD1 single ring deposited by spraying (50 ms delay) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10884
タイトルHSPD1 single ring deposited by spraying (50 ms delay)
マップデータunsharpened final map
試料
  • 複合体: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)
    • タンパク質・ペプチド: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)
機能・相同性
機能・相同性情報


coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / mitochondrial unfolded protein response / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / apolipoprotein A-I binding / lipopolysaccharide receptor complex / protein import into mitochondrial intermembrane space / migrasome / high-density lipoprotein particle binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell ...coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / mitochondrial unfolded protein response / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / apolipoprotein A-I binding / lipopolysaccharide receptor complex / protein import into mitochondrial intermembrane space / migrasome / high-density lipoprotein particle binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / Mitochondrial protein import / chaperonin ATPase / positive regulation of macrophage activation / cellular response to interleukin-7 / biological process involved in interaction with symbiont / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / sperm plasma membrane / 'de novo' protein folding / B cell proliferation / DNA replication origin binding / B cell activation / positive regulation of interferon-alpha production / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of interleukin-10 production / apolipoprotein binding / protein maturation / response to unfolded protein / chaperone-mediated protein complex assembly / clathrin-coated pit / sperm midpiece / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of interleukin-12 production / response to cold / T cell activation / secretory granule / isomerase activity / lipopolysaccharide binding / ATP-dependent protein folding chaperone / : / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of T cell activation / double-stranded RNA binding / unfolded protein binding / p53 binding / protein folding / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / mitochondrial inner membrane / early endosome / protein stabilization / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
60 kDa heat shock protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Klebl DP / Gravett MSC / Darrow M / Thompson RF / Muench SP
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P020208/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P026397/1 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Need for Speed: Examining Protein Behavior during CryoEM Grid Preparation at Different Timescales.
著者: David P Klebl / Molly S C Gravett / Dimitrios Kontziampasis / David J Wright / Robin S Bon / Diana C F Monteiro / Martin Trebbin / Frank Sobott / Howard D White / Michele C Darrow / Rebecca F ...著者: David P Klebl / Molly S C Gravett / Dimitrios Kontziampasis / David J Wright / Robin S Bon / Diana C F Monteiro / Martin Trebbin / Frank Sobott / Howard D White / Michele C Darrow / Rebecca F Thompson / Stephen P Muench /
要旨: A host of new technologies are under development to improve the quality and reproducibility of cryoelectron microscopy (cryoEM) grid preparation. Here we have systematically investigated the ...A host of new technologies are under development to improve the quality and reproducibility of cryoelectron microscopy (cryoEM) grid preparation. Here we have systematically investigated the preparation of three macromolecular complexes using three different vitrification devices (Vitrobot, chameleon, and a time-resolved cryoEM device) on various timescales, including grids made within 6 ms (the fastest reported to date), to interrogate particle behavior at the air-water interface for different timepoints. Results demonstrate that different macromolecular complexes can respond to the thin-film environment formed during cryoEM sample preparation in highly variable ways, shedding light on why cryoEM sample preparation can be difficult to optimize. We demonstrate that reducing time between sample application and vitrification is just one tool to improve cryoEM grid quality, but that it is unlikely to be a generic "silver bullet" for improving the quality of every cryoEM sample preparation.
履歴
登録2020年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10884.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened final map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.13 Å/pix.
x 124 pix.
= 264.12 Å		2.13 Å/pix.
x 124 pix.
= 264.12 Å		2.13 Å/pix.
x 124 pix.
= 264.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.083 / ムービー #1: 0.083
最小 - 最大-0.08343847 - 0.25357452
平均 (標準偏差)0.00014410625 (±0.015647853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ124124124
Spacing124124124
セルA=B=C: 264.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z124124124
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.120264.120264.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS124124124
D min/max/mean-0.0830.2540.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10884_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10884_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10884_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)

全体名称: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)
要素
  • 複合体: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)
    • タンパク質・ペプチド: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)

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超分子 #1: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)

超分子名称: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)

分子名称: human mitochondrial 60 kDa heat shock protein (mature)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAAKDVKFG ADARALMLQG VDLLADAVAV TMGPKGRTVI IEQSWGSPKV TKDGVTVAKS IDLKDKYKNI GAKLVQDVAN NTNEEAGDGT TTATVLARSI AKEGFEKISK GANPVEIRRG VMLAVDAVIA ELKKQSKPVT TPEEIAQVAT ISANGDKEIG NIISDAMKKV ...文字列:
SNAAKDVKFG ADARALMLQG VDLLADAVAV TMGPKGRTVI IEQSWGSPKV TKDGVTVAKS IDLKDKYKNI GAKLVQDVAN NTNEEAGDGT TTATVLARSI AKEGFEKISK GANPVEIRRG VMLAVDAVIA ELKKQSKPVT TPEEIAQVAT ISANGDKEIG NIISDAMKKV GRKGVITVKD GKTLNDELEI IEGMKFDRGY ISPYFINTSK GQKCEFQDAY VLLSEKKISS IQSIVPALEI ANAHRKPLVI IAEDVDGEAL STLVLNRLKV GLQVVAVKAP GFGDNRKNQL KDMAIATGGA VFGEEGLTLN LEDVQPHDLG KVGEVIVTKD DAMLLKGKGD KAQIEKRIQE IIEQLDVTTS EYEKEKLNER LAKLSDGVAV LKVGGTSDVE VNEKKDRVTD ALNATRAAVE EGIVLGGGCA LLRCIPALDS LTPANEDQKI GIEIIKRTLK IPAMTIAKNA GVEGSLIVEK IMQSSSEVGY DAMAGDFVNM VEKGIIDPTK VVRTALLDAA GVASLLTTAE VVVTEIPKEE KDPGMGAMGG MGGGMGGGMF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: the sample was sprayed using a microfludic nozzle, resulting in a delay of 50ms between spraying and freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 81.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 39610
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: The final angular assignment was done in a bigger, combined dataset which was then split into the original datasets to generate this reconstruction
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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