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- EMDB-10817: Structure of the TFIIIC subcomplex tauA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10817
タイトルStructure of the TFIIIC subcomplex tauA
マップデータ
試料
  • 複合体: TFIIIC subcomplex tauA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 131 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau 95 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 55 kDa subunit
キーワードTFIIIC / tauA / Transcription initiation / Pol III / TFIIIB / Transcription factor / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleoplasm ...5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain ...Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor tau 95 kDa subunit / Transcription factor tau 131 kDa subunit / Transcription factor tau 55 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vorlaender MK / Muller CW
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: Structure of the TFIIIC subcomplex τA provides insights into RNA polymerase III pre-initiation complex formation.
著者: Matthias K Vorländer / Anna Jungblut / Kai Karius / Florence Baudin / Helga Grötsch / Jan Kosinski / Christoph W Müller /
要旨: Transcription factor (TF) IIIC is a conserved eukaryotic six-subunit protein complex with dual function. It serves as a general TF for most RNA polymerase (Pol) III genes by recruiting TFIIIB, but it ...Transcription factor (TF) IIIC is a conserved eukaryotic six-subunit protein complex with dual function. It serves as a general TF for most RNA polymerase (Pol) III genes by recruiting TFIIIB, but it is also involved in chromatin organization and regulation of Pol II genes through interaction with CTCF and condensin II. Here, we report the structure of the S. cerevisiae TFIIIC subcomplex τA, which contains the most conserved subunits of TFIIIC and is responsible for recruitment of TFIIIB and transcription start site (TSS) selection at Pol III genes. We show that τA binding to its promoter is auto-inhibited by a disordered acidic tail of subunit τ95. We further provide a negative-stain reconstruction of τA bound to the TFIIIB subunits Brf1 and TBP. This shows that a ruler element in τA achieves positioning of TFIIIB upstream of the TSS, and suggests remodeling of the complex during assembly of TFIIIB by TFIIIC.
履歴
登録2020年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.05
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yj6
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10817.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.16542615 - 0.283146
平均 (標準偏差)-0.00016718963 (±0.0053780037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0411.0411.041
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.300312.300312.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1650.283-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10817_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10817_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : TFIIIC subcomplex tauA

全体名称: TFIIIC subcomplex tauA
要素
  • 複合体: TFIIIC subcomplex tauA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 131 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau 95 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 55 kDa subunit

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超分子 #1: TFIIIC subcomplex tauA

超分子名称: TFIIIC subcomplex tauA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Generated by co-expression of subunits in insect cells
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 245 KDa

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分子 #1: Transcription factor tau 131 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 131 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 120.746969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAGKLKKEQ QNQSAERESA DTGKVNDEDE EHLYGNIDDY KHLIQDEEYD DEDVPHDLQL SEDEYNSERD SSLLAEFSDY GEISEDDEE DFMNAIREAS NFKVKKKKKN DKGKSYGRQR KERVLDPEVA QLLSQANEAF VRNDLQVAER LFNEVIKKDA R NFAAYETL ...文字列:
MAAGKLKKEQ QNQSAERESA DTGKVNDEDE EHLYGNIDDY KHLIQDEEYD DEDVPHDLQL SEDEYNSERD SSLLAEFSDY GEISEDDEE DFMNAIREAS NFKVKKKKKN DKGKSYGRQR KERVLDPEVA QLLSQANEAF VRNDLQVAER LFNEVIKKDA R NFAAYETL GDIYQLQGRL NDCCNSWFLA AHLNASDWEF WKIVAILSAD LDHVRQAIYC FSRVISLNPM EWESIYRRSM LY KKTGQLA RALDGFQRLY MYNPYDANIL RELAILYVDY DRIEDSIELY MKVFNANVER REAILAALEN ALDSSDEESA AEG EDADEK EPLEQDEDRQ MFPDINWKKI DAKYKCIPFD WSSLNILAEL FLKLAVSEVD GIKTIKKCAR WIQRRESQTF WDHV PDDSE FDNRRFKNST FDSLLAAEKE KSYNIPIDIR VRLGLLRLNT DNLVEALNHF QCLYDETFSD VADLYFEAAT ALTRA EKYK EAIDFFTPLL SLEEWRTTDV FKPLARCYKE IESYETAKEF YELAIKSEPD DLDIRVSLAE VYYRLNDPET FKHMLV DVV EMRKHQVDET LHRISNEKSS NDTSDISSKP LLEDSKFRTF RKKKRTPYDA ERERIERERR ITAKVVDKYE KMKKFEL NS GLNEAKQASI WINTVSELVD IFSSVKNFFM KSRSRKFVGI LRRTKKFNTE LDFQIERLSK LAEGDSVFEG PLMEERVT L TSATELRGLS YEQWFELFME LSLVIAKYQS VEDGLSVVET AQEVNVFFQD PERVKMMKFV KLAIVLQMDD EEELAENLR GLLNQFQFNR KVLQVFMYSL CRGPSSLNIL SSTIQQKFFL RQLKAFDSCR YNTEVNGQAS ITNKEVYNPN KKSSPYLYYI YAVLLYSSR GFLSALQYLT RLEEDIPDDP MVNLLMGLSH IHRAMQRLTA QRHFQIFHGL RYLYRYHKIR KSLYTDLEKQ E ADYNLGRA FHLIGLVSIA IEYYNRVLEN YDDGKLKKHA AYNSIIIYQQ SGNVELADHL MEKYLSIRSG G

UniProtKB: Transcription factor tau 131 kDa subunit

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分子 #2: Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau ...

分子名称: Transcription factor tau 95 kDa subunit,Transcription factor tau 95 kDa subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 77.363664 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQSMPVEEP LATLSSIPDS SADQAPPLIA DEFTLDLPRI PSLELPLNVS TKHSSIQKAI KMCGGIEKVK EAFKEHGPI ESQHGLQLYL NDDTDSDGSK SYFNEHPVIG KRVPFRDESV ILKVTMPKGT LSKNNNSVKD SIKSLKDSNK L RVTPVSIV ...文字列:
MHHHHHHENL YFQSMPVEEP LATLSSIPDS SADQAPPLIA DEFTLDLPRI PSLELPLNVS TKHSSIQKAI KMCGGIEKVK EAFKEHGPI ESQHGLQLYL NDDTDSDGSK SYFNEHPVIG KRVPFRDESV ILKVTMPKGT LSKNNNSVKD SIKSLKDSNK L RVTPVSIV DNTIKFREMS DFQIKLDNVP SAREFKSSFG SLEWNNFKSF VNSVPDNDSQ PQENIGNLIL DRSVKIPSTD FQ LPPPPKL SMVGFPLLYK YKANPFAKKK KNGVTEVKGT YIKNYQLFVH DLSDKTVIPS QAHEQVLYDF EVAKKTKVYP GTK SDSKFY ESLEECLKIL RELFARRPIW VKRHLDGIVP KKIHHTMKIA LALISYRFTM GPWRNTYIKF GIDPRSSVEY AQYQ TEYFK IERKLLSSPI VKKNVPKPPP LVFESDTPGG IDSRFKFDGK RIPWYLMLQI DLLIGEPNIA EVFHNVEYLD KANEL TGWF KELDLVKIRR IVKYELGCMV QGNYEYNKYK LKYFKTMLFV KESMVPENKN SEEGMGVNTN KDADGDINMD AGSQMS SNA IEEDKGIAAG DDFDDNGAIT EEPDDAALEN EEMDTDQNLK VPASIDDDVD DVDADEEEQE SFDVKTASFQ DIINKIA KL DPKTAETMKS ELKGFVDEVD L(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: Transcription factor tau 95 kDa subunit

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分子 #3: Transcription factor tau 55 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 55 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 49.198898 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVVNTIYIAR HGYRSNWLPE GPYPDPLTGI DSDVPLAEHG VQQAKELAHY LLSLDNQPEA AFASPFYRCL ETVQPIAKLL EIPVYLERG IGEWYRPDRK PVIPVPAGYE ILSKFFPGVI SQEWDSTLTP NEKGETEQEM YMRFKKFWPL FIERVEKEYP N VECILLVT ...文字列:
MVVNTIYIAR HGYRSNWLPE GPYPDPLTGI DSDVPLAEHG VQQAKELAHY LLSLDNQPEA AFASPFYRCL ETVQPIAKLL EIPVYLERG IGEWYRPDRK PVIPVPAGYE ILSKFFPGVI SQEWDSTLTP NEKGETEQEM YMRFKKFWPL FIERVEKEYP N VECILLVT HAASKIALGM SLLGYDNPRM SLNENGDKIR SGSCSLDKYE ILKKSYDTID ETDDQTSFTY IPFSDRKWVL TM NGNTEFL SSGEEMNWNF DCVAEAGSDA DIKKRQMTKK TSSPIPEADD QTEVETVYIS VDIPSGNYKE RTEIAKSAIL QYS GLETDA PLFRIGNRLY EGSWERLVGT ELAFPNAAHV HKKTAGLLSP TEENETTNAG QSKGSSTAND PNIQIQEEDV GLPD STNTS RDHTGDKEEV QSEKIYRIKE RIVLSNVRPM

UniProtKB: Transcription factor tau 55 kDa subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 5 mM DTT, 75 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: Pelco Easygglow instrument
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 2, Blot time 4.
詳細4 mM CHAPSO added prior to freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-36 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5824 / 平均露光時間: 48.73 sec. / 平均電子線量: 1.35 e/Å2 / 詳細: collected 8 frames per hole using beam shift
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.5 µm / 倍率(公称値): 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 702583 / 詳細: BoxNet2_20180918 was used for particle picking
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: obtained with Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 254700
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6yj6:
Structure of the TFIIIC subcomplex tauA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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