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- EMDB-10797: Xenorhabdus nematophila XptA1 in complex with porcine mucosa heparin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10797
タイトルXenorhabdus nematophila XptA1 in complex with porcine mucosa heparin
マップデータ
試料
  • 複合体: Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mucosa heparin
    • タンパク質・ペプチド: A component of insecticidal toxin complex (Tc)
キーワードtoxin / complex / glycan
機能・相同性TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / A component of insecticidal toxin complex (Tc)
機能・相同性情報
生物種Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Roderer D / Broecker F / Sitsel O / Kaplonek P / Leidreiter F / Seeberger PH / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)615984 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Glycan-dependent cell adhesion mechanism of Tc toxins.
著者: Daniel Roderer / Felix Bröcker / Oleg Sitsel / Paulina Kaplonek / Franziska Leidreiter / Peter H Seeberger / Stefan Raunser /
要旨: Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB ...Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB and TcC form a toxin-encapsulating cocoon. While the mechanisms of holotoxin assembly and pore formation have been described, little is known about receptor binding of TcAs. Here, we identify heparins/heparan sulfates and Lewis antigens as receptors for different TcAs from insect and human pathogens. Glycan array screening reveals that all tested TcAs bind negatively charged heparins. Cryo-EM structures of Morganella morganii TcdA4 and Xenorhabdus nematophila XptA1 reveal that heparins/heparan sulfates unexpectedly bind to different regions of the shell domain, including receptor-binding domains. In addition, Photorhabdus luminescens TcdA1 binds to Lewis antigens with micromolar affinity. Here, the glycan interacts with the receptor-binding domain D of the toxin. Our results suggest a glycan dependent association mechanism of Tc toxins on the host cell surface.
履歴
登録2020年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yey
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10797.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.06034702 - 0.110892
平均 (標準偏差)0.00044000463 (±0.0045329314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 484.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.211.211.21
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z484.000484.000484.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0600.1110.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mu...

全体名称: Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mucosa heparin
要素
  • 複合体: Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mucosa heparin
    • タンパク質・ペプチド: A component of insecticidal toxin complex (Tc)

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超分子 #1: Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mu...

超分子名称: Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mucosa heparin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: A component of insecticidal toxin complex (Tc)

分子名称: A component of insecticidal toxin complex (Tc) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
分子量理論値: 287.120781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIKVNELLDK INRKRSGDTL LLTNISFMSF SEFRHRTSGT LTWRETDFLY QQAHQESKQN KLEELRILSR ANPQLANITN LNITPSTLN NSYNSWFYGR AHRFVKPGSI ASIFSPAAYL TELYREAKDF HPDNSQYHLN KRRPDIASLA LTQNNMDEEI S TLSLSNEL ...文字列:
MIKVNELLDK INRKRSGDTL LLTNISFMSF SEFRHRTSGT LTWRETDFLY QQAHQESKQN KLEELRILSR ANPQLANITN LNITPSTLN NSYNSWFYGR AHRFVKPGSI ASIFSPAAYL TELYREAKDF HPDNSQYHLN KRRPDIASLA LTQNNMDEEI S TLSLSNEL LLHNIQTLEK TDYNGVMKML STYRQTGMTP YHLPYESARQ AILLQDKNLT AFSRNTDVAE LMDPTSLLAI KT DISPELY QILVEEITPE NSTELMKKNF GTDDVLIFKS YASLARYYDL SYDELSLFVN LSFGKKNTNQ QYKNEQLITL VND GNDTAT ARLIKRTRKD FYDSHLNYAE LIPIKENEYK YNFSVKKTEP DHLDFRLQNG DKEYIYQDKN FVPIANTHYS IPIK LTTEQ ITNGITLRLW RVKPNPSDAI NANAHFKMME FPGDIFLLKL NKAIRLYKAT GISPEDIWQV IESIYDDLTI DSNVL GKLF YVQYYMQHYN ISVSDALVLC HSDISQYSTK QQPSHFTMLF NTPLLNGQEF SADNTKLDLT PGESKNHFYL GIMKRA FRV NDTELYTLWK LANGGTNPEF MCSIENLSLL YRVRLLADIH HLTVNELSML LSVSPYVNTK IALFSDTALT QLISFLF QC TQWLTTQKWS VSDVFLMTTD NYSTVLTPDI ENLITTLSNG LSTLSLGDDE LIRAAAPLIA ASIQMDSAKT AETILLWI N QIKPQGLTFD DFMIIAANRD RSENETSNMV AFCQVLGQLS LIVRNIGLSE NELTLLVTKP EKFQSETTAL QHDLPTLQA LTRFHAVIMR CGSYATEILT ALELGALTAE QLAVALKFDA QVVTQALQQT DLGVNTFTNW RTIDVTLQWL DVAATLGITP DGVAALIKL KYVGEPETPM PTFDDWQAAS TLLQAGLNSQ QSDQLQAWLD EATTTAASAY YIKNGAPQQI KSRDELYSYL L IDNQVSAQ VKTTRVAEAI ASIQLYVNRA LNNVEGKVSK PVKTRQFFCD WETYNRRYST WAGVSELAYY PENYIDPTIR IG QTGMMNN LLQQLSQSQL NIDTVEDSFK NYLTAFEDVA NLQVISGYHD SINVNEGLTY LIGYSQTEPR IYYWRNVDHQ KCQ HGQFAA NAWGEWKKIE IPINVWQENI RPVIYKSRLY LLWLEQKELK NESEDGKIDI TDYILKLSHI RYDGSWSSPF NFNV TDKIE NLINKKASIG MYCSSDYEKD VIIVYFHEKK DNYSFNSLPA REGMTINPDM TLSILTENDL DAIVKSTLSE LDTRT EYKV NNQFATDYLA EYKESITTKN KLASFTGNIF DLSYISPGNG HINLTFNPSM EINFSKGNIY NDEVKYLLSM VEDETV ILF DYDRHDEMLG KEEEVFHYGT LDFIISIDLK NAEYFRVLMH LRTKEKIPRK SEIGVGINYD YESNDAEFKL DTNIVLD WK DNTGVWHTIC ESFTNDVSII NNMGNIAALF LREDPCVYLC SIATDIKIAS SMIEQIQDKN ISFLLKNGSD ILVELNAE D HVASKPSHES DPMVYDFNQV KVDIEGYDIP LVSEFIIKQP DGGYNDIVIE SPIHIKLKSK DTSNVISLHK MPSGTQYMQ IGPYRTRLNT LFSRKLAERA NIGIDNVLSM ETQNLPEPQL GEGFYATFKL PPYNKEEHGD ERWFKIHIGN IDGNSARQPY YEGMLSDIE TTVTLFVPYA KGYYIREGVR LGVGYKKIIY DKSWESAFFY FDETKNQFIF INDADHDSGM TQQGIVKNIK K YKGFIHVV VMKNNTEPMD FNGANAIYFW ELFYYTPMMV FQRLLQEQNF TESTRWLRYI WNPAGYSVQG EMQDYYWNVR PL EEDTSWN ANPLDSVDPD AVAQHDPMHY KVATFMKMLD LLITRGDSAY RQLERDTLNE AKMWYVQALT LLGDEPYFSL DND WSEPRL EEAASQTMRH HYQHKMLQLR QRAALPTKRT ANSLTALFLP QINKKLQGYW QTLTQRLYNL RHNLTIDGQP LSLS LYATP ADPSMLLSAA ITASQGGGDL PHAVMPMYRF PVILENAKWG VSQLIQFGNT LLSITERQDA EALAEILQTQ GSELA LQSI KMQDKVMAEI DADKLALQES RHGAQSRFDS FNTLYDEDVN AGEKQAMDLY LSSSVLSTSG TALHMAAAAA DLVPNI YGF AVGGSRFGAL FNASAIGIEI SASATRIAAD KISQSEIYRR RRQEWEIQRN NAEAEIKQID AQLATLAVRR EAAVLQK NY LETQQAQTQA QLAFLQSKFS NAALYNWLRG RLSAIYYQFY DLAVSLCLMA EQTYQYELNN AAAHFIKPGA WHGTYAGL L AGETLMLNLA QMEKSYLEKD ERALEVTRTV SLAEVYAGLT ENSFILKDKV TELVNAGEGS AGTTLNGLNV EGTQLQASL KLSDLNIATD YPDGLGNTRR IKQISVTLPA LLGPYQDVRA ILSYGGSTMM PRGCKAIAIS HGMNDSGQFQ MDFNDAKYLP FEGLPVADT GTLTLSFPGI SGKQKSLLLS LSDIILHIRY TIRS

UniProtKB: A component of insecticidal toxin complex (Tc)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細0.10 mg/ml XptA1 were pre-applied on the grid for 30s. Subsequently, the grid was manually blotted and 0.30 mg/ml porcine mucosa heparin was applied and incubated for 4 min.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 1855 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 346048
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 172596
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6rw8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 65.8
得られたモデル

PDB-6yey:
Xenorhabdus nematophila XptA1 in complex with porcine mucosa heparin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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