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- EMDB-10461: Photosystem I tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10461
タイトルPhotosystem I tetramer
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 10種
キーワードphotosynthesis / tetramer / anabaena / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI ...Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen M / Perez-Boerema A
資金援助 スウェーデン, 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21506113 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470229 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Distinct structural modulation of photosystem I and lipid environment stabilizes its tetrameric assembly.
著者: Ming Chen / Annemarie Perez-Boerema / Laixing Zhang / Yanxue Li / Maojun Yang / Shizhong Li / Alexey Amunts /
要旨: Photosystem I (PSI) is able to form different oligomeric states across various species. To reveal the structural basis for PSI dimerization and tetramerization, we structurally investigated PSI from ...Photosystem I (PSI) is able to form different oligomeric states across various species. To reveal the structural basis for PSI dimerization and tetramerization, we structurally investigated PSI from the cyanobacterium Anabaena. This revealed a disrupted trimerization domain due to lack of the terminal residues of PsaL in the lumen, which resulted in PSI dimers with loose connections between monomers and weaker energy-coupled chlorophylls than in the trimer. At the dimer surface, specific phospholipids, cofactors and interactions in combination facilitated recruitment of another dimer to form a tetramer. Taken together, the relaxed luminal connections and lipid specificity at the dimer interface account for membrane curvature. PSI tetramer assembly appears to increase the surface area of the thylakoid membrane, which would contribute to PSI crowding.
履歴
登録2019年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.434
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6tcl
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.434 / ムービー #1: 0.434
最小 - 最大-1.1677458 - 4.3900123
平均 (標準偏差)0.014446365 (±0.10832126)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 392.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.200392.200392.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-1.1684.3900.014

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10461_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10461_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10461_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Photosystem I

全体名称: Photosystem I
要素
  • 複合体: Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I 4.8 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: Digitonin
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
超分子 #1: Photosystem I

超分子名称: Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 81.932125 KDa
配列文字列: KARVIVDKDP VPTSFEKWAQ PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHALAHDFDT HTSDLEDISR KIFAAHFGHL AVVTIWLSGM IFHGAKFSN YEAWLSDPLN VRPSAQVVWP IVGQDILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQVWRG WGITNSFQLY CTAIGGLVLA G LFLFAGWF ...文字列:
KARVIVDKDP VPTSFEKWAQ PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHALAHDFDT HTSDLEDISR KIFAAHFGHL AVVTIWLSGM IFHGAKFSN YEAWLSDPLN VRPSAQVVWP IVGQDILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQVWRG WGITNSFQLY CTAIGGLVLA G LFLFAGWF HYHKRAPKLE WFQNVESMLN HHLQVLLGCG SLGWAGHLIH VSAPINKLMD AGVAVKDIPL PHEFILNKSL LI DLFPGFA AGLTPFFTLN WGQYADFLTF KGGLNPVTGG LWMTDIAHHH LAIAVVFIIA GHQYRTNWGI GHSIKEILEN HKG PFTGEG HKGLYENLTT SWHAQLATNL AFLGSLTIII AHHMYAMPPY PYLATDYATQ LCIFTHHIWI GGFLIVGGAA HAAI FMVRD YDPVVNQNNV LDRVIRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMRALG RPQDMFSDTA IQLQPVFAQW VQNLH TLAP GGTAPNALEP VSYAFGGGVL AVGGKVAMMP IALGTADFLI HHIHAFTIHV TVLILLKGVL FARSSRLIPD KANLGF RFP CDGPGRGGTC QVSGWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVDA AGNVSHITGG NFAQSAITIN GWLRDFL WA QASQVINSYG SALSAYGLMF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSITQ GRAVGVAH Y LLGGIATTWA FFHAHILSV

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 83.254734 KDa
配列文字列: TKFPKFSQDL AQDPTTRRIW YAMAMGNDFE SHDGMTEENL YQKIFATHFG HLAIIFLWAS SLLFHVAWQG NFEQWIKDPL HVRPIAHAI WDPHFGKPAI EAFTQAGANG PVNIAYSGVY HWWYTIGMRT NTELYTGSVF LLLFASLFLF AGWLHLQPKF R PSLAWFKS ...文字列:
TKFPKFSQDL AQDPTTRRIW YAMAMGNDFE SHDGMTEENL YQKIFATHFG HLAIIFLWAS SLLFHVAWQG NFEQWIKDPL HVRPIAHAI WDPHFGKPAI EAFTQAGANG PVNIAYSGVY HWWYTIGMRT NTELYTGSVF LLLFASLFLF AGWLHLQPKF R PSLAWFKS AESRLNHHLA GLFGVSSLAW AGHLIHVAIP ESRGQHVGWD NFLSTAPHPA GLQPFFTGNW GVYAQNPDTA GH IFSTSQG AGTAILTFLG GFHPQTESLW LTDMAHHHLA IAVLFIVAGH MYRTNFGIGH SIKEMMNAKT FFGKPVEGPF NMP HQGIYD TYNNSLHFQL GWHLACLGVV TSWVAQHMYS LPSYAFIAKD YTTQAALYTH HQYIAIFLMV GAFAHGAIFL VRDY DPEQN KGNVLERVLQ HKEAIISHLS WVSLFLGFHT LGLYVHNDVV VAFGTPEKQI LIEPVFAQFI QAAHGKVLYG LDTLL SNPD SVAYTAYPNY ANVWLPGWLD AINSGTNSLF LTIGPGDFLV HHAIALGLHT TTLILVKGAL DARGSKLMPD KKDFGY AFP CDGPGRGGTC DISAWDSFYL SLFWALNTVG WVTFYWHWKH LGIWQGNVAQ FNENSTYLMG WFRDYLWANS AQLINGY NP YGVNNLSVWA WMFLFGHLVW ATGFMFLISW RGYWQELIET LVWAHERTPI ANLVRWKDKP VALSIVQARV VGLAHFTV G YVLTYAAFLI ASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 8.69401 KDa
配列文字列:
SHTVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMVPW DGCKAAQVAS SPRTEDCVGC KRCETACPTD FLSIRVYLGA ETTRSMGLAY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 14.67267 KDa
配列文字列:
LSGKTPLFAG STGGLLTKAV EEEKYAITWT SPKAQVFELP TGGAATMHEG ENLLYIARKE YGIALGGQLR KFKITNYKIY RILPSGETT FIHPADGVFP EKVNAGREKV RFNARSIGEN PNPSQVKFSG KATYD

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 6.809673 KDa
配列文字列:
VQRGSKVRIL RPESYWFQDV GTVASVDQSG IKYPVIVRFD KVNYAGINTN NFAVDELIEV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 15.030004 KDa
配列文字列:
GADLTPCAEN PAFQALAKNA RNTTADPQSG QKRFERYSQA LCGPEGYPHL IVDGRLDRAG DFLIPSILFL YIAGWIGWVG RAYLQAIKK DSDTEQKEIQ LDLGIALPII ATGFAWPAAA VKELLSGELT AKDSEITVSP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 3.550169 KDa
配列文字列:
ASFLSSIFVP VIGWVVPIAT FSFLFLYIER E

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 5.368227 KDa
配列文字列:
ADKADQSSYL IKFISTAPVA ATIWLTITAG ILIEFNRFFP DLLFHPLP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 7.580861 KDa
配列文字列:
AATTPLEWSP TVGIIMVIAN VIAITFGRQT IKYPSAEPAL PSAKFFGGFG APALLATTAF GHILGVGLVL GLHN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 17.545008 KDa
配列文字列:
AQAVDASKNL PSDPRNREVV FPAGRDPQWG NLETPVNASP LVKWFINNLP AYRPGLTPFR RGLEVGMAHG YFLFGPFAKL GPLRDAANA NLAGLLGAIG LVVLFTLALS LYANSNPPTA LASVTVPNPP DAFQSKEGWN NFASAFLIGG IGGAVVAYFL T SNLALI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 3.407008 KDa
配列文字列:
SSISDTQVYI ALVVALIPGL LAWRLATELY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: Photosystem I 4.8 kDa protein

分子名称: Photosystem I 4.8 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 4.342132 KDa
配列文字列:
KISPVANTGA KPPYTFRTGW ALLLLAVNFL VAAYYFHII

UniProtKB: Photosystem I 4.8 kDa protein

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 14.84581 KDa
配列文字列:
GADLTPCAEN PAFQALAKNA RNTTADPQSG QKRFERYSQA LCGPEGYPHL IVDGRLDRAG DFLIPSILFL YIAGWIGWVG RAYLQAIKK DSDTEQKEIQ LDLGIALPII ATGFAWPAAA VKELLSGELT AKDSEITV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 3.764388 KDa
配列文字列:
ASFLSSIFVP VIGWVVPIAT FSFLFLYIER EDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 7.509784 KDa
配列文字列:
ATTPLEWSPT VGIIMVIANV IAITFGRQTI KYPSAEPALP SAKFFGGFGA PALLATTAFG HILGVGLVLG LHN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 17.673137 KDa
配列文字列:
AQAVDASKNL PSDPRNREVV FPAGRDPQWG NLETPVNASP LVKWFINNLP AYRPGLTPFR RGLEVGMAHG YFLFGPFAKL GPLRDAANA NLAGLLGAIG LVVLFTLALS LYANSNPPTA LASVTVPNPP DAFQSKEGWN NFASAFLIGG IGGAVVAYFL T SNLALIQ

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 7.106979 KDa
配列文字列:
VQRGSKVRIL RPESYWFQDV GTVASVDQSG IKYPVIVRFD KVNYAGINTN NFAVDELIEV EAP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #18: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 16.290655 KDa
配列文字列:
NREVVFPAGR DPQWGNLETP VNASPLVKWF INNLPAYRPG LTPFRRGLEV GMAHGYFLFG PFAKLGPLRD AANANLAGLL GAIGLVVLF TLALSLYANS NPPTALASVT VPNPPDAFQS KEGWNNFASA FLIGGIGGAV VAYFLTSNLA LIQGL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 378 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #21: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 8 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 24 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #23: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 94 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #24: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 22 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

+
分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 30 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #26: beta,beta-caroten-4-one

分子名称: beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: ECH
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン

+
分子 #27: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 12 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 428587
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69247
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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