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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1022 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional reconstructions from cryoelectron microscopy images reveal an intimate complex between helicase DnaB and its loading partner DnaC. | |||||||||
マップデータ | DnaB | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | : / DNA helicase activity 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.5 Å | |||||||||
データ登録者 | San Martin C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Three-dimensional reconstructions from cryoelectron microscopy images reveal an intimate complex between helicase DnaB and its loading partner DnaC. 著者: C San Martin / M Radermacher / B Wolpensinger / A Engel / C S Miles / N E Dixon / J M Carazo / 要旨: BACKGROUND: DNA helicases play a fundamental role in all aspects of nucleic acid metabolism and defects in these enzymes have been implicated in a number of inherited human disorders. DnaB is the ...BACKGROUND: DNA helicases play a fundamental role in all aspects of nucleic acid metabolism and defects in these enzymes have been implicated in a number of inherited human disorders. DnaB is the major replicative DNA helicase in Escherichia coli and has been used as a model system for studying the structure and function of hexameric helicases. The native protein is a hexamer of identical subunits, which in solution forms a complex with six molecules of the loading protein DnaC. DnaB is delivered from this complex onto the DNA template, with the subsequent release of DnaC. We report here the structures of the DnaB helicase hexamer and its complex with DnaC under a defined set of experimental conditions, as determined by three-dimensional cryoelectron microscopy. It was hoped that the structures would provide insight into the mechanisms of helicase activity. RESULTS: The DnaB structure reveals that six DnaB monomers assemble as three asymmetric dimers to form a polar, ring-like hexamer. The hexamer has two faces, one displaying threefold and the other ...RESULTS: The DnaB structure reveals that six DnaB monomers assemble as three asymmetric dimers to form a polar, ring-like hexamer. The hexamer has two faces, one displaying threefold and the other sixfold symmetry. The six DnaC protomers bind tightly to the sixfold face of the DnaB hexamer. This is the first report of a three-dimensional structure of a helicase obtained using cryoelectron microscopy, and the first report of the structure of a helicase in complex with a loading protein. CONCLUSIONS: The structures of the DnaB helicase and its complex with DnaC reveal some interesting structural features relevant to helicase function and to the assembly of the two-protein complex. ...CONCLUSIONS: The structures of the DnaB helicase and its complex with DnaC reveal some interesting structural features relevant to helicase function and to the assembly of the two-protein complex. The results presented here provide a basis for a more complete understanding of the structure and function of these important proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1022.map.gz | 451.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1022-v30.xml emd-1022.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1022.gif | 12.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1022 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1022 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1022_validation.pdf.gz | 211.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1022_full_validation.pdf.gz | 210.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1022_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1022 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1022 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 478.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | DnaB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DnaB from E.coli
全体 | 名称: DnaB from E.coli |
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要素 |
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-超分子 #1000: DnaB from E.coli
超分子 | 名称: DnaB from E.coli / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: DnaB helicase
分子 | 名称: DnaB helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DnaB / コピー数: 6 / 集合状態: homohexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: AN1459/pPS560 / 別称: E. coli |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
組換発現 | 生物種: AN1459/pPS560 / 組換プラスミド: pPS560 |
配列 | GO: DNA helicase activity / InterPro: INTERPRO: IPR001198 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | .04 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 50 mM Tris.HCl pH 7.6 2 mM DTT 5 mM MgCl2 200 mM NaCl 0.25 mM ADP |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: double side blotting device 手法: samples were adsorbed onto carbon-coated molybdenum holey grids after 30s glow discharge, and vitrified by quick plunging in liquid ethane in a double-side blotting device |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS EM420 |
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温度 | 平均: 98 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: EIKONIX IEEE 488 / 実像数: 27 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 45 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp, SPIDER / 使用した粒子像数: 1369 |
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