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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10143 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 33mer structure of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF | ||||||||||||||||||
マップデータ | Main C3 map | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Flagella / Secretion / Rotor / MS-ring / C-ring / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, MS ring / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Johnson S / Fong YH | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Symmetry mismatch in the MS-ring of the bacterial flagellar rotor explains the structural coordination of secretion and rotation. 著者: Steven Johnson / Yu Hang Fong / Justin C Deme / Emily J Furlong / Lucas Kuhlen / Susan M Lea / 要旨: The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical ...The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical propeller that is attached to a motor embedded in the inner membrane. The motor consists of a series of stator units surrounding a central rotor made up of two ring complexes, the MS-ring and the C-ring. Despite many studies, high-resolution structural information is still lacking for the MS-ring of the rotor, and proposed mismatches in stoichiometry between the two rings have long provided a source of confusion for the field. Here, we present structures of the Salmonella MS-ring, revealing a high level of variation in inter- and intrachain symmetry that provides a structural explanation for the ability of the MS-ring to function as a complex and elegant interface between the two main functions of the flagellum-protein secretion and rotation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10143.map.gz | 242.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10143-v30.xml emd-10143.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10143_fsc.xml | 15.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10143.png | 100.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10143.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_10143_additional.map.gz emd_10143_half_map_1.map.gz emd_10143_half_map_2.map.gz | 176.9 MB 245.6 MB 245.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10143 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10143 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10143_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10143_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10143_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10143_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10143 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10143 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main C3 map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Relion LocalRes map
ファイル | emd_10143_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion LocalRes map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_10143_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_10143_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homomeric 33mer of Salmonella enterica serovar Typhimurium FliF
全体 | 名称: Homomeric 33mer of Salmonella enterica serovar Typhimurium FliF |
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要素 |
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-超分子 #1: Homomeric 33mer of Salmonella enterica serovar Typhimurium FliF
超分子 | 名称: Homomeric 33mer of Salmonella enterica serovar Typhimurium FliF タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 2.02 MDa |
-分子 #1: Flagellar M-ring protein
分子 | 名称: Flagellar M-ring protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 33 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 61.295645 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSATASTATQ PKPLEWLNRL RANPRIPLIV AGSAAVAIVV AMVLWAKTPD YRTLFSNLSD QDGGAIVAQL TQMNIPYRFA NGSGAIEVP ADKVHELRLR LAQQGLPKGG AVGFELLDQE KFGISQFSEQ VNYQRALEGE LARTIETLGP VKSARVHLAM P KPSLFVRE ...文字列: MSATASTATQ PKPLEWLNRL RANPRIPLIV AGSAAVAIVV AMVLWAKTPD YRTLFSNLSD QDGGAIVAQL TQMNIPYRFA NGSGAIEVP ADKVHELRLR LAQQGLPKGG AVGFELLDQE KFGISQFSEQ VNYQRALEGE LARTIETLGP VKSARVHLAM P KPSLFVRE QKSPSASVTV TLEPGRALDE GQISAVVHLV SSAVAGLPPG NVTLVDQSGH LLTQSNTSGR DLNDAQLKFA ND VESRIQR RIEAILSPIV GNGNVHAQVT AQLDFANKEQ TEEHYSPNGD ASKATLRSRQ LNISEQVGAG YPGGVPGALS NQP APPNEA PIATPPTNQQ NAQNTPQTST STNSNSAGPR STQRNETSNY EVDRTIRHTK MNVGDIERLS VAVVVNYKTL ADGK PLPLT ADQMKQIEDL TREAMGFSDK RGDTLNVVNS PFSAVDNTGG ELPFWQQQSF IDQLLAAGRW LLVLVVAWIL WRKAV RPQL TRRVEEAKAA QEQAQVRQET EEAVEVRLSK DEQLQQRRAN QRLGAEVMSQ RIREMSDNDP RVVALVIRQW MSNDHE UniProtKB: Flagellar M-ring protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6scn: |