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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10135 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of murine perforin-2 ectodomain in a pore form | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane ...dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
![]() | Ni T / Yu X / Gilbert RJC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of bactericidal mammalian perforin-2, an ancient agent of innate immunity. 著者: Tao Ni / Fang Jiao / Xiulian Yu / Saša Aden / Lucy Ginger / Sophie I Williams / Fangfang Bai / Vojtěch Pražák / Dimple Karia / Phillip Stansfeld / Peijun Zhang / George Munson / Gregor ...著者: Tao Ni / Fang Jiao / Xiulian Yu / Saša Aden / Lucy Ginger / Sophie I Williams / Fangfang Bai / Vojtěch Pražák / Dimple Karia / Phillip Stansfeld / Peijun Zhang / George Munson / Gregor Anderluh / Simon Scheuring / Robert J C Gilbert / ![]() ![]() ![]() 要旨: Perforin-2 (MPEG1) is thought to enable the killing of invading microbes engulfed by macrophages and other phagocytes, forming pores in their membranes. Loss of perforin-2 renders individual ...Perforin-2 (MPEG1) is thought to enable the killing of invading microbes engulfed by macrophages and other phagocytes, forming pores in their membranes. Loss of perforin-2 renders individual phagocytes and whole organisms significantly more susceptible to bacterial pathogens. Here, we reveal the mechanism of perforin-2 activation and activity using atomic structures of pre-pore and pore assemblies, high-speed atomic force microscopy, and functional assays. Perforin-2 forms a pre-pore assembly in which its pore-forming domain points in the opposite direction to its membrane-targeting domain. Acidification then triggers pore formation, via a 180° conformational change. This novel and unexpected mechanism prevents premature bactericidal attack and may have played a key role in the evolution of all perforin family proteins. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 18.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 134.5 MB 134.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 372.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10135_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10135_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Murine perforin-2 ecto domain
全体 | 名称: Murine perforin-2 ecto domain |
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要素 |
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-超分子 #1: Murine perforin-2 ecto domain
超分子 | 名称: Murine perforin-2 ecto domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Macrophage-expressed gene 1 protein
分子 | 名称: Macrophage-expressed gene 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 71.129531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ETGDKPLGET GTTGFQICKN ALKLPVLEVL PGGGWDNLRN VDMGRVMDLT YTNCKTTEDG QYIIPDEVYT IPQKESNLEM NSEVLESWM NYQSTTSLSI NTELALFSRV NGKFSTEFQR MKTLQVKDQA VTTRVQVRNR IYTVKTTPTS ELSLGFTKAL M DICDQLEK ...文字列: ETGDKPLGET GTTGFQICKN ALKLPVLEVL PGGGWDNLRN VDMGRVMDLT YTNCKTTEDG QYIIPDEVYT IPQKESNLEM NSEVLESWM NYQSTTSLSI NTELALFSRV NGKFSTEFQR MKTLQVKDQA VTTRVQVRNR IYTVKTTPTS ELSLGFTKAL M DICDQLEK NQTKMATYLA ELLILNYGTH VITSVDAGAA LVQEDHVRSS FLLDNQNSQN TVTASAGIAF LNIVNFKVET DY ISQTSLT KDYLSNRTNS RVQSFGGVPF YPGITLETWQ KGITNHLVAI DRAGLPLHFF IKPDKLPGLP GPLVKKLSKT VET AVRHYY TFNTHPGCTN VDSPNFNFQA NMDDDSCDAK VTNFTFGGVY QECTELSGDV LCQNLEQKNL LTGDFSCPPG YSPV HLLSQ THEEGYSRLE CKKKCTLKIF CKTVCEDVFR VAKAEFRAYW CVAAGQVPDN SGLLFGGVFT DKTINPMTNA QSCPA GYIP LNLFESLKVC VSLDYELGFK FSVPFGGFFS CIMGNPLVNS DTAKDVRAPS LKKCPGGFSQ HLAVISDGCQ VSYCVK AGI FTGGSLLPVR LPPYTKPPLM SQVATNTVIV TNSETARSWI KDPQTNQWKL GEPLELRRAM TVIHGDSNGM SGGGTET SQ VAPA |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |