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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10073 | |||||||||
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タイトル | Ribosome nascent chain in complex with SecA | |||||||||
マップデータ | Ribosome nascent chain in complex with SecA | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome nascent chain in complex with SecA / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / protein targeting / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Jomaa A / Wang S | |||||||||
資金援助 | スイス, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: The molecular mechanism of cotranslational membrane protein recognition and targeting by SecA. 著者: Shuai Wang / Ahmad Jomaa / Mateusz Jaskolowski / Chien-I Yang / Nenad Ban / Shu-Ou Shan / 要旨: Cotranslational protein targeting is a conserved process for membrane protein biogenesis. In Escherichia coli, the essential ATPase SecA was found to cotranslationally target a subset of nascent ...Cotranslational protein targeting is a conserved process for membrane protein biogenesis. In Escherichia coli, the essential ATPase SecA was found to cotranslationally target a subset of nascent membrane proteins to the SecYEG translocase at the plasma membrane. The molecular mechanism of this pathway remains unclear. Here we use biochemical and cryoelectron microscopy analyses to show that the amino-terminal amphipathic helix of SecA and the ribosomal protein uL23 form a composite binding site for the transmembrane domain (TMD) on the nascent protein. This binding mode further enables recognition of charged residues flanking the nascent TMD and thus explains the specificity of SecA recognition. Finally, we show that membrane-embedded SecYEG promotes handover of the translating ribosome from SecA to the translocase via a concerted mechanism. Our work provides a molecular description of the SecA-mediated cotranslational targeting pathway and demonstrates an unprecedented role of the ribosome in shielding nascent TMDs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10073.map.gz | 116 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10073-v30.xml emd-10073.xml | 53.3 KB 53.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10073.png | 70 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10073.cif.gz | 11.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10073 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10073_validation.pdf.gz | 823.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10073_full_validation.pdf.gz | 822.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10073_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10073_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10073 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ribosome nascent chain in complex with SecA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : ribosome nascent chain in complex with SecA
+超分子 #1: ribosome nascent chain in complex with SecA
+超分子 #2: ribosome
+超分子 #3: SecA
+超分子 #4: nascent chain
+分子 #1: tRNA-CCA
+分子 #2: 23S ribosomal RNA
+分子 #3: 5S ribosomal RNA
+分子 #4: 50S ribosomal protein L2
+分子 #5: 50S ribosomal protein L3
+分子 #6: 50S ribosomal protein L4
+分子 #7: 50S ribosomal protein L5
+分子 #8: 50S ribosomal protein L6
+分子 #9: 50S ribosomal protein L9
+分子 #10: 50S ribosomal protein L10
+分子 #11: 50S ribosomal protein L11
+分子 #12: 50S ribosomal protein L13
+分子 #13: 50S ribosomal protein L14
+分子 #14: 50S ribosomal protein L15
+分子 #15: 50S ribosomal protein L16
+分子 #16: 50S ribosomal protein L17
+分子 #17: 50S ribosomal protein L18
+分子 #18: 50S ribosomal protein L19
+分子 #19: 50S ribosomal protein L20
+分子 #20: 50S ribosomal protein L21
+分子 #21: 50S ribosomal protein L22
+分子 #22: 50S ribosomal protein L23
+分子 #23: 50S ribosomal protein L24
+分子 #24: 50S ribosomal protein L25
+分子 #25: 50S ribosomal protein L27
+分子 #26: 50S ribosomal protein L28
+分子 #27: 50S ribosomal protein L29
+分子 #28: 50S ribosomal protein L30
+分子 #29: 50S ribosomal protein L32
+分子 #30: 50S ribosomal protein L33
+分子 #31: 50S ribosomal protein L34
+分子 #32: 50S ribosomal protein L35
+分子 #33: 50S ribosomal protein L36
+分子 #34: Protein translocase subunit SecA
+分子 #35: Cytoskeleton protein RodZ
+分子 #36: MAGNESIUM ION
+分子 #37: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | prepared using in-vitro translation system |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: 70S ribosome |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 37334 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |