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- EMDB-10040: Inner membrane ring and secretin N0 N1 domains of the Shigella ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10040
タイトルInner membrane ring and secretin N0 N1 domains of the Shigella type 3 secretion system
マップデータMasked C8 map of IM ring and connector, post-processed filtered at 3.86 A and sharpened (b=-120)
試料
  • 複合体: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the inner membrane ring of the Shigella type 3 secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein MxiD
    • タンパク質・ペプチド: Protein MxiG
キーワードtype 3 secretion system / shigella / secretin / beta-sheet augmentation / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / : / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain ...Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / : / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein MxiG / Type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Lunelli M / Kamprad A
資金援助2件
OrganizationGrant number国
European Research Council311371
European Union653706
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the Shigella type III needle complex.
著者: Michele Lunelli / Antje Kamprad / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / Michael Kolbe /
要旨: The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram- ...The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. This system is composed of a membrane-embedded basal body and an extracellular needle that deliver effector proteins into host cells. High-resolution structures of the T3SS from different organisms and infection stages are needed to understand the underlying molecular mechanisms of effector translocation. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the isolated Shigella T3SS needle complex. The inner membrane (IM) region of the basal body adopts 24-fold rotational symmetry and forms a channel system that connects the bacterial periplasm with the export apparatus cage. The secretin oligomer adopts a heterogeneous architecture with 16- and 15-fold cyclic symmetry in the periplasmic N-terminal connector and C-terminal outer membrane ring, respectively. Two out of three IM subunits bind the secretin connector via a β-sheet augmentation. The cryo-EM map also reveals the helical architecture of the export apparatus core, the inner rod, the needle and their intervening interfaces.
履歴
登録2019年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rwk
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rwk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10040.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked C8 map of IM ring and connector, post-processed filtered at 3.86 A and sharpened (b=-120)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38369 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.24032187 - 0.47087005
平均 (標準偏差)0.0005601756 (±0.009396414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 664.1712 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.38368958333331.38368958333331.3836895833333
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z664.171664.171664.171
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.2400.4710.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10040_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Masked C8 map of IM ring and connector,...

ファイルemd_10040_additional.map
注釈Masked C8 map of IM ring and connector, post-processed filtered at 3.5 A and sharpened (b=-120), used for model building and refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half map of C8 reconstruction of IM ring and connector.

ファイルemd_10040_half_map_1.map
注釈Unfiltered half map of C8 reconstruction of IM ring and connector.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half map of C8 reconstruction of IM ring and connector.

ファイルemd_10040_half_map_2.map
注釈Unfiltered half map of C8 reconstruction of IM ring and connector.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the in...

全体名称: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the inner membrane ring of the Shigella type 3 secretion system
要素
  • 複合体: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the inner membrane ring of the Shigella type 3 secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein MxiD
    • タンパク質・ペプチド: Protein MxiG

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超分子 #1: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the in...

超分子名称: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the inner membrane ring of the Shigella type 3 secretion system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Focused reconstruction from isolated needle complex of the Shigella type 3 secretion system
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: M90T / 細胞中の位置: Membrane

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分子 #1: Outer membrane protein MxiD

分子名称: Outer membrane protein MxiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: MxiD N0 and N1 N-terminal domains in complex with MxiG C-terminal domain
コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 63.230414 KDa
配列文字列: MKKFNIKSLT LLIVLLPLIV NANNIDSHLL EQNDIAKYVA QSDTVGSFFE RFSALLNYPI VVSKQAAKKR ISGEFDLSNP EEMLEKLTL LVGLIWYKDG NALYIYDSGE LISKVILLEN ISLNYLIQYL KDANLYDHRY PIRGNISDKT FYISGPPALV E LVANTATL ...文字列:
MKKFNIKSLT LLIVLLPLIV NANNIDSHLL EQNDIAKYVA QSDTVGSFFE RFSALLNYPI VVSKQAAKKR ISGEFDLSNP EEMLEKLTL LVGLIWYKDG NALYIYDSGE LISKVILLEN ISLNYLIQYL KDANLYDHRY PIRGNISDKT FYISGPPALV E LVANTATL LDKQVSSIGT DKVNFGVIKL KNTFVSDRTY NMRGEDIVIP GVATVVERLL NNGKALSNRQ AQNDPMPPFN IT QKVSEDS NDFSFSSVTN SSILEDVSLI AYPETNSILV KGNDQQIQII RDIITQLDVA KRHIELSLWI IDIDKSELNN LGV NWQGTA SFGDSFGASF NMSSSASIST LDGNKFIASV MALNQKKKAN VVSRPVILTQ ENIPAIFDNN RTFYVSLVGE RNSS LEHVT YGTLINVIPR FSSRGQIEMS LTIEDGTGNS QSNYNYNNEN TSVLPEVGRT KISTIARVPQ GKSLLIGGYT HETNS NEII SIPFLSSIPV IGNVFKYKTS NISNIVRVFL IQPREIKESS YYNTAEYKSL ISEREIQKTT QIIPSETTLL EDEKSL VSY LNY

UniProtKB: Type 3 secretion system secretin

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分子 #2: Protein MxiG

分子名称: Protein MxiG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: MxiG C-terminal domain in complex with secretin MxiD
コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 43.053844 KDa
配列文字列: MSEAKNSNLA PFRLLVKLTN GVGDEFPLYY GNNLIVLGRT IETLEFGNDN FPENIIPVTD SKSDGIIYLT ISKDNICQFS DEKGEQIDI NSQFNSFEYD GISFHLKNMR EDKSRGHILN GMYKNHSVFF FFAVIVVLII IFSLSLKKDE VKEIAEIIDD K RYGIVNTG ...文字列:
MSEAKNSNLA PFRLLVKLTN GVGDEFPLYY GNNLIVLGRT IETLEFGNDN FPENIIPVTD SKSDGIIYLT ISKDNICQFS DEKGEQIDI NSQFNSFEYD GISFHLKNMR EDKSRGHILN GMYKNHSVFF FFAVIVVLII IFSLSLKKDE VKEIAEIIDD K RYGIVNTG QCNYILAETQ NDAVWASVAL NKTGFTKCRY ILVSNKEINR IQQYINQRFP FINLYVLNLV SDKAELLVFL SK ERNSSKD TELDKLKNAL IVEFPYIKNI KFNYLSDHNA RGDAKGIFTK VNVQYKEICE NNKVTYSVRE ELTDEKLELI NRL ISEHKN IYGDQYIEFS VLLIDDDFKG KSYLNSKDSY VMLNDKHWFF LDKNK

UniProtKB: Protein MxiG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample applied on grid 5 ul, incubation time 5 min on ice, then moved into Vitrobot and 5 ul sample applied again. Blot time: 2 sec Blot force: -2 Drain time: 0 sec.
詳細Isolated needle complex in detergent solution

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.004 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 101179
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 171833
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Initial model generated with EMAN2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 72298
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3gr5


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Model was built and refined in the map low-pass filtered at 3.5 A
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 120
当てはまり具合の基準: Correlation coefficient and geometry
得られたモデル

PDB-6rwk:
MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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