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- EMDB-10035: Cryo-EM structure of Morganella morganii TcdA4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10035
タイトルCryo-EM structure of Morganella morganii TcdA4
マップデータCryo-EM density map of Morganella morganii TcdA4
試料
  • 複合体: M. morganii TcdA4 pentamer
    • タンパク質・ペプチド: Insecticidal toxin protein TcdA4
キーワードToxin / membrane permeation / translocation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Insecticidal toxin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Morganella morganii subsp. morganii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Roderer D / Leidreiter F
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Common architecture of Tc toxins from human and insect pathogenic bacteria.
著者: F Leidreiter / D Roderer / D Meusch / C Gatsogiannis / R Benz / S Raunser /
要旨: Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution ...Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution structures of TcAs from different bacteria suggest a considerable difference in their architecture and possibly in their mechanism of action. Here, we present high-resolution structures of five TcAs from insect and human pathogens, which show a similar overall composition and domain organization. Essential structural features, including a trefoil protein knot, are present in all TcAs, suggesting a common mechanism of action. All TcAs form functional pores and can be combined with TcB-TcC subunits from other species to form active chimeric holotoxins. We identified a conserved ionic pair that stabilizes the shell, likely operating as a strong latch that only springs open after destabilization of other regions. Our results provide new insights into the architecture and mechanism of the Tc toxin family.
履歴
登録2019年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rw9
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10035.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map of Morganella morganii TcdA4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 400 pix.
= 456. Å		1.14 Å/pix.
x 400 pix.
= 456. Å		1.14 Å/pix.
x 400 pix.
= 456. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032 / ムービー #1: 0.032
最小 - 最大-0.08405357 - 0.18358652
平均 (標準偏差)0.00052770635 (±0.0066100233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 456.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z456.000456.000456.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0840.1840.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M. morganii TcdA4 pentamer

全体名称: M. morganii TcdA4 pentamer
要素
  • 複合体: M. morganii TcdA4 pentamer
    • タンパク質・ペプチド: Insecticidal toxin protein TcdA4

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超分子 #1: M. morganii TcdA4 pentamer

超分子名称: M. morganii TcdA4 pentamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Morganella morganii subsp. morganii (バクテリア)
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: Insecticidal toxin protein TcdA4

分子名称: Insecticidal toxin protein TcdA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Morganella morganii subsp. morganii (バクテリア)
分子量理論値: 275.658312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDQITRILEK LNQQRSGETT VTLADFMPMS LAEIRSQNTG RLSREEAQLL HRAAQKEKQN NILYTARMLT RANPLLKKEM NTARYYGAT PYGYDDIIPP RAEKFVAPGA VSSMFSPAGY LTELYREARG LHPKDSDRNL DKRRQDLAKL VLSQDNLDNE I SALSLANE ...文字列:
MDQITRILEK LNQQRSGETT VTLADFMPMS LAEIRSQNTG RLSREEAQLL HRAAQKEKQN NILYTARMLT RANPLLKKEM NTARYYGAT PYGYDDIIPP RAEKFVAPGA VSSMFSPAGY LTELYREARG LHPKDSDRNL DKRRQDLAKL VLSQDNLDNE I SALSLANE QLETALMAQT GKTDKNKYYE TLATSRRSGV TPYNAPFEGI HNALAQRNFV LPDNILSNPA KFAILAAYDA GI SPKLYNI LTEDTESLTG SDLENSLKRN FPKVKIKDLM TLDALANYYE LPADDIQALI AAEITGRLPT PDVYNDDNKL VIP AINTGG KITFSELAKT QSDEKQADYI DLIPQGGNQF LVNFSVKKTK KDATHFSIGY NKSFNNLADK NGFVPLAGEH YSIP VTLDA KILEKKTKIG ITRKKPEPAS DENHYTSATF TIHPNAEPGI WLLRLNKTLR LAKVSGMTPH ETQHALIHVR NDSSE YELR RFTETLLYRK RYGIDTETAL MLCNAGISRI SYDGQLSHFD RLFNNPPLNG VTYTLGGDDI LMEPDAGDPR REVLKR AFR VDNTGLWQLL VITNRENKSK TIENKTEKLR GLLFVRLLAD VHNLTVAQLD ALLQISPYNS MNVYALDGKT RQKMLSF LS RITQWLNTQN ITVEQLMLLL DKISPAAPTK EMQVLLDLLR NGGIDKTNTK TLYTTMAPVI TAAMQLDITE SGEALLRW L DNNHPAGILT TSEARKLIIK KGQTAGDKEK LAAWCQALAQ RVLVIRTFTL SNAELQTLSQ GAPAGTITEL YNISDFHNL INRCGEQAGT VLDALQSGTL TVKILAQALN LSEEVITQAL TLAGQKPELT TWAQLAVLPP RLDLADTLHI TPKDITTLLT VSENVRPFY TDLSALAGLL QAGLNEQQTK QLQNQSEPRR NEALSGEYRS LVMNNPVADR DDIWRNLLVD GKVSAEITTT L LADAIAGI QLYINRTIAG DEPGADSDAL ERQFFKDWDA CNKRYSTWAG VSQLVYYPEN FVDPTLRTGQ TGMMNTMLEQ LS QSELNKD TLENGFRQYL TAFEQVADLK VVSGYHDTVN INQGNTWFIG TSQTEPKKYY WRKADHSKCQ NGRFAANAWS DWK EITCAV NPYGDMVRPV IFHSRLYLLW IEKQVQKDNT GKDTASFTLK LTHVKYDGSW ASPFSYDITE KNISGWKKTG LYCA ASQED NSLLIAWYQI EKETQPNSFG LHIQPDMSCK KEPNIAGILA TVTHQLDTET TVRVNTLLNR ISSFEFTLEK QEGNK EIDL VISHGDYTVK TENSISALIL NPTAYINITP YKLFSDIPDF YREKYITHLN SHSGTVYAPE SKKMEPANNA ISDKVN ACA VYTYNNKPPK KHISLSIGKN YPLITPLELV GRKLESFFIK HKETSALYYT YGDATDDRLT LEEDKYTIST GEKKLGT LS LGKMIAQVKT ISSDDISMEI ELNSTKFETI TGSDVGLRPP LYPTVSRETL AFPFGKLSIT IPAGADINNL DCTIKVRF K NTDVLAATTT YKLVIKKTDP VQKVISLYTT PDGAQYMEWD GYRTRLNTLF TRQLIERANN GIDAILSPET QYLPEPKPG QGTYVTLILK PYDKNTHGTN RAFTIYYSND ATGSGKFPVY SGSLSVTDNT EVKLFIPLIK PGKNAVSQSA GAQQDTLYLN ATYQKEATK QILLFRTDNN PEGWTLDKSV NNGTFAGLAE NGVTGLLQSG EPMDFSGANA LYFWELFYYT PMMVATRLLQ E QNFTEANR WLSYIWQPAA SGAGDWRVRP LKEDTSWNAD PLDSVDPDAV AQNDPMHYKV STLMKLLDLL IARGDKAYRM QE RDTLNEA KMWYMQALGL LGDKPVSIFS NGWENPSLSN AADKTQAKQF HDEISRIRSG GLLPDVRTAN TLTGLFRPQQ NEK LLGYWQ MLEMRLFNLR NNLSIDGQPL SLPVFAAPAD PAALLSAAAA ASGGSKPLPS ADIPAMRFPQ ALDSARSLTG QLMQ FGSTL LGLIERRDAE AMSELLQNQA GELMLSSLRM QEQALTELDA EKKILEQSRA GAQSRVDSYR ALYDENVSAE EKRTM DLYL SSAILSTSIG VLDMAAAAAD MAPNIFGVAV GGSRWGGIPK AIGAGMSLAA SATKITADNI SQSEAWRRRR QEWEIQ KNN AESEIRQIDA QLEALAVRRT ATEMQREHME IQQAQTQAQL EFLQRKFSNK ALYSWLRGRL ASIYYRFYDL TAARCMM AE KAYAWQTNDT ATRYIKSGAW QSNNAGLMAG ESLLLNLAEM EQAWLKRDSR SLEVTRTVSL AAVYRTDNVT LAEGIADL L KGNGSGNIPA STGLSMTADN QLHAAFNLKA LNIKDDYPEA LGTTRRIKQI SVTLPALVEP YQDMRAIFRY GGNSLPAGC KAIALSHGIN DDGLFRLDFN DGRWLPFEGI PVDDDNSLTL SFPDATGEKQ KPLLLSLTDI IIHIRYTIC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 247513
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1vw1
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6rw9:
Cryo-EM structure of Morganella morganii TcdA4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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