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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0912 | |||||||||
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タイトル | WT transporter state2 | |||||||||
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![]() | calcium / METAL TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() longitudinal sarcoplasmic reticulum / ER-nucleus signaling pathway / P-type calcium transporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / calcium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / positive regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / calcium ion-transporting ATPase complex / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / T-tubule organization ...longitudinal sarcoplasmic reticulum / ER-nucleus signaling pathway / P-type calcium transporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / calcium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / positive regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / calcium ion-transporting ATPase complex / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / T-tubule organization / ribbon synapse / platelet dense tubular network membrane / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / Pre-NOTCH Processing in Golgi / P-type Ca2+ transporter / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / negative regulation of heart contraction / transition between fast and slow fiber / P-type calcium transporter activity / regulation of the force of heart contraction / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / lncRNA binding / S100 protein binding / relaxation of cardiac muscle / Reduction of cytosolic Ca++ levels / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / positive regulation of heart rate / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Ion transport by P-type ATPases / autophagosome assembly / regulation of cardiac conduction / epidermis development / Ion homeostasis / monoatomic ion transmembrane transport / sarcoplasmic reticulum membrane / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of receptor binding / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / neuron cellular homeostasis / cellular response to oxidative stress / transmembrane transporter binding / cell adhesion / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Zhang Y / Tsutsumi A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of SERCA2b reveal the mechanism of regulation by the luminal extension tail. 著者: Yuxia Zhang / Michio Inoue / Akihisa Tsutsumi / Satoshi Watanabe / Tomohiro Nishizawa / Kazuhiro Nagata / Masahide Kikkawa / Kenji Inaba / ![]() 要旨: Sarco/endoplasmic reticulum Ca ATPase (SERCA) pumps Ca from the cytosol into the ER and maintains the cellular calcium homeostasis. Herein, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of ...Sarco/endoplasmic reticulum Ca ATPase (SERCA) pumps Ca from the cytosol into the ER and maintains the cellular calcium homeostasis. Herein, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human SERCA2b in E1∙2Ca-adenylyl methylenediphosphonate (AMPPCP) and E2-BeF states at 2.9- and 2.8-Å resolutions, respectively. The structures revealed that the luminal extension tail (LE) characteristic of SERCA2b runs parallel to the lipid-water boundary near the luminal ends of transmembrane (TM) helices TM10 and TM7 and approaches the luminal loop flanked by TM7 and TM8. While the LE served to stabilize the cytosolic and TM domain arrangement of SERCA2b, deletion of the LE rendered the overall conformation resemble that of SERCA1a and SERCA2a and allowed multiple conformations. Thus, the LE appears to play a critical role in conformational regulation in SERCA2b, which likely explains the different kinetic properties of SERCA2b from those of other isoforms lacking the LE. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 18.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 13.8 MB 13.8 MB 13.8 MB 13.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 725.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6lleMC ![]() 0915C ![]() 0924C ![]() 0925C ![]() 0926C ![]() 0927C ![]() 0928C ![]() 6llyC ![]() 6ln5C ![]() 6ln6C ![]() 6ln7C ![]() 6ln8C ![]() 6ln9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.245 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: non-sharpened map
ファイル | emd_0912_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | non-sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: non-sharpened map
ファイル | emd_0912_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | non-sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered half1 map
ファイル | emd_0912_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered half2 map
ファイル | emd_0912_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SERCA2b with ACP
全体 | 名称: SERCA2b with ACP |
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要素 |
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-超分子 #1: SERCA2b with ACP
超分子 | 名称: SERCA2b with ACP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 110 kDa/nm |
-分子 #1: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
分子 | 名称: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Ca2+ transporter |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 117.764875 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGGVAMPGAE DDVVRENLYF QGKDGLAAME NAHTKTVEEV LGHFGVNEST GLSLEQVKKL KERWGSNELP AEEGKTLLEL VIEQFEDLL VRILLLAACI SFVLAWFEEG EETITAFVEP FVILLILVAN AIVGVWQERN AENAIEALKE YEPEMGKVYR Q DRKSVQRI ...文字列: MGGVAMPGAE DDVVRENLYF QGKDGLAAME NAHTKTVEEV LGHFGVNEST GLSLEQVKKL KERWGSNELP AEEGKTLLEL VIEQFEDLL VRILLLAACI SFVLAWFEEG EETITAFVEP FVILLILVAN AIVGVWQERN AENAIEALKE YEPEMGKVYR Q DRKSVQRI KAKDIVPGDI VEIAVGDKVP ADIRLTSIKS TTLRVDQSIL TGESVSVIKH TDPVPDPRAV NQDKKNMLFS GT NIAAGKA MGVVVATGVN TEIGKIRDEM VATEQERTPL QQKLDEFGEQ LSKVISLICI AVWIINIGHF NDPVHGGSWI RGA IYYFKI AVALAVAAIP EGLPAVITTC LALGTRRMAK KNAIVRSLPS VETLGCTSVI CSDKTGTLTT NQMSVCRMFI LDRV EGDTC SLNEFTITGS TYAPIGEVHK DDKPVNCHQY DGLVELATIC ALCNDSALDY NEAKGVYEKV GEATETALTC LVEKM NVFD TELKGLSKIE RANACNSVIK QLMKKEFTLE FSRDRKSMSV YCTPNKPSRT SMSKMFVKGA PEGVIDRCTH IRVGST KVP MTSGVKQKIM SVIREWGSGS DTLRCLALAT HDNPLRREEM HLEDSANFIK YETNLTFVGC VGMLDPPRIE VASSVKL CR QAGIRVIMIT GDNKGTAVAI CRRIGIFGQD EDVTSKAFTG REFDELNPSA QRDACLNARC FARVEPSHKS KIVEFLQS F DEITAMTGDG VNDAPALKKA EIGIAMGSGT AVAKTASEMV LADDNFSTIV AAVEEGRAIY NNMKQFIRYL ISSNVGEVV CIFLTAALGF PEALIPVQLL WVNLVTDGLP ATALGFNPPD LDIMNKPPRN PKEPLISGWL FFRYLAIGCY VGAATVGAAA WWFIAADGG PRVSFYQLSH FLQCKEDNPD FEGVDCAIFE SPYPMTMALS VLVTIEMCNA LNSLSENQSL LRMPPWENIW L VGSICLSM SLHFLILYVE PLPLIFQITP LNVTQWLMVL KISLPVILMD ETLKFVARNY LEPGKECVQP ATKSCSFSAC TD GISWPFV LLIMPLVIWV YSTDTNFSDM FWS UniProtKB: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2 |
-分子 #2: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ACP |
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分子量 | 理論値: 505.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ACP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |