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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0873 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dnf1 from Chaetomium thermophilum in the E1-ATP state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid transport / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | He Y / Xu J / Wu X / Li L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structures of a P4-ATPase lipid flippase in lipid bilayers. 著者: Yilin He / Jinkun Xu / Xiaofei Wu / Long Li / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0873.map.gz | 6.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0873-v30.xml emd-0873.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0873.png | 50.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0873 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Heterodimer of Dnf1-Cdc50
全体 | 名称: Heterodimer of Dnf1-Cdc50 |
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要素 |
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-超分子 #1: Heterodimer of Dnf1-Cdc50
超分子 | 名称: Heterodimer of Dnf1-Cdc50 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: BJ5465 |
-分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase
分子 | 名称: Phospholipid-transporting ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 175.379531 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MAPPQEEGGG NGTELSMQRS RWATRRLTVK SGARKRLSLM TRAQAKNSAT EKRQSGVTDD GSPAADGDQK EGSISSSNNG GSAPRKLYF NLPLPPELKD EEGHPIQQFP RNKIRTAKYT PLSFIPKNLW FQFHNIANIF FLFLVILVIF PIFGGVNPGL N SVPLIVII ...文字列: MAPPQEEGGG NGTELSMQRS RWATRRLTVK SGARKRLSLM TRAQAKNSAT EKRQSGVTDD GSPAADGDQK EGSISSSNNG GSAPRKLYF NLPLPPELKD EEGHPIQQFP RNKIRTAKYT PLSFIPKNLW FQFHNIANIF FLFLVILVIF PIFGGVNPGL N SVPLIVII TVTAIKDAIE DYRRTILDIE LNNAPVHRLQ GWENVNVEKD NVSLWRRFKK ANSRFFGSIW HLIERLWKED AQ SMRQRFA SADPRMSIET RTAPWDPSHR RSVASHTEEI QMTPVPSPVP HDPDVPTVSS AIENEATLLQ NLKGDLINHE IPV SGKARF HKDAWKNLVV GDFVRIYNDD ELPADIIILA TSDPDGACYV ETKNLDGETN LKVRQALRCG RTLKHARDCE RAQF VIESE PPQPNLYKYN GAIRWKQRVP WDPHGEPREM SEPIGIDNLL LRGCHLRNTE WALGVVVFTG HDTKIMMNAG ITPSK RARI ARELNFNVIC NFGILLIMCL IAAIANGIAW GKTDASLAWF EYGSIGGTPA LTGFITFWAA VIVFQNLVPI SLYISL EIV RTLQAFFIYS DVGMYYEKID QPCIPKSWNI SDDVGQIEYI FSDKTGTLTQ NVMEFKKATI NGQPYGEAYT EAQAGMD RR RGINVEEEAK VIREEIAAAK VRAIRGLREL HDNPYLHDED MTFIAPDFVE DLAGKNGPEQ QQATEHFMLA LALCHTVV A EKQPGDPPKM IFKAQSPDEA ALVATARDMG FTVLGMSDGG INVNVMGKDM HFPVLSIIEF NSSRKRMSTI VRMPDGRIL LFCKGADSVI YSRLKKGEQA DMRRETAQHL EMFAVEGLRT LCIAERELSE EEYREWRREH DLAATALENR EEKLEEVADK IERDLTLLG GTAIEDRLQD GVPDTIALLA DAGIKLWVLT GDKVETAINI GFSCNLLNND MDLLRLQVNE SDASTEDDYL Q LAEEQLKT NLERFNMTGD DEELKRARKD HNAPSPTYAL VIDGFTLRWV LSDSLKQKFL LLCKQCKSVL CCRVSPAQKA AV VSMVKNG LDVMTLSIGD GANDVAMIQE ADVGVGIAGE EGRQAVMSSD FAIGQFRFLQ RLVLVHGRWS YRRLAETISN FFY KNMIWT WSIFWYQCYC NFDIAYIFEY TYILMFNLFF TSVPVILMGV LDQDVSDTVS LAVPQLYRRG IERKEWTQTK FWLY MIDGV YQSVMSFFIP FIFVVLTPTA AGNGLDVSER TRLGAYIAHP AVITINGYIL INTYRWDWLM LLSIVLSDVF IFFWT GVYT ATTYSAGFYQ AAPQVYQELT FWMCLIVTPA LCLLPRLVVK CIQKQRFPYD VDIIREQANR GDFAAADAAA VAALGG PER VEGESLGSLS SSGKGSGRSK KSKHQQYASV DEDRRPIYPP SIATHNTRAQ NGSDGTTYIM QSRTSTELQQ EMPFDRD RE EETPAVRPSI ERTRPSYDRI RRSIDRVRPS FEASNDFTSA ARLSRIESTH SSLGHTYSHQ RESYAGESSG AQQGQEPG Q RRFNLATVRK RGLSAFSKKS IDTTEGEPPR EPPM |
-分子 #2: Cdc50
分子 | 名称: Cdc50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 46.452312 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MAPRRRRGAG QDGSDDGRSD SDAPKNRPPN TAFRQQRMRA WQCVLTPKLI VTVFSILAAI YLGFGAWLTY LAHTVRDLKI DYTDCLTSA PKDDFETIPQ NHITAHFSAK DSTFDPYKAQ WKTTEREVQV ANYTDNRQFC IVRFNIPEDL QPTISFFYYL E NFYQNHRR ...文字列: MAPRRRRGAG QDGSDDGRSD SDAPKNRPPN TAFRQQRMRA WQCVLTPKLI VTVFSILAAI YLGFGAWLTY LAHTVRDLKI DYTDCLTSA PKDDFETIPQ NHITAHFSAK DSTFDPYKAQ WKTTEREVQV ANYTDNRQFC IVRFNIPEDL QPTISFFYYL E NFYQNHRR YVNSFNAKQL LGDAVDGKTI NDSTCDPITH DPKGTGKIVY PCGLVANSIF NDTFSSPLAL AVRNSSDSSR PY NMTTKGI AWPGLKDLYG KTSYSLDQIV PPPNWERRYK YGYQENNPPP DLKTDELFQN WMMLAAAPNF YKLYQKNDTH PML AGQYEI EIESNFDVTV YKGRKAFVIT TLSTMGSRNI WPGIIFLIVG GICLVLDIYF ILSFFIWRPR KLGDPSYLSW NQPS APGGH SS |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ACP |
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分子量 | 理論値: 505.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-ACP: |
-分子 #7: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
分子 | 名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: P5S |
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分子量 | 理論値: 792.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-P5S: |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6lcr: |