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万見
- EMDB-0866: The cryo-EM structure of HEV VLP in complex with Fab 8C11 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0866
タイトルThe cryo-EM structure of HEV VLP in complex with Fab 8C11
マップデータThe cryo-EM structure of HEV VLP in complex with Fab 8C11
試料
  • ウイルス: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Protein ORF2
キーワードHEV / Neutralizing antibody / immune-complex / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / RNA binding ...T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / RNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2 / Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zheng Q / He M / Li S
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China81571996 中国
National Natural Science Foundation of China81871247 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Viral neutralization by antibody-imposed physical disruption.
著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / ...著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / Daning Wang / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical ...In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical disruption of a virus upon nAb binding. We report the neutralization mechanism of a potent nAb 8C11 against the hepatitis E virus (HEV), a nonenveloped positive-sense single-stranded RNA virus associated with abundant acute hepatitis. The 8C11 binding flanks the protrusion spike of the HEV viruslike particles (VLPs) and leads to tremendous physical collision between the antibody and the capsid, dissociating the VLPs into homodimer species within 2 h. Cryo-electron microscopy reconstruction of the dissociation intermediates at an earlier (15-min) stage revealed smeared protrusion spikes and a loss of icosahedral symmetry with the capsid core remaining unchanged. This structural disruption leads to the presence of only a few native HEV virions in the ultracentrifugation pellet and exposes the viral genome. Conceptually, we propose a strategy to raise collision-inducing nAbs against single spike moieties that feature in the context of the entire pathogen at positions where the neighboring space cannot afford to accommodate an antibody. This rationale may facilitate unique vaccine development and antimicrobial antibody design.
履歴
登録2019年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2019年12月4日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0335
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0335
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lb0
  • 表面レベル: 0.0335
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6lb0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0866.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The cryo-EM structure of HEV VLP in complex with Fab 8C11
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 460 pix.
= 518.88 Å		1.13 Å/pix.
x 460 pix.
= 518.88 Å		1.13 Å/pix.
x 460 pix.
= 518.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0335 / ムービー #1: 0.0335
最小 - 最大-0.112300925 - 0.20071943
平均 (標準偏差)0.00074508716 (±0.00972499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 518.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z518.880518.880518.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-0.1120.2010.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis E virus

全体名称: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Protein ORF2

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超分子 #1: Hepatitis E virus

超分子名称: Hepatitis E virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12461 / 生物種: Hepatitis E virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Protein ORF2

分子名称: Protein ORF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
分子量理論値: 51.303062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: GAILRRQYNL STSPLTSSVA TGTNLVLYAA PLSSLLPLQD GTNTHIMATE ASNYAQYRVA RATIRYRPLV PSAVGGYAIS ISFWPQTTT TPTSVDMNSI TSTDVRILVQ PGIASELVIP SERLHYRNQG WRSVETSGVA EEEATSGLVM LCIHGSPVNS Y TNTPYTGA ...文字列:
GAILRRQYNL STSPLTSSVA TGTNLVLYAA PLSSLLPLQD GTNTHIMATE ASNYAQYRVA RATIRYRPLV PSAVGGYAIS ISFWPQTTT TPTSVDMNSI TSTDVRILVQ PGIASELVIP SERLHYRNQG WRSVETSGVA EEEATSGLVM LCIHGSPVNS Y TNTPYTGA LGLLDFALEL EFRNLTPGNT NTRVSRYSST ARHRLRRGAD GTAELTTTAA TRFMKDLYFT STNGVGEIGR GI ALTLFNL ADTLLGGLPT ELISSAGGQL FYSRPVVSAN GEPTVKLYTS VENAQQDKGI AIPHDIDLGE SRVVIQDYDN QHE QDRPTP SPAPSRPFSV LRANDVLWLS LTAAEYDQST YGSSTGPVYV SDSVTLVNVA TGAQAVSRSL DWTKVTLDGR PLST IQQYS KTFFVLPLRG KLSFWEAGTT KAGYPYNYNT TASDQILVEN AAGHRVAIST YTTSLGAGPV SISAVAVLAP HS

UniProtKB: Pro-secreted protein ORF2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4259
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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