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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0632 | ||||||||||||
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タイトル | Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3) | ||||||||||||
マップデータ | A sub-atomic resolution cryo-EM structure of full-length Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Rotavirus / Capping enzyme / Methyl transferase / RTPase / PDE / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / hydrolase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / GTP binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kumar D / Yu X | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A sub-atomic resolution cryo-EM of full-length Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3) 著者: Kumar D / Yu X / Prasad V / Wang Z | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0632.map.gz | 20.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0632-v30.xml emd-0632.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0632.png | 60.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0632.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_0632_half_map_1.map.gz emd_0632_half_map_2.map.gz | 79.4 MB 79.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0632 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A sub-atomic resolution cryo-EM structure of full-length Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.837 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map of VP3
ファイル | emd_0632_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of VP3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of VP3
ファイル | emd_0632_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of VP3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : VP3
全体 | 名称: VP3 |
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要素 |
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-超分子 #1: VP3
超分子 | 名称: VP3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) |
-分子 #1: Protein VP3
分子 | 名称: Protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) |
分子量 | 理論値: 97.70382 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKVLALRHSV AQVYADTQIY THDDTKDSYE NAFLISNLTT HNILYFNYSA RTLEILNKSG IAAIEIQSLE ELFTLIRCNF TYDYENNVV YLHDYSYYTN NEIRTDQHWI TKTNIEEYLL PGWKLTYVGY NGNDTRGHYN FSFTCQNAAT DDDIIIEYIY S EALDFQNF ...文字列: MKVLALRHSV AQVYADTQIY THDDTKDSYE NAFLISNLTT HNILYFNYSA RTLEILNKSG IAAIEIQSLE ELFTLIRCNF TYDYENNVV YLHDYSYYTN NEIRTDQHWI TKTNIEEYLL PGWKLTYVGY NGNDTRGHYN FSFTCQNAAT DDDIIIEYIY S EALDFQNF MLRKIKERMT TSLPIARLSN RVFRDKLFPL LVKKHKRVVN VGPRNESMFT FLNFPSIRQF SNGPYLVKNT IK LKQERWL GKRVSQFDIG QYKNMLNVIT TIYHYYNLYQ EKPIIYMVGS APSYWIYDVR QYSDFLFETW DPLDTPYSSI HHK ELFFAK DIGKLKDNSI LYIDIRTDRG NADWKEWRKV VELQTISNLN LAYQYLATGK SKVCCVKLTA MDLELPVSAK LLHH PTTEI RSEFYLLLDI WDVNNIKRFI PKGALYSFIN NVITDNVFIQ SPFKIRTSVS DYIVALYALS NDFNNREDII NLINN QKQS LITVRINNTF KDEPKVGFKS IYDWTFLPTD FETTNAIVTS YDGCLGIFGL SISLASKPTG NNHLFILNGT DKYYKL DQF ANHTGISRRS HQVRFSESAT SYSGYIFRDL SNSNFNLIGT NVENSVSGHV YNALIYYRYN YSFDLKRWIY LHSVEKA NI EGGKYYEHAP IELIYACKSA KEFASLQDDL TVLRYANEIE NYINKVYSIT YADDPNYFIG IKFNNIPYIY DVKVPHLT F GVLYISDNMI PDVVKIMKSM KQELFGMDVT TSYTYMLSDG VYVANVSGVL ATYFKMYNLF YKNQITFGQS RMFIPHITL SFSNNKTVRI ETTKLRIKSI YLRKIRGDTV FDMPE UniProtKB: Protein VP3 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: 5GP |
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分子量 | 理論値: 363.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-5GP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 40000 |