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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0487 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the TRPM8 ion channel in complex with the menthol analog WS-12 and PI(4,5)P2 | |||||||||
![]() | em-volume_P1 | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Yin Y / Le SC / Hsu AL / Borgnia MJ / Yang H / Lee S-Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of cooling agent and lipid sensing by the cold-activated TRPM8 channel. 著者: Ying Yin / Son C Le / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Huanghe Yang / Seok-Yong Lee / ![]() 要旨: Transient receptor potential melastatin member 8 (TRPM8) is a calcium ion (Ca)-permeable cation channel that serves as the primary cold and menthol sensor in humans. Activation of TRPM8 by cooling ...Transient receptor potential melastatin member 8 (TRPM8) is a calcium ion (Ca)-permeable cation channel that serves as the primary cold and menthol sensor in humans. Activation of TRPM8 by cooling compounds relies on allosteric actions of agonist and membrane lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP), but lack of structural information has thus far precluded a mechanistic understanding of ligand and lipid sensing by TRPM8. Using cryo-electron microscopy, we determined the structures of TRPM8 in complex with the synthetic cooling compound icilin, PIP, and Ca, as well as in complex with the menthol analog WS-12 and PIP Our structures reveal the binding sites for cooling agonists and PIP in TRPM8. Notably, PIP binds to TRPM8 in two different modes, which illustrate the mechanism of allosteric coupling between PIP and agonists. This study provides a platform for understanding the molecular mechanism of TRPM8 activation by cooling agents. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 288.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 45.6 MB 45.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 779.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | em-volume_P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_0487_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_0487_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Transient receptor potential melastatin member 8
全体 | 名称: Transient receptor potential melastatin member 8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient receptor potential melastatin member 8
超分子 | 名称: Transient receptor potential melastatin member 8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 130.078453 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MATLFQVSMG SMRHRRNGNF ESSRLLYSSM SRSIDVACSD ADLANFIQEN FKKRECVFFT KDTKSMGNLC KCGYPENQHI EGTQVNTTE KWNYKKH(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: MATLFQVSMG SMRHRRNGNF ESSRLLYSSM SRSIDVACSD ADLANFIQEN FKKRECVFFT KDTKSMGNLC KCGYPENQHI EGTQVNTTE KWNYKKH(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)K YIRLSCDTDS ETLYDLMTQH WHLKTPNLVI SVTG GAKNF ALKPRMRKIF SRLIYIAQSK GAWIFTGGTH YGLMKYIGEV VRDNTISRSS EENVVAIGIA AWGMISNRET LIRTA DSDG SYLAHYIMDD LKRDPLYCLD NNHTHLLLVD NGTHGHPTIE AKVRTQLEKY ISERVIPESN YGGKIPIVCF AQGGGK ETL KSINVAIKSK IPCVVVEGSG RIADVIASLV EAEGTLASSC VKESLLRFLP RTISRLSEEE TESWIKWIKE VLESPHL LT VIKIEEAGDE IVSNAISFAL YKAFSTNEHD RDNWNGQLKL LLEWNQLDLA SDEIFTNDRN WESADLQDVM FTALVKDR P KFVRLFLENG LNLRKFLTTE VLRELYTNNF SSLVFKNLQI AKNSYNDALL TFVWKMVEDF RRGAKRDDKN SKDEMEIEL SEECPITRHP LQALFIWSVL QNKKELSKVI WEQTRGCTLA ALGASKLLKS MAKVKNDINA AGESEELANE YETRAVELFT ECYSNDEDL AEQLLTYSCE AWGGSNCLEL AVEARDQQFI AQPGVQNFLS KQWYGEISRD TKNWKIILCL FFFPLIGCGF I SFRKKPVE KTKKLFLYYV SFFTSPFVVF SWNVIFYIAF LLLFAYVLLM DFQKEPTALE IILYVLVFIL LCDEVRQWYM NG SKYFSDL WNVMDTLAIF YFIAGIVFRL HSDESSWYSG RVIFCLDYIV FTLRLIHIFT VSRNLGPKII MLQRMMIDVF FFL FLFAVW MVAFGVARQG ILRKNEHRWE WIFRSVIYEP YLAMFGQYPD DIDGTTYNFD HCTFSGNESK PLCVELDANN QPRF PEWIT IPLVCIYMLS TNILLVNLLV AMFGYTVGSV QENNDQVWKF QRFFLVQEYC SRLTIPFPFV IFAYIFMVMR KCFKC CCKK ESKEPSVCCS RNEDNEILAW EAVMKENYLV KINTKASDSS EE(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)KI KSNSLEVLFQ GPDYKDDDDK AHHHHHHHHH H |
-分子 #2: (2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bi...
分子 | 名称: (2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl icosa-5,8,11,14-tetraenoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: KXP |
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分子量 | 理論値: 1.047088 KDa |
Chemical component information | ![]() ChemComp-KXP: |
-分子 #3: (1R,2S,5R)-N-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexan...
分子 | 名称: (1R,2S,5R)-N-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexane-1-carboxamide タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: KXS |
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分子量 | 理論値: 289.412 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-KXS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4006 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |