+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0433 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | AMC011 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with fusion peptide targeting antibody ACS202 fragment antigen binding | ||||||||||||||||||
![]() | sharpened map | ||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / membrane => GO:0016020 / viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / Env polyprotein![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Ozorowski G / de Val N / Cottrell CA / Copps J / Ward AB | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational Plasticity in the HIV-1 Fusion Peptide Facilitates Recognition by Broadly Neutralizing Antibodies. 著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / ...著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson / ![]() ![]() 要旨: The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as ...The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as a site of vulnerability. We delineate X-ray and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of bnAb ACS202, from an HIV-infected elite neutralizer, with an FP and with a soluble Env trimer (AMC011 SOSIP.v4.2) derived from the same patient. We show that ACS202 CDRH3 forms a "β strand" interaction with the exposed hydrophobic FP and recognizes a continuous region of gp120, including a conserved N-linked glycan at N88. A cryo-EM structure of another previously identified bnAb VRC34.01 with AMC011 SOSIP.v4.2 shows that it also penetrates through glycans to target the FP. We further demonstrate that the FP can twist and present different conformations for recognition by bnAbs, which enables approach to Env from diverse angles. The variable recognition of FP by bnAbs thus provides insights for vaccine design. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 84.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.3 KB 26.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 97.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 70.9 MB 71 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_0433_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_0433_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen b...
全体 | 名称: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen binding |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen b...
超分子 | 名称: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen binding タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp120
超分子 | 名称: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp120 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp41
超分子 | 名称: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp41 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: VRC34.01
超分子 | 名称: VRC34.01 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: AMC011 v4.2 SOSIP gp120
分子 | 名称: AMC011 v4.2 SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 57.668938 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAEQLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDARAYDTEV RNVWATHACV PTDPNPQEV VLENVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTDL RNATNTNATN TTSSSRGTME G GEIKNCSF ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAEQLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDARAYDTEV RNVWATHACV PTDPNPQEV VLENVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTDL RNATNTNATN TTSSSRGTME G GEIKNCSF NITTSMRDKV QKEYALFYKL DVVPIKNDNT SYRLISCNTS VITQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCN DK KFNGTGP CTNVSTVQCT HGIRPVVSTQ LLLNGSLAEE EVVIRSANFT DNAKIIIVQL NKSVEINCTR PNNNTRKSIH IGP GRWFYT TGEIIGDIRQ AHCNISGTKW NDTLKQIVVK LKEQFGNKTI VFNHSSGGDP EIVMHSFNCG GEFFYCNSTQ LFNS TWNDG SNYTGTIVLP CRIKQIVNMW QEVGKAMYAP PIKGQIRCSS NITGLILIRD GGKNRSENTE IFRPGGGDMR DNWRS ELYK YKVVKIEPLG IAPTKCKRRV VQRRRRRR |
-分子 #2: AMC011 v4.2 SOSIP gp41
分子 | 名称: AMC011 v4.2 SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.300666 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RQLLSGIVQQ QNNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICCTAVPW NTSWSNKSYN QIWNNMTWME WEREIDNYTS LIYTLIEDSQ NQQEKNEQEL LELD |
-分子 #3: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding heavy chain
分子 | 名称: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding heavy chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.392023 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MELGLRWVFL VAILEVHSQV QLVESGGGVV QPGGSLRLSC AASGFAFKDF GMHWVRQAPG KGLEWVAVIG GGHGQHQSYS ESVKGRFAI TRDNEKNKLY LHMDRLRTED TAVYYCAKDR LGRPWNIGGR LVYYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST ...文字列: MELGLRWVFL VAILEVHSQV QLVESGGGVV QPGGSLRLSC AASGFAFKDF GMHWVRQAPG KGLEWVAVIG GGHGQHQSYS ESVKGRFAI TRDNEKNKLY LHMDRLRTED TAVYYCAKDR LGRPWNIGGR LVYYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PS NTKVDKK VEPKSCD |
-分子 #4: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding kappa chain
分子 | 名称: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding kappa chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.475658 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHCA IRMTQSPSSL SASVGDRVTI TCQASQDIKK SLNWYRQKPG KAPELLIHDA SILQTGVPSA FTASGSGTH FSFVINKLQP EDVGTYFCQE YENLQFTFGP GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHCA IRMTQSPSSL SASVGDRVTI TCQASQDIKK SLNWYRQKPG KAPELLIHDA SILQTGVPSA FTASGSGTH FSFVINKLQP EDVGTYFCQE YENLQFTFGP GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 30 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Detergent (DDM) added immediately prior to grid preparation | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus 950 Plasma system | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER | ||||||||||||
詳細 | SEC purified sample after overnight incubation of molar excess Fab to trimer |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 実像数: 1641 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 92.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-6nc2: |