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- EMDB-0405: Amyloid-Beta (20-34) with L-isoaspartate 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0405
タイトルAmyloid-Beta (20-34) with L-isoaspartate 23
マップデータ
試料
  • 複合体: crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at position 23
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta A4 protein
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / neuron projection maintenance / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of glycolytic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / axonogenesis / adult locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / locomotory behavior / endosome lumen / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell activation / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / cognition / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle / Platelet degranulation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Sawaya MR / Warmack RA / Boyer DR / Zee CT / Richards LS / Cascio D / Gonen T / Clarke SG / Eisenberg DS
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)5T32GM008496 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1714569 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM-007185 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of amyloid-β (20-34) with Alzheimer's-associated isomerization at Asp23 reveals a distinct protofilament interface.
著者: Rebeccah A Warmack / David R Boyer / Chih-Te Zee / Logan S Richards / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Tamir Gonen / David S Eisenberg / Steven G Clarke /
要旨: Amyloid-β (Aβ) harbors numerous posttranslational modifications (PTMs) that may affect Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. Here we present the 1.1 Å resolution MicroED structure of an Aβ 20- ...Amyloid-β (Aβ) harbors numerous posttranslational modifications (PTMs) that may affect Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. Here we present the 1.1 Å resolution MicroED structure of an Aβ 20-34 fibril with and without the disease-associated PTM, L-isoaspartate, at position 23 (L-isoAsp23). Both wild-type and L-isoAsp23 protofilaments adopt β-helix-like folds with tightly packed cores, resembling the cores of full-length fibrillar Aβ structures, and both self-associate through two distinct interfaces. One of these is a unique Aβ interface strengthened by the isoaspartyl modification. Powder diffraction patterns suggest a similar structure may be adopted by protofilaments of an analogous segment containing the heritable Iowa mutation, Asp23Asn. Consistent with its early onset phenotype in patients, Asp23Asn accelerates aggregation of Aβ 20-34, as does the L-isoAsp23 modification. These structures suggest that the enhanced amyloidogenicity of the modified Aβ segments may also reduce the concentration required to achieve nucleation and therefore help spur the pathogenesis of AD.
履歴
登録2018年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月19日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2022年9月7日-
現状2022年9月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nb9
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nb9
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0405.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 473.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX: 0.2704 Å / Y: 0.2435 Å / Z: 0.2923 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-1.1124427 - 5.3232923
平均 (標準偏差)-1.2829091e-09 (±0.68701303)
対称性空間群: 4
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ10810112
Spacing10820112
セルA: 29.2032 Å / B: 4.87 Å / C: 32.7376 Å
α: 90.0 ° / β: 101.897 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.270398148148150.24350.29230357142857
M x/y/z10820112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z29.2034.87032.738
α/β/γ90.000101.89790.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ10810112
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS10108112
D min/max/mean-1.1125.323-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at pos...

全体名称: crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at position 23
要素
  • 複合体: crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at position 23
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta A4 protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at pos...

超分子名称: crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at position 23
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
分子量理論値: 6.21 kDa/nm

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分子 #1: Amyloid-beta A4 protein

分子名称: Amyloid-beta A4 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.491666 KDa
配列文字列:
FAE(IAS)VGSNKG AIIGL

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 構成要素 - 名称: water
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample is a crystal.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 回折像の数: 159 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1050 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
結晶パラメータ単位格子 - A: 29.20 Å / 単位格子 - B: 4.87 Å / 単位格子 - C: 32.44 Å / 単位格子 - γ: 90.000 ° / 単位格子 - α: 90.000 ° / 単位格子 - β: 101.897 ° / 空間群: P 21
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 16529 / Number structure factors: 3946 / Fourier space coverage: 82.7 / R sym: 0.197 / R merge: 0.197 / Overall phase error: 28.4 / Overall phase residual: 0.1 / Phase error rejection criteria: 0.1 / High resolution: 1.05 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.0 Å / 殻 - Low resolution: 1.05 Å / 殻 - Number structure factors: 315 / 殻 - Phase residual: 0.1 / 殻 - Fourier space coverage: 41.2 / 殻 - Multiplicity: 3.09

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 10.135 / 当てはまり具合の基準: maximum liklihood
得られたモデル

PDB-6nb9:
Amyloid-Beta (20-34) with L-isoaspartate 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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