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- EMDB-0342: CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0342
タイトルCryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2
マップデータMap generated with a mask including Nav (with truncated C-terminal coiled-coil), ProTx2 and Fv fragment.
試料
  • 複合体: Nav1.7 VSD2 in complex with ProTx2 and an anti-Nav Fab
    • タンパク質・ペプチド: Nav1.7 VSD2-NavAb chimera
    • タンパク質・ペプチド: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
キーワードvoltage-gated sodium channel / gating modifier toxin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain ...action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain / sodium channel regulator activity / neuronal action potential / axon terminus / sensory perception of pain / sodium ion transmembrane transport / post-embryonic development / calcium channel regulator activity / circadian rhythm / response to toxic substance / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / toxin activity / inflammatory response / axon / lipid binding / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein / Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a / Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) / Thrixopelma pruriens (クモ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Xu H / Rohou A
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Nav1.7 Inhibition by a Gating-Modifier Spider Toxin.
著者: Xu H / Li T / Rohou A / Arthur CP / Tzakoniati F / Wong E / Estevez A / Kugel C / Franke Y / Chen J / Ciferri C / Hackos DH / Koth CM / Payandeh J
履歴
登録2018年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月26日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n4r
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0342.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0342.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map generated with a mask including Nav (with truncated C-terminal coiled-coil), ProTx2 and Fv fragment.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å		1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å		1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-25.596209000000002 - 39.945180000000001
平均 (標準偏差)0.0033436231 (±0.4687166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21.21.2
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-25.59639.9450.003

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map for the main map.

ファイルemd_0342_additional.map
注釈Unsharpened map for the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map 2

ファイルemd_0342_half_map_1.map
注釈EM half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EM half map 1

ファイルemd_0342_half_map_2.map
注釈EM half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nav1.7 VSD2 in complex with ProTx2 and an anti-Nav Fab

全体名称: Nav1.7 VSD2 in complex with ProTx2 and an anti-Nav Fab
要素
  • 複合体: Nav1.7 VSD2 in complex with ProTx2 and an anti-Nav Fab
    • タンパク質・ペプチド: Nav1.7 VSD2-NavAb chimera
    • タンパク質・ペプチド: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain

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超分子 #1: Nav1.7 VSD2 in complex with ProTx2 and an anti-Nav Fab

超分子名称: Nav1.7 VSD2 in complex with ProTx2 and an anti-Nav Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 245 KDa

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分子 #1: Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

分子名称: Nav1.7 VSD2-NavAb chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア)
株: RM4018
分子量理論値: 33.453512 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDYKDDDDKG SLVPRGSHMY LRITNIVESS FFTKFIIYLI VLNTLFMAME HHPMTEEFKN VLAIGNLVFT GIFAIEIILR IYVHRISFF KDPWSLFDSL IVTLSLVELF LADVEGLSVL RSFRLLRVFR LVTAVPQMRK IVSALISVIP GMLSVIALMT L FFYIFAIM ...文字列:
MDYKDDDDKG SLVPRGSHMY LRITNIVESS FFTKFIIYLI VLNTLFMAME HHPMTEEFKN VLAIGNLVFT GIFAIEIILR IYVHRISFF KDPWSLFDSL IVTLSLVELF LADVEGLSVL RSFRLLRVFR LVTAVPQMRK IVSALISVIP GMLSVIALMT L FFYIFAIM ATQLFGERFP EWFGTLGESF YTLFQVMTLE SWSMGIVRPL MEVYPYAWVF FIPFIFVVTF VMINLVVAIC VD AMAILNQ KEEQHIIDEV QSHEDNINNE IIKLREEIVE LKELIKTSLK N

UniProtKB: Ion transport protein, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, Ion transport protein, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, Ion transport protein

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分子 #2: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

分子名称: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thrixopelma pruriens (クモ)
分子量理論値: 3.839687 KDa
配列文字列:
YCQKWMWTCD SERKCCEGMV CRLWCKKKLW

UniProtKB: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

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分子 #3: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.48391 KDa
配列文字列: EIVLTQSPAL MAASPGEKVT ITCSVSLSIS SSNLFWYQQK SETSPKPWIY GTSKLASGVP VRFSGSGSGT SYSLTISSME AEDAATYYC QQWSSHSFTF GGGTKLEIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
EIVLTQSPAL MAASPGEKVT ITCSVSLSIS SSNLFWYQQK SETSPKPWIY GTSKLASGVP VRFSGSGSGT SYSLTISSME AEDAATYYC QQWSSHSFTF GGGTKLEIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNEC

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分子 #4: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.523518 KDa
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS NYAMSWVRQT PEKRLEWVAT ISNGGRYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMSSLRSE DTAMYYCARH LYRYDVGGAL DYWGQGTSVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS NYAMSWVRQT PEKRLEWVAT ISNGGRYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMSSLRSE DTAMYYCARH LYRYDVGGAL DYWGQGTSVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVTSSTWP SQSITCNVAH PASSTKVDKK IEPRGPTIKP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Grid was coated with a thin layer of gold
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 25084 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
詳細: Spatial frequencies higher than 8 Angstroms were not used during refinement.
使用した粒子像数: 53206
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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