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- EMDB-0332: Structure of EV71 complexed with its receptor SCARB2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0332
タイトルStructure of EV71 complexed with its receptor SCARB2
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of EV71 and SCARB2
    • 複合体: SCARB2
      • タンパク質・ペプチド: Lysosome membrane protein 2
    • ウイルス: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
  • リガンド: 1-(2-aminopyridin-4-yl)-3-[(3S)-5-{4-[(E)-(ethoxyimino)methyl]phenoxy}-3-methylpentyl]imidazolidin-2-one
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / regulation of endosome organization / aminophospholipid transport / regulation of lysosome organization / endosome to plasma membrane protein transport / scavenger receptor activity / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity ...regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / regulation of endosome organization / aminophospholipid transport / regulation of lysosome organization / endosome to plasma membrane protein transport / scavenger receptor activity / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / lysosomal lumen / picornain 3C / receptor-mediated endocytosis / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / endocytic vesicle membrane / viral capsid / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome membrane / monoatomic ion channel activity / virus receptor activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein-folding chaperone binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / DNA replication / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / RNA helicase activity / endosome membrane / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / Golgi membrane / lysosomal membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / endoplasmic reticulum membrane / virion attachment to host cell / structural molecule activity / enzyme binding / protein homodimerization activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysosome membrane protein II / CD36 family / CD36 family / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Lysosome membrane protein II / CD36 family / CD36 family / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Lysosome membrane protein 2 / Genome polyprotein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhou D / Zhao Y / Kotecha A / Fry EE / Kelly J / Wang X / Rao Z / Rowlands DJ / Ren J / Stuart DI
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Unexpected mode of engagement between enterovirus 71 and its receptor SCARB2.
著者: Daming Zhou / Yuguang Zhao / Abhay Kotecha / Elizabeth E Fry / James T Kelly / Xiangxi Wang / Zihe Rao / David J Rowlands / Jingshan Ren / David I Stuart /
要旨: Enterovirus 71 (EV71) is a common cause of hand, foot and mouth disease-a disease endemic especially in the Asia-Pacific region. Scavenger receptor class B member 2 (SCARB2) is the major receptor of ...Enterovirus 71 (EV71) is a common cause of hand, foot and mouth disease-a disease endemic especially in the Asia-Pacific region. Scavenger receptor class B member 2 (SCARB2) is the major receptor of EV71, as well as several other enteroviruses responsible for hand, foot and mouth disease, and plays a key role in cell entry. The isolated structures of EV71 and SCARB2 are known, but how they interact to initiate infection is not. Here, we report the EV71-SCARB2 complex structure determined at 3.4 Å resolution using cryo-electron microscopy. This reveals that SCARB2 binds EV71 on the southern rim of the canyon, rather than across the canyon, as predicted. Helices 152-163 (α5) and 183-193 (α7) of SCARB2 and the viral protein 1 (VP1) GH and VP2 EF loops of EV71 dominate the interaction, suggesting an allosteric mechanism by which receptor binding might facilitate the low-pH uncoating of the virus in the endosome/lysosome. Remarkably, many residues within the binding footprint are not conserved across SCARB2-dependent enteroviruses; however, a conserved proline and glycine seem to be key residues. Thus, although the virus maintains antigenic variability even within the receptor-binding footprint, the identification of binding 'hot spots' may facilitate the design of receptor mimic therapeutics less likely to quickly generate resistance.
履歴
登録2018年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月28日-
マップ公開2018年11月28日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i2k
  • 表面レベル: 0.0213
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6i2k
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0213 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.16716264 - 0.2783022
平均 (標準偏差)0.0015467653 (±0.01628007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1670.2780.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of EV71 and SCARB2

全体名称: complex of EV71 and SCARB2
要素
  • 複合体: complex of EV71 and SCARB2
    • 複合体: SCARB2
      • タンパク質・ペプチド: Lysosome membrane protein 2
    • ウイルス: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein
  • リガンド: 1-(2-aminopyridin-4-yl)-3-[(3S)-5-{4-[(E)-(ethoxyimino)methyl]phenoxy}-3-methylpentyl]imidazolidin-2-one
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: complex of EV71 and SCARB2

超分子名称: complex of EV71 and SCARB2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #3: SCARB2

超分子名称: SCARB2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

+
超分子 #2: Enterovirus A71

超分子名称: Enterovirus A71 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Enterovirus A71 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

+
分子 #1: Polyprotein

分子名称: Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 32.755766 KDa
配列文字列: GDRVADMIES SIGDSVSRAL TQALPAPTGQ NTQVSSHRLD TGEVPALQAA EIGASSNTSD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLEG TTNPSGYANW DIDITGYAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGQVVPQ LLQYMFVPPG A PKPESRES ...文字列:
GDRVADMIES SIGDSVSRAL TQALPAPTGQ NTQVSSHRLD TGEVPALQAA EIGASSNTSD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLEG TTNPSGYANW DIDITGYAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGQVVPQ LLQYMFVPPG A PKPESRES LAWQTATNPS VFVKLTDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHKQEK DLEYGACPNN MMGTFSVRTV GS SKSKYAL VVRIYMRMKH VRAWIPRPMR NQNYLFKANP NYAGDSIKPT GTSRNAITTL

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分子 #2: Polyprotein

分子名称: Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.784213 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IIVGYGEWPS YCSDDDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDTKL WEKSSKGWYW KFPDVLTET GVFGQNAQFH YLYRSGFCIH VQCNASKFHQ GALLVAILPE YVIGTVAGGT GTEDSHPPYI QTQPGADGFE L QHPYVLDA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IIVGYGEWPS YCSDDDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDTKL WEKSSKGWYW KFPDVLTET GVFGQNAQFH YLYRSGFCIH VQCNASKFHQ GALLVAILPE YVIGTVAGGT GTEDSHPPYI QTQPGADGFE L QHPYVLDA GIPISQLTVC PHQWINLRTN NCATIIVPYM NTLPFDSALN HCNFGLLVVP ISPLDFDQGA TPVIPITITL AP MCSEFAG LRQAVTQ

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分子 #3: Polyprotein

分子名称: Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.540332 KDa
配列文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRDGPWQST MLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列:
GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRDGPWQST MLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV IPWISNTHYR AHARDGVFDY YTTGLVSIWY QTNYVVPIGA PNTAYIIALA AAQKNFTMKL CKDTSHILQT AS IQ

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分子 #4: Polyprotein

分子名称: Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 6.380943 KDa
配列文字列:
SHENSNSATE GSTINYTTIN YYKDSYAATA GKQSLKQDPD KFANPVKDIF TEMAAPLK

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分子 #5: Lysosome membrane protein 2

分子名称: Lysosome membrane protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.72775 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGVFQKAVD QSIEKKIVLR NGTEAFDSWE KPPLPVYTQF YFFNVTNPEE ILRGETPRVE EVGPYTYREL RNKANIQFGD NGTTISAVS NKAYVFERDQ SVGDPKIDLI RTLNIPVLTV IEWSQVHFLR EIIEAMLKAY QQKLFVTHTV DELLWGYKDE I LSLIHVFR ...文字列:
ETGVFQKAVD QSIEKKIVLR NGTEAFDSWE KPPLPVYTQF YFFNVTNPEE ILRGETPRVE EVGPYTYREL RNKANIQFGD NGTTISAVS NKAYVFERDQ SVGDPKIDLI RTLNIPVLTV IEWSQVHFLR EIIEAMLKAY QQKLFVTHTV DELLWGYKDE I LSLIHVFR PDISPYFGLF YEKNGTNDGD YVFLTGEDSY LNFTKIVEWN GKTSLDWWIT DKCNMINGTD GDSFHPLITK DE VLYVFPS DFCRSVYITF SDYESVQGLP AFRYKVPAEI LANTSDNAGF CIPEGNCLGS GVLNVSICKN GAPIIMSFPH FYQ ADERFV SAIEGMHPNQ EDHETFVDIN PLTGIILKAA KRFQINIYVK KLDDFVETGD IRTMVFPVMY LNESVHIDKE TASR LKSMI NTTGKHHHHH H

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分子 #11: 1-(2-aminopyridin-4-yl)-3-[(3S)-5-{4-[(E)-(ethoxyimino)methyl]phe...

分子名称: 1-(2-aminopyridin-4-yl)-3-[(3S)-5-{4-[(E)-(ethoxyimino)methyl]phenoxy}-3-methylpentyl]imidazolidin-2-one
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: 906
分子量理論値: 425.524 Da
Chemical component information

ChemComp-906:
1-(2-aminopyridin-4-yl)-3-[(3S)-5-{4-[(E)-(ethoxyimino)methyl]phenoxy}-3-methylpentyl]imidazolidin-2-one

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 5.1
凍結凍結剤: ETHANE
詳細virus particle/SCARB2 ratio: 1:100

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 757 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3vbh

最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 10443
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

3vbh

,

4q4b

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 150
得られたモデル

PDB-6i2k:
Structure of EV71 complexed with its receptor SCARB2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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