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- EMDB-0269: Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0269
タイトルComplex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIVa)
マップデータThe first complex IV of the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae
試料
  • 複合体: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
生物種Saccharomyces cerevisi (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hartley AM / Lukoyanova N / Pinotsis N / Marechal A
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M00936X/1 英国
Wellcome Trust105628/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of yeast cytochrome c oxidase in a supercomplex with cytochrome bc.
著者: Andrew M Hartley / Natalya Lukoyanova / Yunyi Zhang / Alfredo Cabrera-Orefice / Susanne Arnold / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: Cytochrome c oxidase (complex IV, CIV) is known in mammals to exist independently or in association with other respiratory proteins to form supercomplexes (SCs). In Saccharomyces cerevisiae, CIV is ...Cytochrome c oxidase (complex IV, CIV) is known in mammals to exist independently or in association with other respiratory proteins to form supercomplexes (SCs). In Saccharomyces cerevisiae, CIV is found solely in an SC with cytochrome bc (complex III, CIII). Here, we present the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of S. cerevisiae CIV in a IIIIV SC at 3.3 Å resolution. While overall similarity to mammalian homologs is high, we found notable differences in the supernumerary subunits Cox26 and Cox13; the latter exhibits a unique arrangement that precludes CIV dimerization as seen in bovine. A conformational shift in the matrix domain of Cox5A-involved in allosteric inhibition by ATP-may arise from its association with CIII. The CIII-CIV arrangement highlights a conserved interaction interface of CIII, albeit one occupied by complex I in mammalian respirasomes. We discuss our findings in the context of the potential impact of SC formation on CIV regulation.
履歴
登録2018年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年12月26日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0269.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The first complex IV of the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 310 pix.
= 429.691 Å		1.39 Å/pix.
x 310 pix.
= 429.691 Å		1.39 Å/pix.
x 310 pix.
= 429.691 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3861 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0113 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.10087594 - 0.19814354
平均 (標準偏差)0.000103879385 (±0.0044603795)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 429.691 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.38611.38611.3861
M x/y/z310310310
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.691429.691429.691
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS310310310
D min/max/mean-0.1010.1980.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A

全体名称: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
要素
  • 複合体: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
    • タンパク質・ペプチド: Cox1
    • タンパク質・ペプチド: Cox2
    • タンパク質・ペプチド: Cox3
    • タンパク質・ペプチド: Cox4
    • タンパク質・ペプチド: Cox5A
    • タンパク質・ペプチド: Cox6
    • タンパク質・ペプチド: Cox7
    • タンパク質・ペプチド: Cox8
    • タンパク質・ペプチド: Cox9
    • タンパク質・ペプチド: Cox12
    • タンパク質・ペプチド: Cox13
    • タンパク質・ペプチド: Cox26

+
超分子 #1: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A

超分子名称: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisi (パン酵母) / 株: W303-1B

+
分子 #1: Cox1

分子名称: Cox1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT ...文字列:
MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFF LVMPALIGGF GNYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV E SGAGTGWT VYPPLSSIQA HSGPSVDLAI FALHLTSISS LLGAINFIVT TLNMRTNGMT MH KLPLFVW SIFITAFLLL LSLPVLSAGI TMLLLDRNFN TSFFEVSGGG DPILYEHLFW FFG HPEVYI LIIPGFGIIS HVVSTYSKKP VFGEISMVYA MASIGLLGFL VWSHHMYIVG LDAD TRAYF TSATMIIAIP TGIKIFSWLA TIHGGSIRLA TPMLYAIAFL FLFTMGGLTG VALAN ASLD VAFHDTYYVV GHFHYVLSMG AIFSLFAGYY YWSPQILGLN YNEKLAQIQF WLIFIG ANV IFFPMHFLGI NGMPRRIPDY PDAFAGWNYV ASIGSFIATL SLFLFIYILY DQLVNGL NN KVNNKSVIYN KAPDFVESNT IFNLNTVKSS SIEFLLTSPP AVHSFNTPAV QS

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分子 #2: Cox2

分子名称: Cox2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYT IVMT YSKNPIAYKY IKHGQTIEVI WTIFPAVILL IIAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAI GYQ WYWKYEYSDF INDSGETVEF ESYVIPDELL EEGQLRLLDT DTSMVVPVDT HIRFVVT AA ...文字列:
DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYT IVMT YSKNPIAYKY IKHGQTIEVI WTIFPAVILL IIAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAI GYQ WYWKYEYSDF INDSGETVEF ESYVIPDELL EEGQLRLLDT DTSMVVPVDT HIRFVVT AA DVIHDFAIPS LGIKVDATPG RLNQVSALIQ REGVFYGACS ELCGTGHANM PIKIEAVS L PKFLEWLNEQ

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分子 #3: Cox3

分子名称: Cox3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDI VAEATYLGDH TMAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT L GACWPPVG IEAVQPTELP LLNTIILLSS GATVTYSHHA LIAGNRNKAL ...文字列:
MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDI VAEATYLGDH TMAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT L GACWPPVG IEAVQPTELP LLNTIILLSS GATVTYSHHA LIAGNRNKAL SGLLITFWLI VI FVTCQYI EYTNAAFTIS DGVYGSVFYA GTGLHFLHMV MLAAMLGVNY WRMRNYHLTA GHH VGYETT IIYTHVLDVI WLFLYVVFYW WGV

+
分子 #4: Cox4

分子名称: Cox4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
QQKPVVKTAQ NLAEVNGPET LIGPGAKEGT VPTDL DQET GLARLELLGK LEGIDVFDTK PLDSSRKGTM KDPIIIESYD DYRYVGCTGS PAGSHT IMW LKPTVNEVAR CWECGSVYKL NPVGVPNDDH HH

+
分子 #5: Cox5A

分子名称: Cox5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
AQTHALSNAA VMDLQSRWEN MPSTEQQDIV SKLSERQKLP WAQLTEPEK QAVWYISYGE WGPRRPVLNK GDSSFIAKGV AAGLLFSVGL FAVVRMAGGQ D AKTMNKEW QLKSDEYLKS KNANPWGGYS QVQSK

+
分子 #6: Cox6

分子名称: Cox6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEV QRVLNNCFSY DLVPAPAVIE KALRAARRVN DLPTAIRVFE ALKYKVENED Q YKAYLDEL KDVRQELGVP LKEELFPSSS

+
分子 #7: Cox7

分子名称: Cox7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
ANKVIQLQKI FQSSTKPLWW RHPRSALYLY PFYAIFAVAV VTPLLYIPNA IRGIKAKKA

+
分子 #8: Cox8

分子名称: Cox8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
VHFKDGVYEN IPFKVKGRKT PYALSHFGFF AIG FAVPFV ACYVQLKK

+
分子 #9: Cox9

分子名称: Cox9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
TIAPITGTIK RRVIMDIVLG FSLGGVMASY WWWGFHMDKI NKREKFYAEL AERKK

+
分子 #10: Cox12

分子名称: Cox12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
ADQENSPLHT VGFDARFPQQ NQTKHCWQSY VDYHKCVNMK GEDFAPCKVF WKTYNALCP LDWIEKWDDQ REKGIFAGDI NSD

+
分子 #11: Cox13

分子名称: Cox13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
ASSLPPNALK PAFGPPDKVA AQKFKESLMA TEKHAKDTSN MWVKISVWVA L PAIALTAV NTYFVEKEHA EHREHLKHVP DSEWPRDYEF MNIRSKPFFW GDGDKTLFWN PV VNRHIEH DDGARGSHHH HHH

+
分子 #12: Cox26

分子名称: Cox26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MFFSQVLRSS ARAAPIKRYT GGRIGESWVI TEGRRLIPEI FQWSAVLSVC LGWPGAVYFF SKARKA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 1.645 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 44915
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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