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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0236 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of Full-length Influenza Hemagglutinin (A/duck/Alberta/35/76) in complex with FISW84 Fab Fragment | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Sharpened map of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in complex with FISW84 Fab fragment | ||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Benton DJ / Rosenthal PB | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Influenza hemagglutinin membrane anchor. 著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / ...著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / ![]() ![]() ![]() 要旨: Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the ...Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the hemagglutinin (HA), the 3D structure of which is known from X-ray crystallographic studies. The soluble ectodomain fragments used in these studies lacked the "membrane anchor" portion of the molecule. Since this region has a role in membrane fusion, we have determined its structure by analyzing the intact, full-length molecule in a detergent micelle, using cryo-EM. We have also compared the structures of full-length HA-detergent micelles with full-length HA-Fab complex detergent micelles, to describe an infectivity-neutralizing monoclonal Fab that binds near the ectodomain membrane anchor junction. We determine a high-resolution HA structure which compares favorably in detail with the structure of the ectodomain seen by X-ray crystallography; we detect, clearly, all five carbohydrate side chains of HA; and we find that the ectodomain is joined to the membrane anchor by flexible, eight-residue-long, linkers. The linkers extend into the detergent micelle to join a central triple-helical structure that is a major component of the membrane anchor. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 475.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.8 KB 26.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 474.9 MB 475.7 MB 475.1 MB 475.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Sharpened map of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in complex with FISW84 Fab fragment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.078 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in...
ファイル | emd_0236_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in complex with FISW84 Fab fragment | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map used to build linker region of...
ファイル | emd_0236_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map used to build linker region of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in complex with FISW84 Fab fragment | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in...
ファイル | emd_0236_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in complex with FISW84 Fab fragment | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in...
ファイル | emd_0236_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 of full-length Hemagglutinin of A/duck/Alberta/35/76(H1N1) in complex with FISW84 Fab fragment | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of Full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin and FIS...
全体 | 名称: Complex of Full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin and FISW84 Fab Fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin and FIS...
超分子 | 名称: Complex of Full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin and FISW84 Fab Fragment タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 300 KDa |
-超分子 #2: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin
超分子 | 名称: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: FISW84 Fab Fragment
超分子 | 名称: FISW84 Fab Fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 35.684852 KDa |
配列 | 文字列: DTICVGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCSLNGIAPL QLGKCNVAGW LLGNPECDLL LTANSWSYII ETSNSENGT CYPGEFIDYE ELREQLSSVS SFEKFEIFPK ASSWPNHETT KGVTAACSYS GASSFYRNLL WITKKGTSYP K LSKSYTNN ...文字列: DTICVGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCSLNGIAPL QLGKCNVAGW LLGNPECDLL LTANSWSYII ETSNSENGT CYPGEFIDYE ELREQLSSVS SFEKFEIFPK ASSWPNHETT KGVTAACSYS GASSFYRNLL WITKKGTSYP K LSKSYTNN KGKEVLVLWG VHHPPSVSEQ QSLYQNADAY VSVGSSKYNR RFAPEIAARP KVRGQAGRMN YYWTLLDQGD TI TFEATGN LIAPWYAFAL NKGSDSGIIT SDAPVHNCDT RCQTPHGALN SSLPFQNVHP ITIGECPKYV KSTKLRMATG LRN VPSI |
-分子 #2: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.991572 KDa |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAIDGITS KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NNLERRIENL NKKVDDGFL DVWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVRNLY EKVKSQLRNN AKEIGNGCFE FYHKCDDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAIDGITS KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NNLERRIENL NKKVDDGFL DVWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVRNLY EKVKSQLRNN AKEIGNGCFE FYHKCDDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREEIDGVKL ESMGVYQILA IYSTVASSLV LLVSL |
-分子 #3: Heavy chain of FISW84 Fab
分子 | 名称: Heavy chain of FISW84 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.925875 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYGMAWVRQA PGKGLEWVSF ISATGLSTYF ADSVKGRFTI SRDTTKNTLY LQMNSLRAD DTAVYFCARM RRTMIAFGGN DFWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYGMAWVRQA PGKGLEWVSF ISATGLSTYF ADSVKGRFTI SRDTTKNTLY LQMNSLRAD DTAVYFCARM RRTMIAFGGN DFWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEP |
-分子 #4: Light chain of FISW84 Fab
分子 | 名称: Light chain of FISW84 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.277766 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVVMTQSPAT LSVSPGEGAT LSCRASQSVN TNVAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISTLQS EDFAVYYCQ QYSNWPPITF GQGTRLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EVVMTQSPAT LSVSPGEGAT LSCRASQSVN TNVAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISTLQS EDFAVYYCQ QYSNWPPITF GQGTRLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |