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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0112 | |||||||||
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タイトル | Hinge region of the Membrane Attack Complex in the open conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Menny A / Serna M / Boyd CB / Gardener S / Joseph AP / Topf M / Bubeck D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: CryoEM reveals how the complement membrane attack complex ruptures lipid bilayers. 著者: Anaïs Menny / Marina Serna / Courtney M Boyd / Scott Gardner / Agnel Praveen Joseph / B Paul Morgan / Maya Topf / Nicholas J Brooks / Doryen Bubeck / 要旨: The membrane attack complex (MAC) is one of the immune system's first responders. Complement proteins assemble on target membranes to form pores that lyse pathogens and impact tissue homeostasis of ...The membrane attack complex (MAC) is one of the immune system's first responders. Complement proteins assemble on target membranes to form pores that lyse pathogens and impact tissue homeostasis of self-cells. How MAC disrupts the membrane barrier remains unclear. Here we use electron cryo-microscopy and flicker spectroscopy to show that MAC interacts with lipid bilayers in two distinct ways. Whereas C6 and C7 associate with the outer leaflet and reduce the energy for membrane bending, C8 and C9 traverse the bilayer increasing membrane rigidity. CryoEM reconstructions reveal plasticity of the MAC pore and demonstrate how C5b6 acts as a platform, directing assembly of a giant β-barrel whose structure is supported by a glycan scaffold. Our work provides a structural basis for understanding how β-pore forming proteins breach the membrane and reveals a mechanism for how MAC kills pathogens and regulates cell functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0112.map.gz | 102.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0112-v30.xml emd-0112.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0112.png | 57 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0112 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0112_validation.pdf.gz | 211 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0112_full_validation.pdf.gz | 210.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0112_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0112 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.384 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Membrane Attack Complex
全体 | 名称: Membrane Attack Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Membrane Attack Complex
超分子 | 名称: Membrane Attack Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 詳細: Protein complex was assembled on liposomes and detergent solubilized |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 69 KDa |
-超分子 #2: C5b
超分子 | 名称: C5b / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: C6
超分子 | 名称: C6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #4: C7
超分子 | 名称: C7 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #5: C8 alpha
超分子 | 名称: C8 alpha / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #6: C8 beta
超分子 | 名称: C8 beta / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #7: C8 gamma
超分子 | 名称: C8 gamma / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #8: C9
超分子 | 名称: C9 / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7 / 詳細: Component of the Membrane Attack Complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 13009 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |