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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0069 | |||||||||||||||
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タイトル | High-resolution Cryo-EM of Fab-labeled human parechovirus 3 | |||||||||||||||
マップデータ | Human parechovirus type 3 in complex with neutralizing human monoclonal antibody Fabs Post-processed map, B factor -70 | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | human parechovirus / antibody (抗体) / RNA (リボ核酸) / VIRUS (ウイルス) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-protein covalent cross-linking / : / : / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity ...RNA-protein covalent cross-linking / : / : / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human parechovirus 3 (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Domanska A / Flatt JW | |||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 4件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2019 タイトル: A 2.8-Angstrom-Resolution Cryo-Electron Microscopy Structure of Human Parechovirus 3 in Complex with Fab from a Neutralizing Antibody. 著者: Aušra Domanska / Justin W Flatt / Joonas J J Jukonen / James A Geraets / Sarah J Butcher / 要旨: Human parechovirus 3 (HPeV3) infection is associated with sepsis characterized by significant immune activation and subsequent tissue damage in neonates. Strategies to limit infection have been ...Human parechovirus 3 (HPeV3) infection is associated with sepsis characterized by significant immune activation and subsequent tissue damage in neonates. Strategies to limit infection have been unsuccessful due to inadequate molecular diagnostic tools for early detection and the lack of a vaccine or specific antiviral therapy. Toward the latter, we present a 2.8-Å-resolution structure of HPeV3 in complex with fragments from a neutralizing human monoclonal antibody, AT12-015, using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image reconstruction. Modeling revealed that the epitope extends across neighboring asymmetric units with contributions from capsid proteins VP0, VP1, and VP3. Antibody decoration was found to block binding of HPeV3 to cultured cells. Additionally, at high resolution, it was possible to model a stretch of RNA inside the virion and, from this, identify the key features that drive and stabilize protein-RNA association during assembly. Human parechovirus 3 (HPeV3) is receiving increasing attention as a prevalent cause of sepsis-like symptoms in neonates, for which, despite the severity of disease, there are no effective treatments available. Structural and molecular insights into virus neutralization are urgently needed, especially as clinical cases are on the rise. Toward this goal, we present the first structure of HPeV3 in complex with fragments from a neutralizing monoclonal antibody. At high resolution, it was possible to precisely define the epitope that, when targeted, prevents virions from binding to cells. Such an atomic-level description is useful for understanding host-pathogen interactions and viral pathogenesis mechanisms and for finding potential cures for infection and disease. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0069.map.gz | 391.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0069-v30.xml emd-0069.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0069.png | 111.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0069.cif.gz | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0069 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0069 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6gv4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10983 (タイトル: High-resolution Cryo-EM of Fab-labeled human parechovirus 3 Data size: 3.3 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of HPeV3-fab complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human parechovirus type 3 in complex with neutralizing human monoclonal antibody Fabs Post-processed map, B factor -70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human parechovirus type 3 in complex with fabs from AT12-015
全体 | 名称: Human parechovirus type 3 in complex with fabs from AT12-015 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human parechovirus type 3 in complex with fabs from AT12-015
超分子 | 名称: Human parechovirus type 3 in complex with fabs from AT12-015 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 7.7 MDa |
-超分子 #3: fabs from AT12-015
超分子 | 名称: fabs from AT12-015 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Human parechovirus 3
超分子 | 名称: Human parechovirus 3 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 195055 / 生物種: Human parechovirus 3 / Sci species strain: A308/99 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: RNA / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Human parechovirus 3 (ウイルス) / 器官: colon adenocarcinoma |
分子量 | 理論値: 2.505489 KDa |
配列 | 文字列: UGGUAUUU |
-分子 #2: VP0
分子 | 名称: VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human parechovirus 3 (ウイルス) / 器官: colon adenocarcinoma |
分子量 | 理論値: 31.770135 KDa |
配列 | 文字列: MESIKDLVNV ATGAMDTLSL SNVETEVNNI ISGNEVGGEI ITKVADDASN LLGPNSFATT AQPENKDVVQ ATTTVNTTNL TQHPSAPTI PFTPDFKNVD NFHSMAYDIT TGDKNPSKLI RLDTASWQTS YSRQYEITTV ELPKSFWDDT RKPAYGQAKY F AAVRCGFH ...文字列: MESIKDLVNV ATGAMDTLSL SNVETEVNNI ISGNEVGGEI ITKVADDASN LLGPNSFATT AQPENKDVVQ ATTTVNTTNL TQHPSAPTI PFTPDFKNVD NFHSMAYDIT TGDKNPSKLI RLDTASWQTS YSRQYEITTV ELPKSFWDDT RKPAYGQAKY F AAVRCGFH FQVQVNVNQG TAGSALVVYE PKPVIDSRQY LEFGSLTNLP HVLMNLAETT QADLCIPYVA DTNYVKTDSS DL GQLRVYV WTPLSVPTGA SNEVDVTVMG SLLQLDFQNP RPYGEDVEIY DN UniProtKB: Capsid protein VP0 |
-分子 #3: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human parechovirus 3 (ウイルス) / 器官: colon adenocarcinoma |
分子量 | 理論値: 25.913127 KDa |
配列 | 文字列: NSWGSQMDLT DPLCIEDNME NCKQSISPNE LGLTSAQDDG PLGNEKPNYF LNFRTMNVDI FTVSHTKVDN IFGRAWYVTS HDFNNGDTW RQKLTFPKEG HGMLSQFFAY FTGEINIHIL YMAKQGFLRV AHTYDTEDNR KTFLSSNGVI TIPAGEQMTL S VPFYSNKP ...文字列: NSWGSQMDLT DPLCIEDNME NCKQSISPNE LGLTSAQDDG PLGNEKPNYF LNFRTMNVDI FTVSHTKVDN IFGRAWYVTS HDFNNGDTW RQKLTFPKEG HGMLSQFFAY FTGEINIHIL YMAKQGFLRV AHTYDTEDNR KTFLSSNGVI TIPAGEQMTL S VPFYSNKP LRTVRHDSAL GFLMCRPSMH GTTRTTVEVY VSLRCPNFFF PVPAPKPTGS RATALSDESP Y UniProtKB: Capsid protein VP0 |
-分子 #4: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human parechovirus 3 (ウイルス) / 器官: colon adenocarcinoma |
分子量 | 理論値: 28.757551 KDa |
配列 | 文字列: GPNKANVSKF NKRKFLTAST KYKWTRTKVD IAEGPGTMNM ANVLSTTGAQ SVALVGERAF YDPRTAGSKS RFDDMIKIAQ LFSVMSDNT TPSSSSGIDK YGYFDWAATV APQNMVHRNV VTLDQFPNLN LFMNTYSYFR GSLIIRLSIY ASTFNRGRLR M GFFPNCTH ...文字列: GPNKANVSKF NKRKFLTAST KYKWTRTKVD IAEGPGTMNM ANVLSTTGAQ SVALVGERAF YDPRTAGSKS RFDDMIKIAQ LFSVMSDNT TPSSSSGIDK YGYFDWAATV APQNMVHRNV VTLDQFPNLN LFMNTYSYFR GSLIIRLSIY ASTFNRGRLR M GFFPNCTH DTQLELDNAI YTICDIGSDN SFELTIPYSF STWMRKTHGH QLGLFQVEVL NRLTYNSSSP NKVHCIVQGR LG DDAKFFC PTGSLVSFQ UniProtKB: Capsid protein VP0 |
-分子 #5: AT12-015 antibody variable heavy
分子 | 名称: AT12-015 antibody variable heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.128613 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSA ISGGGDSRYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLGAE DTALYYCAKR LGRVAEYYFD YWGQGTLVTV SP |
-分子 #6: AT12-015 antibody variable light
分子 | 名称: AT12-015 antibody variable light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: polypeptide chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.339752 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRTSQSIS NWLAWYQQKP GKAPKLLIYQ ASTLENGVPS RFTGSGSGTE FSLTISSLQP DDFATYYCQ QYNNYMALTF GGGTKVEIKR TVAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. 詳細: ultrathin carbon-coated lacey 400-mesh copper grids (Ted Pella product #01824) | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 295 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: We could not control humidity during plunging. It was ambient humidity. Blot for 1 s before plunging.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-17 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6541 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 217212 詳細: automatic particle selection in RELION using template generated from manually selected particles |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Low resolution cryo-EM map done in AUTO3DEM from images of the same sample taken with FEI Tecnai TF20 on CCD camera |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 3次元分類 | クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 74927 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial model was generated in I-TASSER and SWISSMODEL using 4z92 and 4udf as reference. Initial rigid fit of the model to the map was done in UCSF Chimera. Model refinement was done in Coot and MDFF. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-6gv4: |