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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0052 | |||||||||
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タイトル | Masked Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 | |||||||||
マップデータ | focused refinement of Ndc10D1-2 in CBF3 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang WJ / Lukoynova N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Insights into Centromere DNA Bending Revealed by the Cryo-EM Structure of the Core Centromere Binding Factor 3 with Ndc10. 著者: Wenjuan Zhang / Natalya Lukoyanova / Shomon Miah / Jonathan Lucas / Cara K Vaughan / 要旨: The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the ...The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the kinetochore in these organisms, as it facilitates genetic centromere specification and allows association of all other kinetochore components. We determined high-resolution structures of the core complex of CBF3 alone and in association with a monomeric construct of Ndc10, using cryoelectron microscopy (cryo-EM). We identify the DNA-binding site of the complex and present a model in which CBF3 induces a tight bend in centromeric DNA, thus facilitating assembly of the centromeric nucleosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0052.map.gz | 4.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0052-v30.xml emd-0052.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0052_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0052.png | 162.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0052 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0052 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0052_validation.pdf.gz | 231.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0052_full_validation.pdf.gz | 230.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0052_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0052 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0052 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | focused refinement of Ndc10D1-2 in CBF3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2
全体 | 名称: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2
超分子 | 名称: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: The truncated CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, full length ...詳細: The truncated CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, full length heterodimer of Skp1 and Ctf13, and a monomeric construct Ndc10 comprising domains 1-2. |
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分子量 | 理論値: 286 KDa |
-超分子 #2: Cep3 homodimer
超分子 | 名称: Cep3 homodimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-超分子 #3: Skp1
超分子 | 名称: Skp1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: modified pRS424 and pRS426 |
-超分子 #4: Ctf13
超分子 | 名称: Ctf13 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-超分子 #5: Ndc10 comprising domains 1-2
超分子 | 名称: Ndc10 comprising domains 1-2 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I | ||||||||||||
詳細 | The sample is homogeneous and well-dispersed on grids. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2003 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | "Fit in map" function used to place 6FE8 and 4ACO with out further refinement or model building |
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