[日本語] English
万見
- EMDB-0044: Cryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0044
タイトルCryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24.
マップデータMap sharpened with B-factor -350 and locally filtered with LocRes in RELION.
試料
  • 複合体: COPII coat assembled on lipid bilayer
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC23
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC24
    • タンパク質・ペプチド: Small COPII coat GTPase SAR1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCOPII coat / membrane trafficking / protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / mitochondrial fission / signal sequence binding / fungal-type vacuole membrane / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / SNARE binding / macroautophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily ...small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein SEC23 / Small COPII coat GTPase SAR1 / Protein transport protein SEC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Hutchings J / Zanetti G
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Royal SocietyDH130048 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Subtomogram averaging of COPII assemblies reveals how coat organization dictates membrane shape.
著者: Joshua Hutchings / Viktoriya Stancheva / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo ...Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo capture to membrane deformation. The COPII coat mediates export from the endoplasmic reticulum by assembling in inner and outer layers, yielding carriers of variable shape and size that allow secretion of thousands of diverse cargo. Despite detailed understanding of COPII subunits, the molecular mechanisms of coat assembly and membrane deformation are unclear. Here we present a 4.9 Å cryo-tomography subtomogram averaging structure of in vitro-reconstituted membrane-bound inner coat. We show that the outer coat (Sec13-Sec31) bridges inner coat subunits (Sar1-Sec23-Sec24), promoting their assembly into a tight lattice. We directly visualize the membrane-embedded Sar1 amphipathic helix, revealing that lattice formation induces parallel helix insertions, yielding tubular curvature. We propose that regulators like the procollagen receptor TANGO1 modulate this mechanism to determine vesicle shape and size.
履歴
登録2018年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 5.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gni
  • 表面レベル: 5.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6gni
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0044.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened with B-factor -350 and locally filtered with LocRes in RELION.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.327 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.45 / ムービー #1: 5.45
最小 - 最大-10.097007 - 21.983170000000001
平均 (標準偏差)0.07848511 (±2.069389)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 297.24802 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3271.3271.327
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.248297.248297.248
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-10.09721.9830.078

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_0044_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_0044_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Average map from independently aligned half dataset 2.

ファイルemd_0044_half_map_1.map
注釈Average map from independently aligned half dataset 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Average map from independently aligned half dataset 1.

ファイルemd_0044_half_map_2.map
注釈Average map from independently aligned half dataset 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : COPII coat assembled on lipid bilayer

全体名称: COPII coat assembled on lipid bilayer
要素
  • 複合体: COPII coat assembled on lipid bilayer
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC23
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC24
    • タンパク質・ペプチド: Small COPII coat GTPase SAR1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: COPII coat assembled on lipid bilayer

超分子名称: COPII coat assembled on lipid bilayer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

-
分子 #1: Protein transport protein SEC23

分子名称: Protein transport protein SEC23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 85.332047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLP PQYTNLSQEN MPLELQSTTI EYITNKPVTV PPIFFFVVDL TSETENLDSL KESIITSLSL LPPNALIGLI T YGNVVQLH ...文字列:
DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLP PQYTNLSQEN MPLELQSTTI EYITNKPVTV PPIFFFVVDL TSETENLDSL KESIITSLSL LPPNALIGLI T YGNVVQLH DLSSETIDRC NVFRGDREYQ LEALTEMLTG QKPTGPGGAA SHLPNAMNKV TPFSLNRFFL PLEQVEFKLN QL LENLSPD QWSVPAGHRP LRATGSALNI ASLLLQGCYK NIPARIILFA SGPGTVAPGL IVNSELKDPL RSHHDIDSDH AQH YKKACK FYNQIAQRVA ANGHTVDIFA GCYDQIGMSE MKQLTDSTGG VLLLTDAFST AIFKQSYLRL FAKDEEGYLK MAFN GNMAV KTSKDLKVQG LIGHASAVKK TDANNISESE IGIGATSTWK MASLSPYHSY AIFFEIANTA ANSNPMMSAP GSADR PHLA YTQFITTYQH SSGTNRIRVT TVANQLLPFG TPAIAASFDQ EAAAVLMARI AVHKAETDDG ADVIRWLDRT LIKLCQ KYA DYNKDDPQSF RLAPNFSLYP QFTYYLRRSQ FLSVFNNSPD ETAFYRHIFT REDTTNSLIM IQPTLTSFSM EDDPQPV LL DSISVKPNTI LLLDTFFFIL IYHGEQIAQW RKAGYQDDPQ YADFKALLEE PKLEAAELLV DRFPLPRFID TEAGGSQA R FLLSKLNPSD NYQDMARGGS TIVLTDDVSL QNFMTHLQQV AVSGQA

UniProtKB: Protein transport protein SEC23

-
分子 #2: Protein transport protein SEC24

分子名称: Protein transport protein SEC24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 89.294953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RPMNQLYPID LLTELPPPIT DLTLPPPPLV IPPERMLVPS ELSNASPDYI RSTLNAVPKN SSLLKKSKLP FGLVIRPYQH LYDDIDPPP LNEDGLIVRC RRCRSYMNPF VTFIEQGRRW RCNFCRLAND VPMQMDQSDP NDPKSRYDRN EIKCAVMEYM A PKEYTLRQ ...文字列:
RPMNQLYPID LLTELPPPIT DLTLPPPPLV IPPERMLVPS ELSNASPDYI RSTLNAVPKN SSLLKKSKLP FGLVIRPYQH LYDDIDPPP LNEDGLIVRC RRCRSYMNPF VTFIEQGRRW RCNFCRLAND VPMQMDQSDP NDPKSRYDRN EIKCAVMEYM A PKEYTLRQ PPPATYCFLI DVSQSSIKSG LLATTINTLL QNLDSIPNHD ERTRISILCV DNAIHYFKIP LDSENNEESA DQ INMMDIA DLEEPFLPRP NSMVVSLKAC RQNIETLLTK IPQIFQSNLI TNFALGPALK SAYHLIGGVG GKIIVVSGTL PNL GIGKLQ RRNESGVVNT SKETAQLLSC QDSFYKNFTI DCSKVQITVD LFLASEDYMD VASLSNLSRF TAGQTHFYPG FSGK NPNDI VKFSTEFAKH ISMDFCMETV MRARGSTGLR MSRFYGHFFN RSSDLCAFST MPRDQSYLFE VNVDESIMAD YCYVQ VAVL LSLNNSQRRI RIITLAMPTT ESLAEVYASA DQLAIASFYN SKAVEKALNS SLDDARVLIN KSVQDILATY KKEIVV SNT AGGAPLRLCA NLRMFPLLMH SLTKHMAFRS GIVPSDHRAS ALNNLESLPL KYLIKNIYPD VYSLHDMADE AGLPVQT ED GEATGTIVLP QPINATSSLF ERYGLYLIDN GNELFLWMGG DAVPALVFDV FGTQDIFDIP IGKQEIPVVE NSEFNQRV R NIINQLRNHD DVITYQSLYI VRGASLSEPV NHASAREVAT LRLWASSTLV EDKILNNESY REFLQIMKAR ISK

UniProtKB: Protein transport protein SEC24

-
分子 #3: Small COPII coat GTPase SAR1

分子名称: Small COPII coat GTPase SAR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 18.79242 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
HGKLLFLGLD NAGKTTLLHM LKNDRLATLQ PTWHPTSEEL AIGNIKFTTF DLGGHIQARR LWKDYFPEVN GIVFLVDAAD PERFDEARV ELDALFNIAE LKDVPFVILG NKIDAPNAVS EAELRSALGL LNTTGSQRIE GQRPVEVFMC SVVMRNGYLE A FQWLSQY

UniProtKB: Small COPII coat GTPase SAR1

-
分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 87000
抽出トモグラム数: 83 / 使用した粒子像数: 400000
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6gni:
Cryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24 - fitted model.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る